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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9916 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of sigma appropriation complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / sigma appropriation / transcription activation / promoter / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / sigma factor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / sigma factor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Enterobacteria phage T4 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å | |||||||||
データ登録者 | Shi J / Wen A | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019 タイトル: Structural basis of σ appropriation. 著者: Jing Shi / Aijia Wen / Minxing Zhao / Linlin You / Yu Zhang / Yu Feng / 要旨: Bacteriophage T4 middle promoters are activated through a process called σ appropriation, which requires the concerted effort of two T4-encoded transcription factors: AsiA and MotA. Despite ...Bacteriophage T4 middle promoters are activated through a process called σ appropriation, which requires the concerted effort of two T4-encoded transcription factors: AsiA and MotA. Despite extensive biochemical and genetic analyses, puzzle remains, in part, because of a lack of precise structural information for σ appropriation complex. Here, we report a single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of an intact σ appropriation complex, comprising AsiA, MotA, Escherichia coli RNA polymerase (RNAP), σ70 and a T4 middle promoter. As expected, AsiA binds to and remodels σ region 4 to prevent its contact with host promoters. Unexpectedly, AsiA undergoes a large conformational change, takes over the job of σ region 4 and provides an anchor point for the upstream double-stranded DNA. Because σ region 4 is conserved among bacteria, other transcription factors may use the same strategy to alter the landscape of transcription immediately. Together, the structure provides a foundation for understanding σ appropriation and transcription activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9916.map.gz | 28.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9916-v30.xml emd-9916.xml | 22.1 KB 22.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9916.png | 95.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9916.cif.gz | 8.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9916 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9916 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9916.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.307 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : sigma appropriation complex
+超分子 #1: sigma appropriation complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD
+分子 #6: 10 kDa anti-sigma factor
+分子 #7: Middle transcription regulatory protein motA
+分子 #8: DNA (60-MER)
+分子 #9: DNA (60-MER)
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 105108 |