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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9672 | |||||||||
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タイトル | Adeno-Associated Virus 2 in complex with AAVRアデノ随伴ウイルス | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | AAV2 (アデノ随伴ウイルス) / VIRUS (ウイルス) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / neuron migration / cytoplasmic vesicle / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / ゴルジ体 / structural molecule activity / virion attachment to host cell ...permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / neuron migration / cytoplasmic vesicle / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / ゴルジ体 / structural molecule activity / virion attachment to host cell / 核小体 / ゴルジ体 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982) (アデノ随伴ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Lou ZY / Zhang R | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: Adeno-associated virus 2 bound to its cellular receptor AAVR. 著者: Ran Zhang / Lin Cao / Mengtian Cui / Zixian Sun / Mingxu Hu / Rouxuan Zhang / William Stuart / Xiaochu Zhao / Zirui Yang / Xueming Li / Yuna Sun / Shentao Li / Wei Ding / Zhiyong Lou / Zihe Rao / 要旨: Adeno-associated virus (AAV) is a leading vector for virus-based gene therapy. The receptor for AAV (AAVR; also named KIAA0319L) was recently identified, and the precise characterization of AAV-AAVR ...Adeno-associated virus (AAV) is a leading vector for virus-based gene therapy. The receptor for AAV (AAVR; also named KIAA0319L) was recently identified, and the precise characterization of AAV-AAVR recognition is in immediate demand. Taking advantage of a particle-filtering algorithm, we report here the cryo-electron microscopy structure of the AAV2-AAVR complex at 2.8 Å resolution. This structure reveals that of the five Ig-like polycystic kidney disease (PKD) domains in AAVR, PKD2 binds directly to the spike region of the AAV2 capsid adjacent to the icosahedral three-fold axis. Residues in strands B and E, and the BC loop of AAVR PKD2 interact directly with the AAV2 capsid. The interacting residues in the AAV2 capsid are mainly in AAV-featured variable regions. Mutagenesis of the amino acids at the AAV2-AAVR interface reduces binding activity and viral infectivity. Our findings provide insights into the biology of AAV entry with high-resolution details, providing opportunities for the development of new AAV vectors for gene therapy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9672.map.gz | 51.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9672-v30.xml emd-9672.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9672.png | 127.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9672.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9672 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9672 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9672.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : AAV2 in complex with AAVR
全体 | 名称: AAV2 in complex with AAVRアデノ随伴ウイルス |
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要素 |
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-超分子 #1: AAV2 in complex with AAVR
超分子 | 名称: AAV2 in complex with AAVR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Adeno-associated virus 2
超分子 | 名称: Adeno-associated virus 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Adeno-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982) (アデノ随伴ウイルス) |
-超分子 #3: AAVR PKD2
超分子 | 名称: AAVR PKD2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
分子 | 名称: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 10.31445 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: KNRPPIAIVS PQFQEISLPT TSTVIDGSQS TDDDKIVQYH WEELKGPLRE EKISEDTAIL KLSKLVPGNY TFSLTVVDSD GATNSTTAN LTVNK UniProtKB: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein |
-分子 #2: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Adeno-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982) (アデノ随伴ウイルス) |
分子量 | 理論値: 82.031352 KDa |
配列 | 文字列: MAADGYLPDW LEDTLSEGIR QWWKLKPGPP PPKPAERHKD DSRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNEADA AALEHDKAYD RQLDSGDNP YLKYNHADAE FQERLKEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEPVKTA PGKKRPVEHS PVEPDSSSGT G KAGQQPAR ...文字列: MAADGYLPDW LEDTLSEGIR QWWKLKPGPP PPKPAERHKD DSRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNEADA AALEHDKAYD RQLDSGDNP YLKYNHADAE FQERLKEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEPVKTA PGKKRPVEHS PVEPDSSSGT G KAGQQPAR KRLNFGQTGD ADSVPDPQPL GQPPAAPSGL GTNTMATGSG APMADNNEGA DGVGNSSGNW HCDSTWMGDR VI TTSTRTW ALPTYNNHLY KQISSQSGAS NDNHYFGYST PWGYFDFNRF HCHFSPRDWQ RLINNNWGFR PKRLNFKLFN IQV KEVTQN DGTTTIANNL TSTVQVFTDS EYQLPYVLGS AHQGCLPPFP ADVFMVPQYG YLTLNNGSQA VGRSSFYCLE YFPS QMLRT GNNFTFSYTF EDVPFHSSYA HSQSLDRLMN PLIDQYLYYL SRTNTPSGTT TQSRLQFSQA GASDIRDQSR NWLPG PCYR QQRVSKTSAD NNNSEYSWTG ATKYHLNGRD SLVNPGPAMA SHKDDEEKFF PQSGVLIFGK QGSEKTNVDI EKVMIT DEE EIRTTNPVAT EQYGSVSTNL QRGNRQAATA DVNTQGVLPG MVWQDRDVYL QGPIWAKIPH TDGHFHPSPL MGGFGLK HP PPQILIKNTP VPANPSTTFS AAKFASFITQ YSTGQVSVEI EWELQKENSK RWNPEIQYTS NYNKSVNVDF TVDTNGVY S EPRPIGTRYL TRNL UniProtKB: Capsid protein VP1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.53 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16820 |