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万見
- EMDB-9781: Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9781
タイトルStructure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-2ナトリウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 9 subunit alphaナトリウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-1ナトリウムチャネル
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINEN-アセチルグルコサミン
  • リガンド: [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate
機能・相同性
機能・相同性情報


corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / response to pyrethroid / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization ...corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / response to pyrethroid / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / cardiac conduction / voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / ランヴィエの絞輪 / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / high voltage-gated calcium channel activity / locomotion / voltage-gated sodium channel activity / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / sodium channel inhibitor activity / neuronal action potential propagation / Interaction between L1 and Ankyrins / sodium ion transport / behavioral response to pain / voltage-gated calcium channel complex / regulation of heart rate by cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / calcium ion import across plasma membrane / 脱分極 / sodium ion transmembrane transport / sodium channel regulator activity / 介在板 / sensory perception of pain / cardiac muscle contraction / 横行小管 / post-embryonic development / 軸索誘導 / positive regulation of neuron projection development / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to toxic substance / 概日リズム / 遺伝子発現 / nervous system development / response to heat / chemical synaptic transmission / perikaryon / transmembrane transporter binding / 細胞接着 / 炎症 / 神経繊維 / シナプス / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. ...Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel subunit beta-2 / Sodium channel subunit beta-1 / Sodium channel protein type 9 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Shen H / Liu D / Lei J / Yan N
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910101 中国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500402 中国
National Natural Science Foundation of China81861138009 中国
National Natural Science Foundation of China31630017 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structures of human Na1.7 channel in complex with auxiliary subunits and animal toxins.
著者: Huaizong Shen / Dongliang Liu / Kun Wu / Jianlin Lei / Nieng Yan /
要旨: Voltage-gated sodium channel Na1.7 represents a promising target for pain relief. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the human Na1.7-β1-β2 complex bound to two combinations ...Voltage-gated sodium channel Na1.7 represents a promising target for pain relief. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the human Na1.7-β1-β2 complex bound to two combinations of pore blockers and gating modifier toxins (GMTs), tetrodotoxin with protoxin-II and saxitoxin with huwentoxin-IV, both determined at overall resolutions of 3.2 angstroms. The two structures are nearly identical except for minor shifts of voltage-sensing domain II (VSD), whose S3-S4 linker accommodates the two GMTs in a similar manner. One additional protoxin-II sits on top of the S3-S4 linker in VSD The structures may represent an inactivated state with all four VSDs "up" and the intracellular gate closed. The structures illuminate the path toward mechanistic understanding of the function and disease of Na1.7 and establish the foundation for structure-aided development of analgesics.
履歴
登録2019年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月27日-
マップ公開2019年2月27日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6j8g
  • 表面レベル: 0.07
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  • 原子モデル: PDB-6j8h
  • 表面レベル: 0.07
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9781.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.24939026 - 0.41021213
平均 (標準偏差)0.0007113032 (±0.011754235)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 261.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z261.840261.840261.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.2490.4100.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with auxilia...

全体名称: Complex of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin
要素
  • 複合体: Complex of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-2ナトリウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 9 subunit alphaナトリウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-1ナトリウムチャネル
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINEN-アセチルグルコサミン
  • リガンド: [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate

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超分子 #1: Complex of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with auxilia...

超分子名称: Complex of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium channel subunit beta-2

分子名称: Sodium channel subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.355859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHRDAWLPRP AFSLTGLSLF FSLVPPGRSM EVTVPATLNV LNGSDARLPC TFNSCYTVNH KQFSLNWTYQ ECNNCSEEMF LQFRMKIIN LKLERFQDRV EFSGNPSKYD VSVMLRNVQP EDEGIYNCYI MNPPDRHRGH GKIHLQVLME EPPERDSTVA V IVGASVGG ...文字列:
MHRDAWLPRP AFSLTGLSLF FSLVPPGRSM EVTVPATLNV LNGSDARLPC TFNSCYTVNH KQFSLNWTYQ ECNNCSEEMF LQFRMKIIN LKLERFQDRV EFSGNPSKYD VSVMLRNVQP EDEGIYNCYI MNPPDRHRGH GKIHLQVLME EPPERDSTVA V IVGASVGG FLAVVILVLM VVKCVRRKKE QKLSTDDLKT EEEGKTDGEG NPDDGAK

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分子 #2: Sodium channel protein type 9 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 9 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 231.211922 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMAMLPPP GPQSFVHFTK QSLALIEQRI AERKSKEPKE EKKDDDEEA PKPSSDLEAG KQLPFIYGDI PPGMVSEPLE DLDPYYADKK TFIVLNKGKT IFRFNATPAL YMLSPFSPLR R ISIKILVH ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMAMLPPP GPQSFVHFTK QSLALIEQRI AERKSKEPKE EKKDDDEEA PKPSSDLEAG KQLPFIYGDI PPGMVSEPLE DLDPYYADKK TFIVLNKGKT IFRFNATPAL YMLSPFSPLR R ISIKILVH SLFSMLIMCT ILTNCIFMTM NNPPDWTKNV EYTFTGIYTF ESLVKILARG FCVGEFTFLR DPWNWLDFVV IV FAYLTEF VNLGNVSALR TFRVLRALKT ISVIPGLKTI VGALIQSVKK LSDVMILTVF CLSVFALIGL QLFMGNLKHK CFR NSLENN ETLESIMNTL ESEEDFRKYF YYLEGSKDAL LCGFSTDSGQ CPEGYTCVKI GRNPDYGYTS FDTFSWAFLA LFRL MTQDY WENLYQQTLR AAGKTYMIFF VVVIFLGSFY LINLILAVVA MAYKEQNQAN IEEAKQKELE FQQMLDRLKK EQEEA EAIA AAAAEYTSIR RSRIMGLSES SSETSKLSSK SAKERRNRRK KKNQKKLSSG EEKGDAEKLS KSESEDSIRR KSFHLG VEG HRRAHEKRLS TPNQSPLSIR GSLFSARRSS RTSLFSFKGR GRDIGSETEF ADDEHSIFGD NESRRGSLFV PHRPQER RS SNISQASRSP PMLPVNGKMH SAVDCNGVVS LVDGRSALML PNGQLLPEVI IDKATSDDSG TTNQIHKKRR CSSYLLSE D MLNDPNLRQR AMSRASILTN TVEELEESRQ KCPPWWYRFA HKFLIWNCSP YWIKFKKCIY FIVMDPFVDL AITICIVLN TLFMAMEHHP MTEEFKNVLA IGNLVFTGIF AAEMVLKLIA MDPYEYFQVG WNIFDSLIVT LSLVELFLAD VEGLSVLRSF RLLRVFKLA KSWPTLNMLI KIIGNSVGAL GNLTLVLAII VFIFAVVGMQ LFGKSYKECV CKINDDCTLP RWHMNDFFHS F LIVFRVLC GEWIETMWDC MEVAGQAMCL IVYMMVMVIG NLVVLNLFLA LLLSSFSSDN LTAIEEDPDA NNLQIAVTRI KK GINYVKQ TLREFILKAF SKKPKISREI RQAEDLNTKK ENYISNHTLA EMSKGHNFLK EKDKISGFGS SVDKHLMEDS DGQ SFIHNP SLTVTVPIAP GESDLENMNA EELSSDSDSE YSKVRLNRSS SSECSTVDNP LPGEGEEAEA EPMNSDEPEA CFTD GCVWR FSCCQVNIES GKGKIWWNIR KTCYKIVEHS WFESFIVLMI LLSSGALAFE DIYIERKKTI KIILEYADKI FTYIF ILEM LLKWIAYGYK TYFTNAWCWL DFLIVDVSLV TLVANTLGYS DLGPIKSLRT LRALRPLRAL SRFEGMRVVV NALIGA IPS IMNVLLVCLI FWLIFSIMGV NLFAGKFYEC INTTDGSRFP ASQVPNRSEC FALMNVSQNV RWKNLKVNFD NVGLGYL SL LQVATFKGWT IIMYAAVDSV NVDKQPKYEY SLYMYIYFVV FIIFGSFFTL NLFIGVIIDN FNQQKKKLGG QDIFMTEE Q KKYYNAMKKL GSKKPQKPIP RPGNKIQGCI FDLVTNQAFD ISIMVLICLN MVTMMVEKEG QSQHMTEVLY WINVVFIIL FTGECVLKLI SLRHYYFTVG WNIFDFVVVI ISIVGMFLAD LIETYFVSPT LFRVIRLARI GRILRLVKGA KGIRTLLFAL MMSLPALFN IGLLLFLVMF IYAIFGMSNF AYVKKEDGIN DMFNFETFGN SMICLFQITT SAGWDGLLAP ILNSKPPDCD P KKVHPGSS VEGDCGNPSV GIFYFVSYII ISFLVVVNMY IAVILENFSV ATEESTEPLS EDDFEMFYEV WEKFDPDATQ FI EFSKLSD FAAALDPPLL IAKPNKVQLI AMDLPMVSGD RIHCLDILFA FTKRVLGESG EMDSLRSQME ERFMSANPSK VSY EPITTT LKRKQEDVSA TVIQRAYRRY RLRQNVKNIS SIYIKDGDRD DDLLNKKDMA FDNVNENSSP EKTDATSSTT SPPS YDSVT KPDKEKYEQD RTEKEDKGKD SKESKK

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分子 #3: Sodium channel subunit beta-1

分子名称: Sodium channel subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.732115 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGRLLALVVG AALVSSACGG CVEVDSETEA VYGMTFKILC ISCKRRSETN AETFTEWTFR QKGTEEFVKI LRYENEVLQL EEDERFEGR VVWNGSRGTK DLQDLSIFIT NVTYNHSGDY ECHVYRLLFF ENYEHNTSVV KKIHIEVVDK ANRDMASIVS E IMMYVLIV ...文字列:
MGRLLALVVG AALVSSACGG CVEVDSETEA VYGMTFKILC ISCKRRSETN AETFTEWTFR QKGTEEFVKI LRYENEVLQL EEDERFEGR VVWNGSRGTK DLQDLSIFIT NVTYNHSGDY ECHVYRLLFF ENYEHNTSVV KKIHIEVVDK ANRDMASIVS E IMMYVLIV VLTIWLVAEM IYCYKKIAAA TETAAQENAS EYLAITSESK ENCTGVQVAE

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分子 #4: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

分子名称: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 11 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da

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分子 #5: [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3...

分子名称: [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 9SL
分子量理論値: 299.286 Da
Chemical component information

ChemComp-9SL:
[(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate / サキシトキシン / 神経毒*YM / サキシトキシン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 275630

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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