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万見
- EMDB-9758: Averaged strand structure of a 15-stranded ParM filament from Clo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9758
タイトルAveraged strand structure of a 15-stranded ParM filament from Clostridium botulinum
マップデータAveraged density map for the medium layer of pCBH ParM filament
試料
  • 複合体: ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum
    • タンパク質・ペプチド: Putative plasmid segregation protein ParM
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ParM-like / ATPase, nucleotide binding domain / Actin-like protein N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum F str. 230613 (ボツリヌス菌) / Clostridium botulinum Prevot_594 (ボツリヌス菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Koh F / Narita A / Lee LJ / Tan YZ / Dandey VP / Tanaka K / Popp D / Robinson RC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Other privateSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateF00316 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The structure of a 15-stranded actin-like filament from Clostridium botulinum.
著者: Fujiet Koh / Akihiro Narita / Lin Jie Lee / Kotaro Tanaka / Yong Zi Tan / Venkata P Dandey / David Popp / Robert C Robinson /
要旨: Microfilaments (actin) and microtubules represent the extremes in eukaryotic cytoskeleton cross-sectional dimensions, raising the question of whether filament architectures are limited by protein ...Microfilaments (actin) and microtubules represent the extremes in eukaryotic cytoskeleton cross-sectional dimensions, raising the question of whether filament architectures are limited by protein fold. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of a complex filament formed from 15 protofilaments of an actin-like protein. This actin-like ParM is encoded on the large pCBH Clostridium botulinum plasmid. In cross-section, the ~26 nm diameter filament comprises a central helical protofilament surrounded by intermediate and outer layers of six and eight twisted protofilaments, respectively. Alternating polarity of the layers allows for similar lateral contacts between each layer. This filament design is stiffer than the actin filament, and has likely been selected for during evolution to move large cargos. The comparable sizes of microtubule and pCBH ParM filaments indicate that larger filament architectures are not limited by the protomer fold. Instead, function appears to have been the evolutionary driving force to produce broad, complex filaments.
履歴
登録2018年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月19日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2022年3月23日-
現状2022年3月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.191
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.191
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6izv
  • 表面レベル: 0.191
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9758.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9758.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Averaged density map for the medium layer of pCBH ParM filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 100 pix.
= 133.1 Å		1.33 Å/pix.
x 100 pix.
= 133.1 Å		1.33 Å/pix.
x 100 pix.
= 133.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.331 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.191 / ムービー #1: 0.191
最小 - 最大-0.4516051 - 1.0867001
平均 (標準偏差)0.010632155 (±0.07728419)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 133.09999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3311.3311.331
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z133.100133.100133.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.4521.0870.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum

全体名称: ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum
要素
  • 複合体: ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum
    • タンパク質・ペプチド: Putative plasmid segregation protein ParM
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum

超分子名称: ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum F str. 230613 (ボツリヌス菌)
Organelle: pCBH plasmid
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET-21d

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分子 #1: Putative plasmid segregation protein ParM

分子名称: Putative plasmid segregation protein ParM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum Prevot_594 (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 39.560168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNKYTIAIDL GYGQIKGINQ DNKRVIFPSI ISSGKDRSLD TFFNSIDNIV DNIHVKILDE YFNEKEYFVG ELAKRQPSNS SFINRDNKI NSEENKVLLA TALGLLIPND LPNDTKIHIV TGLPLEHFIK QKQALNDMLK DFEHTIKFVD HNFSRNIKFE E SNITLFPQ ...文字列:
MNKYTIAIDL GYGQIKGINQ DNKRVIFPSI ISSGKDRSLD TFFNSIDNIV DNIHVKILDE YFNEKEYFVG ELAKRQPSNS SFINRDNKI NSEENKVLLA TALGLLIPND LPNDTKIHIV TGLPLEHFIK QKQALNDMLK DFEHTIKFVD HNFSRNIKFE E SNITLFPQ GAGAIFSKIN NDISSLLIKE TFIGLIDVGF KTTDIVVFRI NKDKEPVFEQ EMSATLDGLG MINIYNTMDK AF TDNSRDG SKLNTEQLML LCEEGKIFFK GDYIDLKKDL IKARKTLSTN IINKADGLWG SRKNSFNSIM IAGGGGKVLY NHL KLIEPN MCQLIDNPEF ANAIGYLEFG KQF

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 50.26 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -50.37 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 33356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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