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- PDB-105m: SPERM WHALE MYOGLOBIN N-BUTYL ISOCYANIDE AT PH 9.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 105m
タイトルSPERM WHALE MYOGLOBIN N-BUTYL ISOCYANIDE AT PH 9.0
要素MYOGLOBINミオグロビン
キーワードOXYGEN TRANSPORT (血液) / LIGAND BINDING (リガンド) / OXYGEN STORAGE / OXYGEN BINDING (酸素) / HEME (ヘム)
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen peroxide mediated signaling pathway / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ミオグロビン / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / N-BUTYL ISOCYANIDE / ミオグロビン
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Smith, R.D. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: Thesis, Rice / 年: 1999
タイトル: Correlations between Bound N-Alkyl Isocyanide Orientations and Pathways for Ligand Binding in Recombinant Myoglobins
著者: Smith, R.D.
履歴
登録1997年12月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.source / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0314
ポリマ－17,2351
非ポリマー7963
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.720, 30.061, 35.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN / ミオグロビン


分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 器官: SKELETAL骨格 / 組織: SKELETAL MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-NBN / N-BUTYL ISOCYANIDE / ブチルイソシアニド


分子量: 83.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9N
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化pH: 9 / 詳細: 3.0 M AMMONIUM SULFATE, UNBUFFERED, pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 292 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年7月1日 / 詳細: PINHOLE COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→6 Å / Num. obs: 7987 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.82 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル解像度: 2.02→2.03 Å / 冗長度: 1.96 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SPERM WHALE MYOGLOBIN NBNC WITHOUT LIGAND

解像度: 2.02→5 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 682 10.2 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 6699 82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 49 120 1386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.741.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.092
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it8.462.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it10.462.5
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 64 8.6 %
Rwork0.243 680 -
obs--73 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAMETER.HEMETOPOLOGY.HEME
X-RAY DIFFRACTION3PARAMETER.NBNCTOPOLOGY.NBNC
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19.SOLVTOPH19.SOLV

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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