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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9789 | |||||||||
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タイトル | Structure of a SUR1 fusion protein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate secretion, neurotransmission / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / inorganic cation transmembrane transport / neuromuscular process / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / potassium channel activity / negative regulation of insulin secretion / ABC-type transporter activity ...glutamate secretion, neurotransmission / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / inorganic cation transmembrane transport / neuromuscular process / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / potassium channel activity / negative regulation of insulin secretion / ABC-type transporter activity / ADP binding / presynapse / transmembrane transporter binding / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen L / Ding D / Wang M / Wu J-X / Kang Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019 タイトル: The Structural Basis for the Binding of Repaglinide to the Pancreatic K Channel. 著者: Dian Ding / Mengmeng Wang / Jing-Xiang Wu / Yunlu Kang / Lei Chen / 要旨: Repaglinide (RPG) is a short-acting insulin secretagogue widely prescribed for the treatment of type 2 diabetes. It boosts insulin secretion by inhibiting the pancreatic ATP-sensitive potassium ...Repaglinide (RPG) is a short-acting insulin secretagogue widely prescribed for the treatment of type 2 diabetes. It boosts insulin secretion by inhibiting the pancreatic ATP-sensitive potassium channel (K). However, the mechanisms by which RPG binds to the K channel are poorly understood. Here, we describe two cryo-EM structures: the pancreatic K channel in complex with inhibitory RPG and adenosine-5'-(γ-thio)-triphosphate (ATPγS) at 3.3 Å and a medium-resolution structure of a RPG-bound mini SUR1 protein in which the N terminus of the inward-rectifying potassium channel 6.1 (Kir6.1) is fused to the ABC transporter module of the sulfonylurea receptor 1 (SUR1). These structures reveal the binding site of RPG in the SUR1 subunit. Furthermore, the high-resolution structure reveals the complex architecture of the ATP binding site, which is formed by both Kir6.2 and SUR1 subunits, and the domain-domain interaction interfaces. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9789.map.gz | 1.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9789-v30.xml emd-9789.xml | 7.7 KB 7.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9789_fsc.xml | 5.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9789.png | 62 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9789 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9789 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.636 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : KATP
全体 | 名称: KATPATP感受性カリウムチャネル |
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要素 |
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-超分子 #1: KATP
超分子 | 名称: KATP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |