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- EMDB-9670: Structure of PSI-LHCI -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9670
タイトルStructure of PSI-LHCI
マップデータPSI-LHCI
試料
  • 複合体: PSI-LHCI
    • タンパク質・ペプチド: x 21種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


チラコイド / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...チラコイド / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...: / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-J / PsaK / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic ...Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-J / PsaK / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / 光化学系I / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / 9 kDa polypeptide / PsaD / PsaE / PSI-F / PsaH / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Xiong P / Xiaochun Q
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structure of a green algal photosystem I in complex with a large number of light-harvesting complex I subunits.
著者: Xiaochun Qin / Xiong Pi / Wenda Wang / Guangye Han / Lixia Zhu / Mingmei Liu / Linpeng Cheng / Jian-Ren Shen / Tingyun Kuang / Sen-Fang Sui /
要旨: Photosystem I (PSI) is a highly efficient natural light-energy converter, and has diverse light-harvesting antennas associated with its core in different photosynthetic organisms. In green algae, an ...Photosystem I (PSI) is a highly efficient natural light-energy converter, and has diverse light-harvesting antennas associated with its core in different photosynthetic organisms. In green algae, an extremely large light-harvesting complex I (LHCI) captures and transfers energy to the PSI core. Here, we report the structure of PSI-LHCI from a green alga Bryopsis corticulans at 3.49 Å resolution, obtained by single-particle cryo-electron microscopy, which revealed 13 core subunits including subunits characteristic of both prokaryotes and eukaryotes, and 10 light-harvesting complex a (Lhca) antennas that form a double semi-ring and an additional Lhca dimer, including a novel four-transmembrane-helix Lhca. In total, 244 chlorophylls were identified, some of which were located at key positions for the fast energy transfer. These results provide a firm structural basis for unravelling the mechanisms of light-energy harvesting, transfer and quenching in the green algal PSI-LHCI, and important clues as to how PSI-LHCI has changed during evolution.
履歴
登録2018年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月13日-
マップ公開2019年2月13日-
更新2020年3月4日-
現状2020年3月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6igz
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9670.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PSI-LHCI
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8727 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.034 / ムービー #1: 0.034
最小 - 最大-0.060164515 - 0.18709584
平均 (標準偏差)0.0019334673 (±0.0052781226)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 401.442 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.87270.87270.8727
M x/y/z460460460
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z401.442401.442401.442
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS460460460
D min/max/mean-0.0600.1870.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSI-LHCI

全体名称: PSI-LHCI
要素
  • 複合体: PSI-LHCI
    • タンパク質・ペプチド: PsaA
    • タンパク質・ペプチド: PsaB
    • タンパク質・ペプチド: PsaC
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PsaF
    • タンパク質・ペプチド: PsaG
    • タンパク質・ペプチド: PsaH
    • タンパク質・ペプチド: PsaI
    • タンパク質・ペプチド: PsaJ
    • タンパク質・ペプチド: PsaK
    • タンパク質・ペプチド: PsaL
    • タンパク質・ペプチド: Lhca-a
    • タンパク質・ペプチド: Lhca-c
    • タンパク質・ペプチド: Lhca-d
    • タンパク質・ペプチド: Lhca-b
    • タンパク質・ペプチド: Lhca-g
    • タンパク質・ペプチド: Lhca-h
    • タンパク質・ペプチド: Lhca-i
    • タンパク質・ペプチド: Lhca-j
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII光化学系I
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
  • リガンド: HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
超分子 #1: PSI-LHCI

超分子名称: PSI-LHCI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)

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分子 #1: PsaA

分子名称: PsaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 83.412336 KDa
配列文字列: MTISPPEREI KKVKVIVDRN TTDTSFEKWA KPGHFSRTLA KGPTTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEDIS RKVFSAHFGQ LGIILIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELEL Y STALGGLL ...文字列:
MTISPPEREI KKVKVIVDRN TTDTSFEKWA KPGHFSRTLA KGPTTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEDIS RKVFSAHFGQ LGIILIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELEL Y STALGGLL LASAMFFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESMM NHHLAGLLGL GSLGWAGHQI HLSIPINKLL DAGVDPKEIP LP HEFLLNR ELMAGLYPSF SAGLKPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPING GLWLTDIAHH HLAIAVLFII AGHMYRTNWG IGH SMKEIL ESHKGPFTGA GHQGLYEILT NSWHAQLAIN LALFGSLSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHTW IGGF CIVGA GAHAAIFMVR DYDPTNNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT TIQLQ PIFA QWIQSIHYAA PQLTAPTASA ATSLTWGGDI VSVGGKVAMM PISLGTSDFM VHHIHAFTIH VTALILLKGV LYSRSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGTVS ESGVSHITGG NFANSAN AI NGWLRDFLWA QSSQVIQSYG SALSAYGLVF LGAHFVWAFS LMFLFSGRGY WQELIESILW AHNKLKVAPA IQPRALSI T QGRAVGVAHY IFGGIVTTWS FFLARIIAVG

+
分子 #2: PsaB

分子名称: PsaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 82.164461 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ GLAQDPTTRR IWFGVATAHD FESHDSITEE TLYQKIFASH FGQLSIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEAWVQD PLHIRPIAH AIWDPHFGQS AVEAFTRGGA SGPVNIATSG VYQWWYTIGM RTNQDLYQGS VFLSIAAGLF LIAGWLHLQP K FQPTLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ GLAQDPTTRR IWFGVATAHD FESHDSITEE TLYQKIFASH FGQLSIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEAWVQD PLHIRPIAH AIWDPHFGQS AVEAFTRGGA SGPVNIATSG VYQWWYTIGM RTNQDLYQGS VFLSIAAGLF LIAGWLHLQP K FQPTLSWF KNAESRLNHH LAGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPESRGIHVR WDNFLTILPH PLGLKPFFTG NWSAYAQNPD TI NHIFSTN TGSGDAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVLFIIA GHMYRTNFGI GHSMKEILDM HTPPSGNLGA GHQ NLFDTI NNSLHFQLGL ALASAGTICS MVAQHMYSLP AYAFIASDFT TQASLYTHHQ YIAGFMLCGA FAHGAIFFIR DYDP VANKG NVLARILDHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYVHNDVMLA FGTPEKQILI EPVFAQWIQA AQGKSLYGFD FLLAS STSP AFNASQTVWL PGWLDAINNP TNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLSVFWM LNTIGWVTFY WHWKHLGIWQ GNVNQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWMFLF GHLVYATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLVR WKDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG KFG

+
分子 #3: PsaC

分子名称: PsaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 8.880307 KDa
配列文字列:
MSHNVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAKQIA SAPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSVRVYLG AETTRSMGLA Y

+
分子 #4: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 21.733045 KDa
配列文字列: MASSMTSSRT TVLTSRPAFA GQRVCAKVVR TRVTPAKFAV RAADAEAPAE EAPKVWTPPQ LDPNTPSPIF GGSTGGLLRK AQVEEFYVI TWEAKKEQIF EMPTGGAAIM RKGPNLLKLA RKEQCLALTT QLRTKFKTDA CFYRVFPSGE VQYLHPKDGV Y PEKVNAGR ...文字列:
MASSMTSSRT TVLTSRPAFA GQRVCAKVVR TRVTPAKFAV RAADAEAPAE EAPKVWTPPQ LDPNTPSPIF GGSTGGLLRK AQVEEFYVI TWEAKKEQIF EMPTGGAAIM RKGPNLLKLA RKEQCLALTT QLRTKFKTDA CFYRVFPSGE VQYLHPKDGV Y PEKVNAGR EGANQNMRSI GENVNPIKVK FTGKIGPFDV

+
分子 #5: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 10.096458 KDa
配列文字列:
MQFSAVRIAT SVRATPVRAA KAEPETPPPV GPKRGSRVKI LRPESYWYNR AGKVVSCDQT GIKYPVTVRF EDVNYAGVST NNFGLQEVE EL

+
分子 #6: PsaF

分子名称: PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 25.129158 KDa
配列文字列: MATVFCASPL QLSSKCGLKP LKAKAPAPKA VRAVRAVSCS AENTTKNVAT TVAAAALAAV VSFGAVGEAK ADIAGLTPCS ESKAFKRRE NKEVKSLQKR MAKYEEGSAP ALALQATAER TQKRFEFYGK SGLLCGNDGL PHLIADPGLA FRYGHAGDIM I PTVLFIYM ...文字列:
MATVFCASPL QLSSKCGLKP LKAKAPAPKA VRAVRAVSCS AENTTKNVAT TVAAAALAAV VSFGAVGEAK ADIAGLTPCS ESKAFKRRE NKEVKSLQKR MAKYEEGSAP ALALQATAER TQKRFEFYGK SGLLCGNDGL PHLIADPGLA FRYGHAGDIM I PTVLFIYM AGYTGYAGRE YLLATRGEKK PTQKEIIIDV PLALKCVAGS AGWPLRAFND LRSGSLLEKE ENITVSPR

+
分子 #7: PsaG

分子名称: PsaG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 18.2266 KDa
配列文字列:
MAAATASLSS TLLAPCSSKQ PQPQQQHQHQ QLKCKSFSGL RPLKLNISSN NSSSSLSMSS ARRSMTCRAE LSPSLVISLS TGLSLFLGR FVFFNFQREN VAKQVPEQNG LTHFEAGDTR AKEYVSLLKS NDPVGFNIVD VLAWGSIGHI VAYYILATTS N GYDPSFF

+
分子 #8: PsaH

分子名称: PsaH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 14.40036 KDa
配列文字列:
MSVSAAKVST FVRGTPVRMS APKAKIQRAP ICTAPRAKYG ESDRYFDLDD LENTLGSWDM YGQEDQKRYP GLQNEFFERA GESLTRREA IRSVLFLGGG GALLAWGAKG ASDVTLPITV GPQKGGEKGP KGKI

+
分子 #9: PsaI

分子名称: PsaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 3.859615 KDa
配列文字列:
MNAAYLPSIF VPLVGLVFPA IAMASAFLYI EKSAIE

+
分子 #10: PsaJ

分子名称: PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 4.744679 KDa
配列文字列:
MQNLKIYLST APVIAFIWLS LLSSLIIEVN RFFPDPLIFA F

+
分子 #11: PsaK

分子名称: PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 12.487672 KDa
配列文字列:
MTASKMSSFT GLKANTRIPS SRVVQAPVVR SRRSVKVSAD FIGSTPNLIM VASTGLCLAA GRFGLAPTVN KFATSGLNLV DKPLGLKTG DPAGFTAVDV LALGSFGHMI GIGIVLGLKA TGGL

+
分子 #12: PsaL

分子名称: PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 21.338602 KDa
配列文字列: MASVAGQCVA KPLVGSVFGK LNGMTPRAPM RSRSITVVVR AADEQKQVIQ PINGDPFIGM LETPVTSAPI VAGFLSNLPA YRTGVSPLL RGVEIGLTHG FLVAGPFIKL GPLRDAAGGA AETAGCLSGA LLVIILTACL TIYGQATFED DEPQIGVKTL S GRDIARDP ...文字列:
MASVAGQCVA KPLVGSVFGK LNGMTPRAPM RSRSITVVVR AADEQKQVIQ PINGDPFIGM LETPVTSAPI VAGFLSNLPA YRTGVSPLL RGVEIGLTHG FLVAGPFIKL GPLRDAAGGA AETAGCLSGA LLVIILTACL TIYGQATFED DEPQIGVKTL S GRDIARDP LQSAEGWNEF TSGWLVGGLS GVAWAYLCTQ FLPFYS

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分子 #13: Lhca-a

分子名称: Lhca-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 24.458012 KDa
配列文字列: MASALMQKSC VSAVVARPSR VTNRSVRVQA RPGNWLPGSE APSYLPEDLP GNYGYDPLGI SENPANMERM IECEVMNGRW AMLAVPGML AQEALGFGNW HDAPSWVYEG GSPTWFGAGM PITDIKLLAV IELVLMGGAE AMRASEPDME KRVYPGGAFD P AGFSKGNL ...文字列:
MASALMQKSC VSAVVARPSR VTNRSVRVQA RPGNWLPGSE APSYLPEDLP GNYGYDPLGI SENPANMERM IECEVMNGRW AMLAVPGML AQEALGFGNW HDAPSWVYEG GSPTWFGAGM PITDIKLLAV IELVLMGGAE AMRASEPDME KRVYPGGAFD P AGFSKGNL AELKLKEIKN ARLAMFAFVG FVLQYYATGK GPVQCWTEHI ADPLGANFAT NGTSLPFF

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分子 #14: Lhca-c

分子名称: Lhca-c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 27.808264 KDa
配列文字列: MASILQQSTA FSCRSGAFTS STRSQNASRA QGARNVAVKA ADRPVWYPGN SPPEWLDGSL PGDYGYDPLG LASDPEMLKW WVQAELVHG RWAMLGTVGM IVPGVAARAG GDFPQWYDAG KVYIENSSIP FGALLMTQVL MMGWSEMMRY YEFVSPGSQG T GSFMGFTE ...文字列:
MASILQQSTA FSCRSGAFTS STRSQNASRA QGARNVAVKA ADRPVWYPGN SPPEWLDGSL PGDYGYDPLG LASDPEMLKW WVQAELVHG RWAMLGTVGM IVPGVAARAG GDFPQWYDAG KVYIENSSIP FGALLMTQVL MMGWSEMMRY YEFVSPGSQG T GSFMGFTE AFAGTGENGY PGGRFFDPFG LAKGDPAKLQ EYKVKEIKNG RLAMFSCLGY YAQYAATGKG PVDNWFDHIA DP FHNTCAT NGVSVPFLN

+
分子 #15: Lhca-d

分子名称: Lhca-d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 30.409689 KDa
配列文字列: MAAALLSSPI VAGVQAPKAK FVSTPKVNPT VHGLGAALKV KAEDAKVAKV DRSKDTLFFA DENSLTYLDG TLPGDYGFDP FGLLEPGNG DVGFINPSWL RYSEVIHGRF AMLGAAGCIT PEILSSLGVI PESTGIVWYR NGVIPPAGSS DVYWVDPYTL F FVEVVAMQ ...文字列:
MAAALLSSPI VAGVQAPKAK FVSTPKVNPT VHGLGAALKV KAEDAKVAKV DRSKDTLFFA DENSLTYLDG TLPGDYGFDP FGLLEPGNG DVGFINPSWL RYSEVIHGRF AMLGAAGCIT PEILSSLGVI PESTGIVWYR NGVIPPAGSS DVYWVDPYTL F FVEVVAMQ FAELRRLQDY RNPGSMGKQY FLGLEGVLGG SGDPSYPGGA FFNMFNLGKT EESMKVMKTR EIKNGRLAMM AM FGFGAQA ILTGKGPYQN LLDHLSDPFN NNILTNWTSV YGQL

+
分子 #16: Lhca-b

分子名称: Lhca-b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 26.575912 KDa
配列文字列: MATMMASSGV VARPAAFVGT QLPKVGVAAR PSLAVVRAAD RPIWLPGADV PEWLDGTIPG DFGYDPLKLG KDPETLKWYV QAELVHGRF AMMGLVGMLV PELLTNAGIG LPAKGTEWFN AGAAPMFAPT GVLFAMQFLL MGWAEIRRYQ DFKNPGSVNV D PIFGGKLP ...文字列:
MATMMASSGV VARPAAFVGT QLPKVGVAAR PSLAVVRAAD RPIWLPGADV PEWLDGTIPG DFGYDPLKLG KDPETLKWYV QAELVHGRF AMMGLVGMLV PELLTNAGIG LPAKGTEWFN AGAAPMFAPT GVLFAMQFLL MGWAEIRRYQ DFKNPGSVNV D PIFGGKLP DGNIPGYPGG IFDPFGFAKG DVDSLKLKEV KNGRLAMFAT LGFYCQAVVT GKGPIACWTS HLADPWANNV WS IELAKVI K

+
分子 #17: Lhca-g

分子名称: Lhca-g / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 29.30068 KDa
配列文字列: MGAILSAGRA HVAFSSKSVQ RTGFRAVSNG SRVTMSASRP LWLPGSTPPA HLDGSMTGDF GWDPLGLGAN PEAMTWFREA ELQNGRWAM MGVFGILVQE LVKPDVFWYD APTKIDLPFN IIGIVAFQAF AMHYVEIRRW QDLRKPGSVN KDPIFSNYSL P EHEPGYPG ...文字列:
MGAILSAGRA HVAFSSKSVQ RTGFRAVSNG SRVTMSASRP LWLPGSTPPA HLDGSMTGDF GWDPLGLGAN PEAMTWFREA ELQNGRWAM MGVFGILVQE LVKPDVFWYD APTKIDLPFN IIGIVAFQAF AMHYVEIRRW QDLRKPGSVN KDPIFSNYSL P EHEPGYPG GIFAPFVPGD IEELKLKELK NARLSMLAFV GFVMQAQITG KGPIACWTDH LADPFGTTIF SKAVITLGGA VK PTCQIPD HVAFQGIDIP TPCFFEGFWP

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分子 #18: Lhca-h

分子名称: Lhca-h / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 28.621643 KDa
配列文字列: MAACGMATAA PFVGTQKNST LRTSSTTRPR PVNCSAADRK LWAPGVAAPS YLDGSLAGDY GWDPMGLSSD PKALAWYRQA ELVHSRWAM MGVVGILGQE ILNPDVFWYE AGLPKNLPEQ VSGLNLGGIL AFEFCMMHYV EVRRWQDYKN FGSVNEDPVF K GNSVPNEV ...文字列:
MAACGMATAA PFVGTQKNST LRTSSTTRPR PVNCSAADRK LWAPGVAAPS YLDGSLAGDY GWDPMGLSSD PKALAWYRQA ELVHSRWAM MGVVGILGQE ILNPDVFWYE AGLPKNLPEQ VSGLNLGGIL AFEFCMMHYV EVRRWQDYKN FGSVNEDPVF K GNSVPNEV MGYPGGIFDP FGFAKGKDIE DLKTKEIKNG RLAMVAWTGF ALQAQATGKG PIACWKDHLA DPFVSNITAN IG TCVIPDS VDVGGVNIPL YCLWPGQ

+
分子 #19: Lhca-i

分子名称: Lhca-i / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 24.152645 KDa
配列文字列: MASSMLLGLT KPVVVGGARV QARRNMNVAC NAASRPMWLV GASAPDYLDG SMAGDYGYDP LGLGSDADRL AWYREAEKVN GRWAMNAVA GIVFCELLGI QTNWWEVGQN PDLPVDLPFN ALVAIEAVIM GFFEVKRYQG WKDTGMSGLN DSFPWDPLGM T SERVELAE ...文字列:
MASSMLLGLT KPVVVGGARV QARRNMNVAC NAASRPMWLV GASAPDYLDG SMAGDYGYDP LGLGSDADRL AWYREAEKVN GRWAMNAVA GIVFCELLGI QTNWWEVGQN PDLPVDLPFN ALVAIEAVIM GFFEVKRYQG WKDTGMSGLN DSFPWDPLGM T SERVELAE IKNGRLAMFA WTGFIAQAVV VRKGPVACLN AHLADPFGQN ILTNVLNIPE NIAQ

+
分子 #20: Lhca-j

分子名称: Lhca-j / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 26.910092 KDa
配列文字列: MVFALSSFVG RPVVVGHAQP RAVRNVTRMA AERPMWYPGA TAPKHLDGSM LGDYGYDPLD LGANPDSLAW FREAELMNGR YAMLGVMGG AFVNAFGLPN WWEAGAKVDV PISLGVLIAL ELAIFAVFEY KRYEGFKKTG ECGVLSFMPF DPLNMRSEEN K LKELKNGR ...文字列:
MVFALSSFVG RPVVVGHAQP RAVRNVTRMA AERPMWYPGA TAPKHLDGSM LGDYGYDPLD LGANPDSLAW FREAELMNGR YAMLGVMGG AFVNAFGLPN WWEAGAKVDV PISLGVLIAL ELAIFAVFEY KRYEGFKKTG ECGVLSFMPF DPLNMRSEEN K LKELKNGR LAMVASVGFI SQYLVTGKGP VDNLKDHIVD PLHNNIYTSS VGNEVTVAIV FAAMWPMFAE AKKALGGKDD TF RAIPW

+
分子 #21: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 3.505114 KDa
配列文字列:
MSISESQIFI AIFLALINGF LALRLGSTLY NS

+
分子 #22: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 218 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #23: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #24: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 11 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #25: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta...

分子名称: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 34 / 式: 8CT
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-8CT:
(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene

+
分子 #26: HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE

分子名称: HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: HTG
分子量理論値: 294.408 Da

+
分子 #27: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #28: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #29: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 26 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #30: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 20 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #31: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 1.852 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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