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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 109d | ||||||||||||||||||
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タイトル | VARIABILITY IN DNA MINOR GROOVE WIDTH RECOGNISED BY LIGAND BINDING: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A BIS-BENZIMIDAZOLE COMPOUND BOUND TO THE DNA DUPLEX D(CGCGAATTCGCG)2 | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | Chem-IBB / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | データ登録者 | Czarny, A. / Boykin, D.W. / Wood, A.A. / Nunn, C.M. / Neidle, S. / Zhao, M. / Wilson, W.D. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1995 タイトル: Variability in DNA minor groove width recognised by ligand binding: the crystal structure of a bis-benzimidazole compound bound to the DNA duplex d(CGCGAATTCGCG)2. 著者: Wood, A.A. / Nunn, C.M. / Czarny, A. / Boykin, D.W. / Neidle, S. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1995 タイトル: Analysis of Van Der Waals and Electrostatic Contributions in the Interactions of Minor Groove Binding Benzimidazoles with DNA 著者: Czarny, A. / Boykin, D.W. / Wood, A.A. / Nunn, C.M. / Neidle, S. / Zhao, M. / Wilson, W.D. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Low Temperature Crystallographic Analyses of the Binding of Hoechst 33258 to the Double Helical DNA Dodecamer C-G-C-G-A-A-T-T-C-G-C-G 著者: Quintana, J.R. / Lipanov, A.A. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 109d.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb109d.ent.gz | 17.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 109d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/09/109d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/09/109d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-IBB / | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | % possible obs: 87 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. all: 5026 / Num. obs: 4365 / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 11176 / Rmerge(I) obs: 0.031 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |