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- EMDB-9868: Rabbit Cav1.1-Verapamil Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9868
タイトルRabbit Cav1.1-Verapamil Complex
マップデータEM map
試料
  • 複合体: Cav1.1-drug complex
    • 複合体: Cav1.1-beta1a-alpha2-delta1-gamma complex
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 7種
キーワードMembrane protein complex modulated by FDA approved drug. (生体膜) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of muscle contraction / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / calcium channel regulator activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / 横行小管 ...positive regulation of muscle contraction / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / calcium channel regulator activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / 横行小管 / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / 筋鞘 / calcium channel activity / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1 / Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhao Y / Huang G
資金援助 中国, 6件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500402 中国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910101 中国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
National Natural Science Foundation of China31630017 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM130762 中国
National Natural Science Foundation of China81861138009 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis for Ligand Modulation of a Mammalian Voltage-Gated Ca Channel.
著者: Yanyu Zhao / Gaoxingyu Huang / Jianping Wu / Qiurong Wu / Shuai Gao / Zhen Yan / Jianlin Lei / Nieng Yan /
要旨: The L-type voltage-gated Ca (Ca) channels are modulated by various compounds exemplified by 1,4-dihydropyridines (DHP), benzothiazepines (BTZ), and phenylalkylamines (PAA), many of which have been ...The L-type voltage-gated Ca (Ca) channels are modulated by various compounds exemplified by 1,4-dihydropyridines (DHP), benzothiazepines (BTZ), and phenylalkylamines (PAA), many of which have been used for characterizing channel properties and for treatment of hypertension and other disorders. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of Ca1.1 in complex with archetypal antagonistic drugs, nifedipine, diltiazem, and verapamil, at resolutions of 2.9 Å, 3.0 Å, and 2.7 Å, respectively, and with a DHP agonist Bay K 8644 at 2.8 Å. Diltiazem and verapamil traverse the central cavity of the pore domain, directly blocking ion permeation. Although nifedipine and Bay K 8644 occupy the same fenestration site at the interface of repeats III and IV, the coordination details support previous functional observations that Bay K 8644 is less favored in the inactivated state. These structures elucidate the modes of action of different Ca ligands and establish a framework for structure-guided drug discovery.
履歴
登録2019年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月1日-
マップ公開2019年6月12日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.025
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6jpa
  • 表面レベル: 0.025
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9868.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.14246978 - 0.26829797
平均 (標準偏差)0.00007790376 (±0.0051421314)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 349.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z349.120349.120349.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1420.2680.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cav1.1-drug complex

全体名称: Cav1.1-drug complex
要素
  • 複合体: Cav1.1-drug complex
    • 複合体: Cav1.1-beta1a-alpha2-delta1-gamma complex
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1電位依存性カルシウムチャネル
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile
  • リガンド: ETHANOLAMINEエタノールアミン

+
超分子 #1: Cav1.1-drug complex

超分子名称: Cav1.1-drug complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#5

+
超分子 #2: Cav1.1-beta1a-alpha2-delta1-gamma complex

超分子名称: Cav1.1-beta1a-alpha2-delta1-gamma complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
分子 #1: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 172.146531 KDa
配列文字列: MEPSSPQDEG LRKKQPKKPL PEVLPRPPRA LFCLTLQNPL RKACISIVEW KPFETIILLT IFANCVALAV YLPMPEDDNN SLNLGLEKL EYFFLTVFSI EAAMKIIAYG FLFHQDAYLR SGWNVLDFII VFLGVFTAIL EQVNVIQSNT APMSSKGAGL D VKALRAFR ...文字列:
MEPSSPQDEG LRKKQPKKPL PEVLPRPPRA LFCLTLQNPL RKACISIVEW KPFETIILLT IFANCVALAV YLPMPEDDNN SLNLGLEKL EYFFLTVFSI EAAMKIIAYG FLFHQDAYLR SGWNVLDFII VFLGVFTAIL EQVNVIQSNT APMSSKGAGL D VKALRAFR VLRPLRLVSG VPSLQVVLNS IFKAMLPLFH IALLVLFMVI IYAIIGLELF KGKMHKTCYY IGTDIVATVE NE KPSPCAR TGSGRPCTIN GSECRGGWPG PNHGITHFDN FGFSMLTVYQ CITMEGWTDV LYWVNDAIGN EWPWIYFVTL ILL GSFFIL NLVLGVLSGE FTKEREKAKS RGTFQKLREK QQLEEDLRGY MSWITQGEVM DVEDLREGKL SLEEGGSDTE SLYE IEGLN KIIQFIRHWR QWNRVFRWKC HDLVKSRVFY WLVILIVALN TLSIASEHHN QPLWLTHLQD IANRVLLSLF TIEML LKMY GLGLRQYFMS IFNRFDCFVV CSGILELLLV ESGAMTPLGI SVLRCIRLLR LFKITKYWTS LSNLVASLLN SIRSIA SLL LLLFLFIIIF ALLGMQLFGG RYDFEDTEVR RSNFDNFPQA LISVFQVLTG EDWNSVMYNG IMAYGGPSYP GVLVCIY FI ILFVCGNYIL LNVFLAIAVD NLAEAESLTS AQKAKAEERK RRKMSRGLPD KTEEEKSVMA KKLEQKPKGE GIPTTAKL K VDEFESNVNE VKDPYPSADF PGDDEEDEPE IPVSPRPRPL AELQLKEKAV PIPEASSFFI FSPTNKVRVL CHRIVNATW FTNFILLFIL LSSAALAAED PIRAESVRNQ ILGYFDIAFT SVFTVEIVLK MTTYGAFLHK GSFCRNYFNI LDLLVVAVSL ISMGLESST ISVVKILRVL RVLRPLRAIN RAKGLKHVVQ CVFVAIRTIG NIVLVTTLLQ FMFACIGVQL FKGKFFSCND L SKMTEEEC RGYYYVYKDG DPTQMELRPR QWIHNDFHFD NVLSAMMSLF TVSTFEGWPQ LLYRAIDSNE EDMGPVYNNR VE MAIFFII YIILIAFFMM NIFVGFVIVT FQEQGETEYK NCELDKNQRQ CVQYALKARP LRCYIPKNPY QYQVWYVVTS SYF EYLMFA LIMLNTICLG MQHYHQSEEM NHISDILNVA FTIIFTLEMI LKLLAFKARG YFGDPWNVFD FLIVIGSIID VILS EIDTF LASSGGLYCL GGGCGNVDPD ESARISSAFF RLFRVMRLIK LLSRAEGVRT LLWTFIKSFQ ALPYVALLIV MLFFI YAVI GMQMFGKIAL VDGTQINRNN NFQTFPQAVL LLFRCATGEA WQEILLACSY GKLCDPESDY APGEEYTCGT NFAYYY FIS FYMLCAFLII NLFVAVIMDN FDYLTRDWSI LGPHHLDEFK AIWAEYDPEA KGRIKHLDVV TLLRRIQPPL GFGKFCP HR VACKRLVGMN MPLNSDGTVT FNATLFALVR TALKIKTEGN FEQANEELRA IIKKIWKRTS MKLL

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

+
分子 #2: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 25.082254 KDa
配列文字列: MSPTEAPKVR VTLFCILVGI VLAMTAVVSD HWAVLSPHME NHNTTCEAAH FGLWRICTKR IALGEDRSCG PITLPGEKNC SYFRHFNPG ESSEIFEFTT QKEYSISAAA ISVFSLGFLI MGTICALMAF RKKRDYLLRP ASMFYVFAGL CLFVSLEVMR Q SVKRMIDS ...文字列:
MSPTEAPKVR VTLFCILVGI VLAMTAVVSD HWAVLSPHME NHNTTCEAAH FGLWRICTKR IALGEDRSCG PITLPGEKNC SYFRHFNPG ESSEIFEFTT QKEYSISAAA ISVFSLGFLI MGTICALMAF RKKRDYLLRP ASMFYVFAGL CLFVSLEVMR Q SVKRMIDS EDTVWIEYYY SWSFACACAA FVLLFLGGIS LLLFSLPRMP QNPWESCMDA EPEH

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

+
分子 #3: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 49.64243 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QGPHMALRKE AERQALAQLE KAKTKPVAFA VRTNVGYNPS PGDEVPVEGV AITFEPKDFL HIKEKYNNDW WIGRLVKEGC EVGFIPSPV KLDSLRLLQE QKLRQSRLSS SKSGDNSSSS LGDVVTGTRR PTPPASGNEM TNLAFELEPL DLEEDEAELG E QSGSAKTS ...文字列:
QGPHMALRKE AERQALAQLE KAKTKPVAFA VRTNVGYNPS PGDEVPVEGV AITFEPKDFL HIKEKYNNDW WIGRLVKEGC EVGFIPSPV KLDSLRLLQE QKLRQSRLSS SKSGDNSSSS LGDVVTGTRR PTPPASGNEM TNLAFELEPL DLEEDEAELG E QSGSAKTS VSSVTTPPPH GTRIPFFKKT EHVPPYDVVP SMRPIILVGP SLKGYEVTDM MQKALFDFLK HLFDGRISIT RV TADISLA KRSVLNNPSK HIIIERSNTR SSLAEVQSEI ERIFELARTL QLVALDADTI NHPAQLSKTS LAPIIVYIKI TSP KVLQRL IKSRGKSQSK HLNVQIAASE KLAQCPPEMF DIILDENQLE DACEHLAEYL EAYWKATHPP SSTPPNPLLN RTMA TAALA ASPAPVSNLQ VQVLTSLRRN LSFWGGLETS QRGGGAVPQQ QEHAM

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

+
分子 #4: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 57.898285 KDa
配列文字列: MVQKTSMSRG PYPPSQEIPM EVFDPSPQGK YSKRKGRFKR SDGSTSSDTT SNSFVRQGSA ESYTSRPSDS DVSLEEDREA LRKEAERQA LAQLEKAKTK PVAFAVRTNV GYNPSPGDEV PVEGVAITFE PKDFLHIKEK YNNDWWIGRL VKEGCEVGFI P SPVKLDSL ...文字列:
MVQKTSMSRG PYPPSQEIPM EVFDPSPQGK YSKRKGRFKR SDGSTSSDTT SNSFVRQGSA ESYTSRPSDS DVSLEEDREA LRKEAERQA LAQLEKAKTK PVAFAVRTNV GYNPSPGDEV PVEGVAITFE PKDFLHIKEK YNNDWWIGRL VKEGCEVGFI P SPVKLDSL RLLQEQKLRQ SRLSSSKSGD NSSSSLGDVV TGTRRPTPPA SGNEMTNLAF ELEPLDLEED EAELGEQSGS AK TSVSSVT TPPPHGTRIP FFKKTEHVPP YDVVPSMRPI ILVGPSLKGY EVTDMMQKAL FDFLKHLFDG RISITRVTAD ISL AKRSVL NNPSKHIIIE RSNTRSSLAE VQSEIERIFE LARTLQLVAL DADTINHPAQ LSKTSLAPII VYIKITSPKV LQRL IKSRG KSQSKHLNVQ IAASEKLAQC PPEMFDIILD ENQLEDACEH LAEYLEAYWK ATHPPSSTPP NPLLNRTMAT AALAA SPAP VSNLQVQVLT SLRRNLSFWG GLETSQRGGG AVPQQQEHAM

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

+
分子 #5: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

分子名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 118.641398 KDa
配列文字列: FPSAVTIKSW VDKMQEDLVT LAKTASGVHQ LVDIYEKYQD LYTVEPNNAR QLVEIAARDI EKLLSNRSKA LVRLALEAEK VQAAHQWRE DFASNEVVYY NAKDDLDPEK NDSEPGSQRI KPVFIDDANF RRQVSYQHAA VHIPTDIYEG STIVLNELNW T SALDDVFK ...文字列:
FPSAVTIKSW VDKMQEDLVT LAKTASGVHQ LVDIYEKYQD LYTVEPNNAR QLVEIAARDI EKLLSNRSKA LVRLALEAEK VQAAHQWRE DFASNEVVYY NAKDDLDPEK NDSEPGSQRI KPVFIDDANF RRQVSYQHAA VHIPTDIYEG STIVLNELNW T SALDDVFK KNREEDPSLL WQVFGSATGL ARYYPASPWV DNSRTPNKID LYDVRRRPWY IQGAASPKDM LILVDVSGSV SG LTLKLIR TSVSEMLETL SDDDFVNVAS FNSNAQDVSC FQHLVQANVR NKKVLKDAVN NITAKGITDY KKGFSFAFEQ LLN YNVSRA NCNKIIMLFT DGGEERAQEI FAKYNKDKKV RVFTFSVGQH NYDRGPIQWM ACENKGYYYE IPSIGAIRIN TQEY LDVLG RPMVLAGDKA KQVQWTNVYL DALELGLVIT GTLPVFNITG QFENKTNLKN QLILGVMGVD VSLEDIKRLT PRFTL CPNG YYFAIDPNGY VLLHPNLQPK PIGVGIPTIN LRKRRPNVQN PKSQEPVTLD FLDAELENDI KVEIRNKMID GESGEK TFR TLVKSQDERY IDKGNRTYTW TPVNGTDYSL ALVLPTYSFY YIKAKIEETI TQARYSETLK PDNFEESGYT FLAPRDY CS DLKPSDNNTE FLLNFNEFID RKTPNNPSCN TDLINRVLLD AGFTNELVQN YWSKQKNIKG VKARFVVTDG GITRVYPK E AGENWQENPE TYEDSFYKRS LDNDNYVFTA PYFNKSGPGA YESGIMVSKA VEIYIQGKLL KPAVVGIKID VNSWIENFT KTSIRDPCAG PVCDCKRNSD VMDCVILDDG GFLLMANHDD YTNQIGRFFG EIDPSLMRHL VNISVYAFNK SYDYQSVCEP GAAPKQGAG HRSAYVPSIA DILQIGWWAT AAAWSILQQF LLSLTFPRLL EAADMEDDDF TASMSKQSCI TEQTQYFFDN D SKSFSGVL DCGNCSRIFH VEKLMNTNLI FIMVESKGTC PCDTRLLIQA EQTSDGPDPC DMVKQPRYRK GPDVCFDNNV LE DYTDCG

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

+
分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

+
分子 #10: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #11: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 8 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

+
分子 #12: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

+
分子 #13: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

+
分子 #14: (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](me...

分子名称: (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: 4YH
分子量理論値: 454.602 Da
Chemical component information

ChemComp-4YH:
(2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile / (-)-ベラパミル

+
分子 #15: ETHANOLAMINE

分子名称: ETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: ETA
分子量理論値: 61.083 Da
Chemical component information

ChemComp-ETA:
ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミン / エタノールアミン

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 433477

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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