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- EMDB-9647: Cryo-EM structure of a human intron lariat spliceosome after Prp4... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9647
タイトルCryo-EM structure of a human intron lariat spliceosome after Prp43 loaded (ILS2 complex) at 2.9 angstrom resolution
マップデータThe 2.86 angstrom map of human ILS2 complex
試料
  • 複合体: Human Intron Lariat Spliceosome
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
    • RNA: x 4種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNP binding / U2 snRNP binding / post-mRNA release spliceosomal complex / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / U7 snRNP / 3'-5' RNA helicase activity / histone pre-mRNA 3'end processing complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step ...snRNP binding / U2 snRNP binding / post-mRNA release spliceosomal complex / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / U7 snRNP / 3'-5' RNA helicase activity / histone pre-mRNA 3'end processing complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / embryonic brain development / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pre-mRNA binding / nuclear retinoic acid receptor binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pICln-Sm protein complex / U1 snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / Prp19 complex / poly(A) binding / positive regulation of androgen receptor activity / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / P granule / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / SMN-Sm protein complex / mRNA 3'-end processing / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / response to alkaloid / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / positive regulation by host of viral transcription / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / U2 snRNP / Notch binding / nuclear vitamin D receptor binding / RNA Polymerase II Transcription Termination / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / U1 snRNP / RUNX3 regulates NOTCH signaling / U2-type prespliceosome / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / WD40-repeat domain binding / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / positive regulation of neurogenesis / lipid biosynthetic process / precatalytic spliceosome / nuclear androgen receptor binding / cyclosporin A binding / spliceosomal complex assembly / Notch-HLH transcription pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / protein K63-linked ubiquitination / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / antiviral innate immune response / blastocyst development / protein localization to nucleus / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / transcription-coupled nucleotide-excision repair / gastrulation / U5 snRNA binding / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / U5 snRNP / retinoic acid receptor signaling pathway / embryonic organ development / positive regulation of viral genome replication / カハール体 / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / 転写後修飾 / protein peptidyl-prolyl isomerization / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / cellular response to retinoic acid / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway
類似検索 - 分子機能
Cwf19-like protein, C-terminal domain-2 / Cwf19-like, C-terminal domain-1 / Cwf19-like protein / Protein similar to CwfJ C-terminus 2 / Protein similar to CwfJ C-terminus 1 / DHX15, DEXH-box helicase domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain ...Cwf19-like protein, C-terminal domain-2 / Cwf19-like, C-terminal domain-1 / Cwf19-like protein / Protein similar to CwfJ C-terminus 2 / Protein similar to CwfJ C-terminus 1 / DHX15, DEXH-box helicase domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E, RNA recognition motif / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Pre-mRNA-processing factor 17 / : / STL11, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / : / U-box domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / DNA2/NAM7-like helicase / AAA domain / WD repeat Prp46/PLRG1-like / BUD31/G10-related, conserved site / : / : / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / Myb-like DNA-binding domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / U-box domain profile. / ロイシンリッチリピート / Modified RING finger domain / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / U-box domain / Snu114, GTP-binding domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / ジンクフィンガー / HIT-like superfamily / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / : / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Sm domain profile. / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Tetratricopeptide repeat / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DHX15 / Pleiotropic regulator 1 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Protein BUD31 homolog ...ATP-dependent RNA helicase DHX15 / Pleiotropic regulator 1 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Protein BUD31 homolog / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / SNW domain-containing protein 1 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / CWF19-like protein 2 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Cell division cycle 5-like protein / Crooked neck-like protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Pre-mRNA-processing factor 19 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Zhang X / Zhan X / Yan C / Shi Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
National Natural Science Foundation of China31430020 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2019
タイトル: Structures of the human spliceosomes before and after release of the ligated exon.
著者: Xiaofeng Zhang / Xiechao Zhan / Chuangye Yan / Wenyu Zhang / Dongliang Liu / Jianlin Lei / Yigong Shi /
要旨: Pre-mRNA splicing is executed by the spliceosome, which has eight major functional states each with distinct composition. Five of these eight human spliceosomal complexes, all preceding exon ...Pre-mRNA splicing is executed by the spliceosome, which has eight major functional states each with distinct composition. Five of these eight human spliceosomal complexes, all preceding exon ligation, have been structurally characterized. In this study, we report the cryo-electron microscopy structures of the human post-catalytic spliceosome (P complex) and intron lariat spliceosome (ILS) at average resolutions of 3.0 and 2.9 Å, respectively. In the P complex, the ligated exon remains anchored to loop I of U5 small nuclear RNA, and the 3'-splice site is recognized by the junction between the 5'-splice site and the branch point sequence. The ATPase/helicase Prp22, along with the ligated exon and eight other proteins, are dissociated in the P-to-ILS transition. Intriguingly, the ILS complex exists in two distinct conformations, one with the ATPase/helicase Prp43 and one without. Comparison of these three late-stage human spliceosomes reveals mechanistic insights into exon release and spliceosome disassembly.
履歴
登録2018年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月13日-
マップ公開2019年3月13日-
更新2020年10月14日-
現状2020年10月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6id1
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9647.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9647.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The 2.86 angstrom map of human ILS2 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.338 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.26358077 - 0.5773464
平均 (標準偏差)0.00017261154 (±0.008683868)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 535.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3381.3381.338
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z535.200535.200535.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.2640.5770.000

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添付データ

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追加マップ: The 4.0 angstrom map of the human ILS2 complex

ファイルemd_9647_additional.map
注釈The 4.0 angstrom map of the human ILS2 complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Intron Lariat Spliceosome

全体名称: Human Intron Lariat Spliceosome
要素
  • 複合体: Human Intron Lariat Spliceosome
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
    • RNA: U5snRNA
    • タンパク質・ペプチド: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
    • タンパク質・ペプチド: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
    • RNA: U6snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Crooked neck-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle 5-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
    • タンパク質・ペプチド: Protein BUD31 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor RBM22
    • タンパク質・ペプチド: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
    • タンパク質・ペプチド: SNW domain-containing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
    • タンパク質・ペプチド: Pleiotropic regulator 1
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 17
    • RNA: pre-mRNA一次転写産物
    • RNA: U2snRNA
    • タンパク質・ペプチド: CWF19-like protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein F
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 19
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
    • タンパク質・ペプチド: RNA helicase aquarius
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E
    • タンパク質・ペプチド: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
    • タンパク質・ペプチド: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX15
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATEフィチン酸
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Human Intron Lariat Spliceosome

超分子名称: Human Intron Lariat Spliceosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#33
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

分子名称: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 273.97425 KDa
配列文字列: MAGVFPYRGP GNPVPGPLAP LPDYMSEEKL QEKARKWQQL QAKRYAEKRK FGFVDAQKED MPPEHVRKII RDHGDMTNRK FRHDKRVYL GALKYMPHAV LKLLENMPMP WEQIRDVPVL YHITGAISFV NEIPWVIEPV YISQWGSMWI MMRREKRDRR H FKRMRFPP ...文字列:
MAGVFPYRGP GNPVPGPLAP LPDYMSEEKL QEKARKWQQL QAKRYAEKRK FGFVDAQKED MPPEHVRKII RDHGDMTNRK FRHDKRVYL GALKYMPHAV LKLLENMPMP WEQIRDVPVL YHITGAISFV NEIPWVIEPV YISQWGSMWI MMRREKRDRR H FKRMRFPP FDDEEPPLDY ADNILDVEPL EAIQLELDPE EDAPVLDWFY DHQPLRDSRK YVNGSTYQRW QFTLPMMSTL YR LANQLLT DLVDDNYFYL FDLKAFFTSK ALNMAIPGGP KFEPLVRDIN LQDEDWNEFN DINKIIIRQP IRTEYKIAFP YLY NNLPHH VHLTWYHTPN VVFIKTEDPD LPAFYFDPLI NPISHRHSVK SQEPLPDDDE EFELPEFVEP FLKDTPLYTD NTAN GIALL WAPRPFNLRS GRTRRALDIP LVKNWYREHC PAGQPVKVRV SYQKLLKYYV LNALKHRPPK AQKKRYLFRS FKATK FFQS TKLDWVEVGL QVCRQGYNML NLLIHRKNLN YLHLDYNFNL KPVKTLTTKE RKKSRFGNAF HLCREVLRLT KLVVDS HVQ YRLGNVDAFQ LADGLQYIFA HVGQLTGMYR YKYKLMRQIR MCKDLKHLIY YRFNTGPVGK GPGCGFWAAG WRVWLFF MR GITPLLERWL GNLLARQFEG RHSKGVAKTV TKQRVESHFD LELRAAVMHD ILDMMPEGIK QNKARTILQH LSEAWRCW K ANIPWKVPGL PTPIENMILR YVKAKADWWT NTAHYNRERI RRGATVDKTV CKKNLGRLTR LYLKAEQERQ HNYLKDGPY ITAEEAVAVY TTTVHWLESR RFSPIPFPPL SYKHDTKLLI LALERLKEAY SVKSRLNQSQ REELGLIEQA YDNPHEALSR IKRHLLTQR AFKEVGIEFM DLYSHLVPVY DVEPLEKITD AYLDQYLWYE ADKRRLFPPW IKPADTEPPP LLVYKWCQGI N NLQDVWET SEGECNVMLE SRFEKMYEKI DLTLLNRLLR LIVDHNIADY MTAKNNVVIN YKDMNHTNSY GIIRGLQFAS FI VQYYGLV MDLLVLGLHR ASEMAGPPQM PNDFLSFQDI ATEAAHPIRL FCRYIDRIHI FFRFTADEAR DLIQRYLTEH PDP NNENIV GYNNKKCWPR DARMRLMKHD VNLGRAVFWD IKNRLPRSVT TVQWENSFVS VYSKDNPNLL FNMCGFECRI LPKC RTSYE EFTHKDGVWN LQNEVTKERT AQCFLRVDDE SMQRFHNRVR QILMASGSTT FTKIVNKWNT ALIGLMTYFR EAVVN TQEL LDLLVKCENK IQTRIKIGLN SKMPSRFPPV VFYTPKELGG LGMLSMGHVL IPQSDLRWSK QTDVGITHFR SGMSHE EDQ LIPNLYRYIQ PWESEFIDSQ RVWAEYALKR QEAIAQNRRL TLEDLEDSWD RGIPRINTLF QKDRHTLAYD KGWRVRT DF KQYQVLKQNP FWWTHQRHDG KLWNLNNYRT DMIQALGGVE GILEHTLFKG TYFPTWEGLF WEKASGFEES MKWKKLTN A QRSGLNQIPN RRFTLWWSPT INRANVYVGF QVQLDLTGIF MHGKIPTLKI SLIQIFRAHL WQKIHESIVM DLCQVFDQE LDALEIETVQ KETIHPRKSY KMNSSCADIL LFASYKWNVS RPSLLADSKD VMDSTTTQKY WIDIQLRWGD YDSHDIERYA RAKFLDYTT DNMSIYPSPT GVLIAIDLAY NLHSAYGNWF PGSKPLIQQA MAKIMKANPA LYVLRERIRK GLQLYSSEPT E PYLSSQNY GELFSNQIIW FVDDTNVYRV TIHKTFEGNL TTKPINGAIF IFNPRTGQLF LKIIHTSVWA GQKRLGQLAK WK TAEEVAA LIRSLPVEEQ PKQIIVTRKG MLDPLEVHLL DFPNIVIKGS ELQLPFQACL KVEKFGDLIL KATEPQMVLF NLY DDWLKT ISSYTAFSRL ILILRALHVN NDRAKVILKP DKTTITEPHH IWPTLTDEEW IKVEVQLKDL ILADYGKKNN VNVA SLTQS EIRDIILGME ISAPSQQRQQ IAEIEKQTKE QSQLTATQTR TVNKHGDEII TSTTSNYETQ TFSSKTEWRV RAISA ANLH LRTNHIYVSS DDIKETGYTY ILPKNVLKKF ICISDLRAQI AGYLYGVSPP DNPQVKEIRC IVMVPQWGTH QTVHLP GQL PQHEYLKEME PLGWIHTQPN ESPQLSPQDV TTHAKIMADN PSWDGEKTII ITCSFTPGSC TLTAYKLTPS GYEWGRQ NT DKGNNPKGYL PSHYERVQML LSDRFLGFFM VPAQSSWNYN FMGVRHDPNM KYELQLANPK EFYHEVHRPS HFLNFALL Q EGEVYSADRE DLYA

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分子 #3: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 109.560625 KDa
配列文字列: MDTDLYDEFG NYIGPELDSD EDDDELGRET KDLDEMDDDD DDDDVGDHDD DHPGMEVVLH EDKKYYPTAE EVYGPEVETI VQEEDTQPL TEPIIKPVKT KKFTLMEQTL PVTVYEMDFL ADLMDNSELI RNVTLCGHLH HGKTCFVDCL IEQTHPEIRK R YDQDLCYT ...文字列:
MDTDLYDEFG NYIGPELDSD EDDDELGRET KDLDEMDDDD DDDDVGDHDD DHPGMEVVLH EDKKYYPTAE EVYGPEVETI VQEEDTQPL TEPIIKPVKT KKFTLMEQTL PVTVYEMDFL ADLMDNSELI RNVTLCGHLH HGKTCFVDCL IEQTHPEIRK R YDQDLCYT DILFTEQERG VGIKSTPVTV VLPDTKGKSY LFNIMDTPGH VNFSDEVTAG LRISDGVVLF IDAAEGVMLN TE RLIKHAV QERLAVTVCI NKIDRLILEL KLPPTDAYYK LRHIVDEVNG LISMYSTDEN LILSPLLGNV CFSSSQYSIC FTL GSFAKI YADTFGDINY QEFAKRLWGD IYFNPKTRKF TKKAPTSSSQ RSFVEFILEP LYKILAQVVG DVDTSLPRTL DELG IHLTK EELKLNIRPL LRLVCKKFFG EFTGFVDMCV QHIPSPKVGA KPKIEHTYTG GVDSDLGEAM SDCDPDGPLM CHTTK MYST DDGVQFHAFG RVLSGTIHAG QPVKVLGENY TLEDEEDSQI CTVGRLWISV ARYHIEVNRV PAGNWVLIEG VDQPIV KTA TITEPRGNEE AQIFRPLKFN TTSVIKIAVE PVNPSELPKM LDGLRKVNKS YPSLTTKVEE SGEHVILGTG ELYLDCV MH DLRKMYSEID IKVADPVVTF CETVVETSSL KCFAETPNKK NKITMIAEPL EKGLAEDIEN EVVQITWNRK KLGEFFQT K YDWDLLAARS IWAFGPDATG PNILVDDTLP SEVDKALLGS VKDSIVQGFQ WGTREGPLCD ELIRNVKFKI LDAVVAQEP LHRGGGQIIP TARRVVYSAF LMATPRLMEP YYFVEVQAPA DCVSAVYTVL ARRRGHVTQD APIPGSPLYT IKAFIPAIDS FGFETDLRT HTQGQAFSLS VFHHWQIVPG DPLDKSIVIR PLEPQPAPHL AREFMIKTRR RKGLSEDVSI SKFFDDPMLL E LAKQDVVL NYPM

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分子 #4: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein

分子名称: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 39.359492 KDa
配列文字列: MIEQQKRKGP ELPLVPVKRQ RHELLLGAGS GPGAGQQQAT PGALLQAGPP RCSSLQAPIM LLSGHEGEVY CCKFHPNGST LASAGFDRL ILLWNVYGDC DNYATLKGHS GAVMELHYNT DGSMLFSAST DKTVAVWDSE TGERVKRLKG HTSFVNSCYP A RRGPQLVC ...文字列:
MIEQQKRKGP ELPLVPVKRQ RHELLLGAGS GPGAGQQQAT PGALLQAGPP RCSSLQAPIM LLSGHEGEVY CCKFHPNGST LASAGFDRL ILLWNVYGDC DNYATLKGHS GAVMELHYNT DGSMLFSAST DKTVAVWDSE TGERVKRLKG HTSFVNSCYP A RRGPQLVC TGSDDGTVKL WDIRKKAAIQ TFQNTYQVLA VTFNDTSDQI ISGGIDNDIK VWDLRQNKLT YTMRGHADSV TG LSLSSEG SYLLSNAMDN TVRVWDVRPF APKERCVKIF QGNVHNFEKN LLRCSWSPDG SKIAAGSADR FVYVWDTTSR RIL YKLPGH AGSINEVAFH PDEPIIISAS SDKRLYMGEI Q

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分子 #6: Crooked neck-like protein 1

分子名称: Crooked neck-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 100.610008 KDa
配列文字列: MTATVENLTF QKDTLGNAVD KNTSRLELRS YSLAGRHGST EPLVLAWSSQ FRRLTWGCAL DALHRSPCVA ASQHGVTHLI RSSRTPHST RCRKEDAQPG HHGNGAASVT AQARGQRSVL QVPLPVPRSC LFSESFVVSV SSQSRFLASV PGTGVQRSTA A DMAASTAA ...文字列:
MTATVENLTF QKDTLGNAVD KNTSRLELRS YSLAGRHGST EPLVLAWSSQ FRRLTWGCAL DALHRSPCVA ASQHGVTHLI RSSRTPHST RCRKEDAQPG HHGNGAASVT AQARGQRSVL QVPLPVPRSC LFSESFVVSV SSQSRFLASV PGTGVQRSTA A DMAASTAA GKQRIPKVAK VKNKAPAEVQ ITAEQLLREA KERELELLPP PPQQKITDEE ELNDYKLRKR KTFEDNIRKN RT VISNWIK YAQWEESLKE IQRARSIYER ALDVDYRNIT LWLKYAEMEM KNRQVNHARN IWDRAITTLP RVNQFWYKYT YME EMLGNV AGARQVFERW MEWQPEEQAW HSYINFELRY KEVDRARTIY ERFVLVHPDV KNWIKYARFE EKHAYFAHAR KVYE RAVEF FGDEHMDEHL YVAFAKFEEN QKEFERVRVI YKYALDRISK QDAQELFKNY TIFEKKFGDR RGIEDIIVSK RRFQY EEEV KANPHNYDAW FDYLRLVESD AEAEAVREVY ERAIANVPPI QEKRHWKRYI YLWINYALYE ELEAKDPERT RQVYQA SLE LIPHKKFTFA KMWILYAQFE IRQKNLSLAR RALGTSIGKC PKNKLFKVYI ELELQLREFD RCRKLYEKFL EFGPENC TS WIKFAELETI LGDIDRARAI YELAISQPRL DMPEVLWKSY IDFEIEQEET ERTRNLYRRL LQRTQHVKVW ISFAQFEL S SGKEGSLTKC RQIYEEANKT MRNCEEKEER LMLLESWRSF EEEFGTASDK ERVDKLMPEK VKKRRKVQTD DGSDAGWEE YFDYIFPEDA ANQPNLKLLA MAKLWKKQQQ EKEDAEHHPD EDVDESES

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分子 #7: Cell division cycle 5-like protein

分子名称: Cell division cycle 5-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 92.406883 KDa
配列文字列: MPRIMIKGGV WRNTEDEILK AAVMKYGKNQ WSRIASLLHR KSAKQCKARW YEWLDPSIKK TEWSREEEEK LLHLAKLMPT QWRTIAPII GRTAAQCLEH YEFLLDKAAQ RDNEEETTDD PRKLKPGEID PNPETKPARP DPIDMDEDEL EMLSEARARL A NTQGKKAK ...文字列:
MPRIMIKGGV WRNTEDEILK AAVMKYGKNQ WSRIASLLHR KSAKQCKARW YEWLDPSIKK TEWSREEEEK LLHLAKLMPT QWRTIAPII GRTAAQCLEH YEFLLDKAAQ RDNEEETTDD PRKLKPGEID PNPETKPARP DPIDMDEDEL EMLSEARARL A NTQGKKAK RKAREKQLEE ARRLAALQKR RELRAAGIEI QKKRKRKRGV DYNAEIPFEK KPALGFYDTS EENYQALDAD FR KLRQQDL DGELRSEKEG RDRKKDKQHL KRKKESDLPS AILQTSGVSE FTKKRSKLVL PAPQISDAEL QEVVKVGQAS EIA RQTAEE SGITNSASST LLSEYNVTNN SVALRTPRTP ASQDRILQEA QNLMALTNVD TPLKGGLNTP LHESDFSGVT PQRQ VVQTP NTVLSTPFRT PSNGAEGLTP RSGTTPKPVI NSTPGRTPLR DKLNINPEDG MADYSDPSYV KQMERESREH LRLGL LGLP APKNDFEIVL PENAEKELEE REIDDTYIED AADVDARKQA IRDAERVKEM KRMHKAVQKD LPRPSEVNET ILRPLN VEP PLTDLQKSEE LIKKEMITML HYDLLHHPYE PSGNKKGKTV GFGTNNSEHI TYLEHNPYEK FSKEELKKAQ DVLVQEM EV VKQGMSHGEL SSEAYNQVWE ECYSQVLYLP GQSRYTRANL ASKKDRIESL EKRLEINRGH MTTEAKRAAK MEKKMKIL L GGYQSRAMGL MKQLNDLWDQ IEQAHLELRT FEELKKHEDS AIPRRLECLK EDVQRQQERE KELQHRYADL LLEKETLKS KF

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分子 #8: Pre-mRNA-splicing factor SYF2

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 28.780518 KDa
配列文字列: MAAIAASEVL VDSAEEGSLA AAAELAAQKR EQRLRKFREL HLMRNEARKL NHQEVVEEDK RLKLPANWEA KKARLEWELK EEEKKKECA ARGEDYEKVK LLEISAEDAE RWERKKKRKN PDLGFSDYAA AQLRQYHRLT KQIKPDMETY ERLREKHGEE F FPTSNSLL ...文字列:
MAAIAASEVL VDSAEEGSLA AAAELAAQKR EQRLRKFREL HLMRNEARKL NHQEVVEEDK RLKLPANWEA KKARLEWELK EEEKKKECA ARGEDYEKVK LLEISAEDAE RWERKKKRKN PDLGFSDYAA AQLRQYHRLT KQIKPDMETY ERLREKHGEE F FPTSNSLL HGTHVPSTEE IDRMVIDLEK QIEKRDKYSR RRPYNDDADI DYINERNAKF NKKAERFYGK YTAEIKQNLE RG TAV

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分子 #9: Protein BUD31 homolog

分子名称: Protein BUD31 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 17.03285 KDa
配列文字列:
MPKVKRSRKA PPDGWELIEP TLDELDQKMR EAETEPHEGK RKVESLWPIF RIHHQKTRYI FDLFYKRKAI SRELYEYCIK EGYADKNLI AKWKKQGYEN LCCLRCIQTR DTNFGTNCIC RVPKSKLEVG RIIECTHCGC RGCSG

+
分子 #10: Pre-mRNA-splicing factor RBM22

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 46.959555 KDa
配列文字列: MATSLGSNTY NRQNWEDADF PILCQTCLGE NPYIRMTKEK YGKECKICAR PFTVFRWCPG VRMRFKKTEV CQTCSKLKNV CQTCLLDLE YGLPIQVRDA GLSFKDDMPK SDVNKEYYTQ NMEREISNSD GTRPVGMLGK ATSTSDMLLK LARTTPYYKR N RPHICSFW ...文字列:
MATSLGSNTY NRQNWEDADF PILCQTCLGE NPYIRMTKEK YGKECKICAR PFTVFRWCPG VRMRFKKTEV CQTCSKLKNV CQTCLLDLE YGLPIQVRDA GLSFKDDMPK SDVNKEYYTQ NMEREISNSD GTRPVGMLGK ATSTSDMLLK LARTTPYYKR N RPHICSFW VKGECKRGEE CPYRHEKPTD PDDPLADQNI KDRYYGINDP VADKLLKRAS TMPRLDPPED KTITTLYVGG LG DTITETD LRNHFYQFGE IRTITVVQRQ QCAFIQFATR QAAEVAAEKS FNKLIVNGRR LNVKWGRSQA ARGKEKEKDG TTD SGIKLE PVPGLPGALP PPPAAEEEAS ANYFNLPPSG PPAVVNIALP PPPGIAPPPP PGFGPHMFHP MGPPPPFMRA PGPI HYPSQ DPQRMGAHAG KHSSP

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分子 #11: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog

分子名称: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 26.674447 KDa
配列文字列: MTTAARPTFE PARGGRGKGE GDLSQLSKQY SSRDLPSHTK IKYRQTTQDA PEEVRNRDFR RELEERERAA AREKNRDRPT REHTTSSSV SKKPRLDQIP AANLDADDPL TDEEDEDFEE ESDDDDTAAL LAELEKIKKE RAEEQARKEQ EQKAEEERIR M ENILSGNP ...文字列:
MTTAARPTFE PARGGRGKGE GDLSQLSKQY SSRDLPSHTK IKYRQTTQDA PEEVRNRDFR RELEERERAA AREKNRDRPT REHTTSSSV SKKPRLDQIP AANLDADDPL TDEEDEDFEE ESDDDDTAAL LAELEKIKKE RAEEQARKEQ EQKAEEERIR M ENILSGNP LLNLTGPSQP QANFKVKRRW DDDVVFKNCA KGVDDQKKDK RFVNDTLRSE FHKKFMEKYI K

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分子 #12: SNW domain-containing protein 1

分子名称: SNW domain-containing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 61.770648 KDa
配列文字列: MALTSFLPAP TQLSQDQLEA EEKARSQRSR QTSLVSSRRE PPPYGYRKGW IPRLLEDFGD GGAFPEIHVA QYPLDMGRKK KMSNALAIQ VDSEGKIKYD AIARQGQSKD KVIYSKYTDL VPKEVMNADD PDLQRPDEEA IKEITEKTRV ALEKSVSQKV A AAMPVRAA ...文字列:
MALTSFLPAP TQLSQDQLEA EEKARSQRSR QTSLVSSRRE PPPYGYRKGW IPRLLEDFGD GGAFPEIHVA QYPLDMGRKK KMSNALAIQ VDSEGKIKYD AIARQGQSKD KVIYSKYTDL VPKEVMNADD PDLQRPDEEA IKEITEKTRV ALEKSVSQKV A AAMPVRAA DKLAPAQYIR YTPSQQGVAF NSGAKQRVIR MVEMQKDPME PPRFKINKKI PRGPP(SEP)PPAP VMH(SEP) PSRKM TVKEQQEWKI PPCISNWKNA KGYTIPLDKR LAADGRGLQT VHINENFAKL AEALYIADRK AREAVEMRAQ VERKM AQKE KEKHEEKLRE MAQKARERRA GIKTHVEKED GEARERDEIR HDRRKERQHD RNLSRAAPDK RSKLQRNENR DISEVI ALG VPNPRTSNEV QYDQRLFNQS KGMDSGFAGG EDEIYNVYDQ AWRGGKDMAQ SIYRPSKNLD KDMYGDDLEA RIKTNRF VP DKEFSGSDRR QRGREGPVQF EEDPFGLDKF LEEAKQHGGS KRPSDSSRPK EHEHEGKKRR KE

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分子 #13: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: プロリルイソメラーゼ
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 18.257805 KDa
配列文字列:
MAAIPPDSWQ PPNVYLETSM GIIVLELYWK HAPKTCKNFA ELARRGYYNG TKFHRIIKDF MIQGGDPTGT GRGGASIYGK QFEDELHPD LKFTGAGILA MANAGPDTNG SQFFVTLAPT QWLDGKHTIF GRVCQGIGMV NRVGMVETNS QDRPVDDVKI I KAYPSG

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分子 #14: Pleiotropic regulator 1

分子名称: Pleiotropic regulator 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 57.280758 KDa
配列文字列: MVEEVQKHSV HTLVFRSLKR THDMFVADNG KPVPLDEESH KRKMAIKLRN EYGPVLHMPT SKENLKEKGP QNATDSYVHK QYPANQGQE VEYFVAGTHP YPPGPGVALT ADTKIQRMPS ESAAQSLAVA LPLQTKADAN RTAPSGSEYR HPGASDRPQP T AMNSIVME ...文字列:
MVEEVQKHSV HTLVFRSLKR THDMFVADNG KPVPLDEESH KRKMAIKLRN EYGPVLHMPT SKENLKEKGP QNATDSYVHK QYPANQGQE VEYFVAGTHP YPPGPGVALT ADTKIQRMPS ESAAQSLAVA LPLQTKADAN RTAPSGSEYR HPGASDRPQP T AMNSIVME TGNTKNSALM AKKAPTMPKP QWHPPWKLYR VISGHLGWVR CIAVEPGNQW FVTGSADRTI KIWDLASGKL KL SLTGHIS TVRGVIVSTR SPYLFSCGED KQVKCWDLEY NKVIRHYHGH LSAVYGLDLH PTIDVLVTCS RDSTARIWDV RTK ASVHTL SGHTNAVATV RCQAAEPQII TGSHDTTIRL WDLVAGKTRV TLTNHKKSVR AVVLHPRHYT FASGSPDNIK QWKF PDGSF IQNLSGHNAI INTLTVNSDG VLVSGADNGT MHLWDWRTGY NFQRVHAAVQ PGSLDSESGI FACAFDQSES RLLTA EADK TIKVYREDDT ATEETHPVSW KPEIIKRKRF

+
分子 #15: Pre-mRNA-processing factor 17

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 65.61218 KDa
配列文字列: MSAAIAALAA SYGSGSGSES DSDSESSRCP LPAADSLMHL TKSPSSKPSL AVAVDSAPEV AVKEDLETGV HLDPAVKEVQ YNPTYETMF APEFGPENPF RTQQMAAPRN MLSGYAEPAH INDFMFEQQR RTFATYGYAL DPSLDNHQVS AKYIGSVEEA E KNQGLTVF ...文字列:
MSAAIAALAA SYGSGSGSES DSDSESSRCP LPAADSLMHL TKSPSSKPSL AVAVDSAPEV AVKEDLETGV HLDPAVKEVQ YNPTYETMF APEFGPENPF RTQQMAAPRN MLSGYAEPAH INDFMFEQQR RTFATYGYAL DPSLDNHQVS AKYIGSVEEA E KNQGLTVF ETGQKKTEKR KKFKENDASN IDGFLGPWAK YVDEKDVAKP SEEEQKELDE ITAKRQKKGK QEEEKPGEEK TI LHVKEMY DYQGRSYLHI PQDVGVNLRS TMPPEKCYLP KKQIHVWSGH TKGVSAVRLF PLSGHLLLSC SMDCKIKLWE VYG ERRCLR TFIGHSKAVR DICFNTAGTQ FLSAAYDRYL KLWDTETGQC ISRFTNRKVP YCVKFNPDED KQNLFVAGMS DKKI VQWDI RSGEIVQEYD RHLGAVNTIV FVDENRRFVS TSDDKSLRVW EWDIPVDFKY IAEPSMHSMP AVTLSPNGKW LACQS MDNQ ILIFGAQNRF RLNKKKIFKG HMVAGYACQV DFSPDMSYVI SGDGNGKLNI WDWKTTKLYS RFKAHDKVCI GAVWHP HET SKVITCGWDG LIKLWD

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分子 #18: CWF19-like protein 2

分子名称: CWF19-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 103.976492 KDa
配列文字列: MATSMAAASG RFESAKSIEE RKEQTRNARA EVLRQAKANF EKEERRKELK RLRGEDTWML PDVNERIEQF SQEHSVKKKK KKDKHSKKA KKEKKKKSKK QKYEKNNESS DSSSSSEDEW VEAVPSQTPD KEKAWKVKDE KSGKDDTQII KRDEWMTVDF M SVKTVSSS ...文字列:
MATSMAAASG RFESAKSIEE RKEQTRNARA EVLRQAKANF EKEERRKELK RLRGEDTWML PDVNERIEQF SQEHSVKKKK KKDKHSKKA KKEKKKKSKK QKYEKNNESS DSSSSSEDEW VEAVPSQTPD KEKAWKVKDE KSGKDDTQII KRDEWMTVDF M SVKTVSSS SLKAEKETMR KIEQEKNQAL EQSKLMEREL NPYWKDGGTG LPPEDCSVSS ITKVSVVEDG GLSWLRKSYL RM KEQAEKQ SRNFEDIVAE RYGSMEIFQS KLEDAEKAAS TKEDYRRERW RKPTYSDKAQ NCQESRESDL VKYGNSSRDR YAT TDTAKN SNNEKFIGDE KDKRPGSLET CRRESNPRQN QEFSFGNLRA KFLRPSDDEE LSFHSKGRKF EPLSSSSALV AQGS LCSGF RKPTKNSEER LTSWSRSDGR GDKKHSNQKP SETSTDEHQH VPEDPREKSQ DEVLRDDPPK KEHLRDTKST FAGSP ERES IHILSVDEKN KLGAKIIKAE MMGNMELAEQ LKVQLEKANK FKETITQIPK KSGVENEDQQ EVILVRTDQS GRVWPV NTP GKSLESQGGR RKRQMVSTHE ERERVRYFHD DDNLSLNDLV KNEKMGTAEN QNKLFMRMAS KFMGKTDGDY YTLDDMF VS KAAERERLGE EEENQRKKAI AEHRSLAAQM EKCLYCFDSS QFPKHLIVAI GVKVYLCLPN VRSLTEGHCL IVPLQHHR A ATLLDEDIWE EIQMFRKSLV KMFEDKGLDC IFLETNMSMK KQYHMVYECI PLPKEVGDMA PIYFKKAIME SDEEWSMNK KLIDLSSKDI RKSVPRGLPY FSVDFGLHGG FAHVIEDQHK FPHYFGKEII GGMLDIEPRL WRKGIRESFE DQRKKALQFA QWWKPYDFT KSKNY

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分子 #19: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 13.940308 KDa
配列文字列:
MSIGVPIKVL HEAEGHIVTC ETNTGEVYRG KLIEAEDNMN CQMSNITVTY RDGRVAQLEQ VYIRGSKIRF LILPDMLKNA PMLKSMKNK NQGSGAGRGK AAILKAQVAA RGRGRGMGRG NIFQKRR

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分子 #20: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 23.686004 KDa
配列文字列: MTVGKSSKML QHIDYRMRCI LQDGRIFIGT FKAFDKHMNL ILCDCDEFRK IKPKNSKQAE REEKRVLGLV LLRGENLVSM TVEGPPPKD TGIARVPLAG AAGGPGIGRA AGRGIPAGVP MPQAPAGLAG PVRGVGGPSQ QVMTPQGRGT VAAAAAAATA S IAGAPTQY ...文字列:
MTVGKSSKML QHIDYRMRCI LQDGRIFIGT FKAFDKHMNL ILCDCDEFRK IKPKNSKQAE REEKRVLGLV LLRGENLVSM TVEGPPPKD TGIARVPLAG AAGGPGIGRA AGRGIPAGVP MPQAPAGLAG PVRGVGGPSQ QVMTPQGRGT VAAAAAAATA S IAGAPTQY PPGRGGPPPP MGRGAPPPGM MGPPPGMRPP MGPPMGIPPG RGTPMGMPPP GMRPPPPGMR GLL

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分子 #21: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 13.310653 KDa
配列文字列:
MKLVRFLMKL SHETVTIELK NGTQVHGTIT GVDVSMNTHL KAVKMTLKNR EPVQLETLSI RGNNIRYFIL PDSLPLDTLL VDVEPKVKS KKREAVAGRG RGRGRGRGRG RGRGRGGPRR

+
分子 #22: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 13.551928 KDa
配列文字列:
MSLLNKPKSE MTPEELQKRE EEEFNTGPLS VLTQSVKNNT QVLINCRNNK KLLGRVKAFD RHCNMVLENV KEMWTEVPKS GKGKKKSKP VNKDRYISKM FLRGDSVIVV LRNPLIAGK

+
分子 #23: Small nuclear ribonucleoprotein F

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 9.734171 KDa
配列文字列:
MSLPLNPKPF LNGLTGKPVM VKLKWGMEYK GYLVSVDGYM NMQLANTEEY IDGALSGHLG EVLIRCNNVL YIRGVEEEEE DGEMRE

+
分子 #24: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 10.817601 KDa
配列文字列:
MAYRGQGQKV QKVMVQPINL IFRYLQNRSR IQVWLYEQVN MRIEGCIIGF DEYMNLVLDD AEEIHSKTKS RKQLGRIMLK GDNITLLQS VSN

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分子 #25: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 8.508084 KDa
配列文字列:
MSKAHPPELK KFMDKKLSLK LNGGRHVQGI LRGFDPFMNL VIDECVEMAT SGQQNNIGMV VIRGNSIIML EALERV

+
分子 #26: Pre-mRNA-processing factor 19

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 55.245547 KDa
配列文字列: MSLICSISNE VPEHPCVSPV SNHVYERRLI EKYIAENGTD PINNQPLSEE QLIDIKVAHP IRPKPPSATS IPAILKALQD EWDAVMLHS FTLRQQLQTT RQELSHALYQ HDAACRVIAR LTKEVTAARE ALATLKPQAG LIVPQAVPSS QPSVVGAGEP M DLGELVGM ...文字列:
MSLICSISNE VPEHPCVSPV SNHVYERRLI EKYIAENGTD PINNQPLSEE QLIDIKVAHP IRPKPPSATS IPAILKALQD EWDAVMLHS FTLRQQLQTT RQELSHALYQ HDAACRVIAR LTKEVTAARE ALATLKPQAG LIVPQAVPSS QPSVVGAGEP M DLGELVGM TPEIIQKLQD KATVLTTERK KRGKTVPEEL VKPEELSKYR QVASHVGLHS ASIPGILALD LCPSDTNKIL TG GADKNVV VFDKSSEQIL ATLKGHTKKV TSVVFHPSQD LVFSASPDAT IRIWSVPNAS CVQVVRAHES AVTGLSLHAT GDY LLSSSD DQYWAFSDIQ TGRVLTKVTD ETSGCSLTCA QFHPDGLIFG TGTMDSQIKI WDLKERTNVA NFPGHSGPIT SIAF SENGY YLATAADDSS VKLWDLRKLK NFKTLQLDNN FEVKSLIFDQ SGTYLALGGT DVQIYICKQW TEILHFTEHS GLTTG VAFG HHAKFIASTG MDRSLKFYSL

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分子 #27: Pre-mRNA-splicing factor SPF27

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 26.16342 KDa
配列文字列: MAGTGLVAGE VVVDALPYFD QGYEAPGVRE AAAALVEEET RRYRPTKNYL SYLTAPDYSA FETDIMRNEF ERLAARQPIE LLSMKRYEL PAPSSGQKND ITAWQECVNN SMAQLEHQAV RIENLELMSQ HGCNAWKVYN ENLVHMIEHA QKELQKLRKH I QDLNWQRK ...文字列:
MAGTGLVAGE VVVDALPYFD QGYEAPGVRE AAAALVEEET RRYRPTKNYL SYLTAPDYSA FETDIMRNEF ERLAARQPIE LLSMKRYEL PAPSSGQKND ITAWQECVNN SMAQLEHQAV RIENLELMSQ HGCNAWKVYN ENLVHMIEHA QKELQKLRKH I QDLNWQRK NMQLTAGSKL REMESNWVSL VSKNYEIERT IVQLENEIYQ IKQQHGEANK ENIRQDF

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分子 #28: Pre-mRNA-splicing factor SYF1

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 100.148711 KDa
配列文字列: MVVMARLSRP ERPDLVFEEE DLPYEEEIMR NQFSVKCWLR YIEFKQGAPK PRLNQLYERA LKLLPCSYKL WYRYLKARRA QVKHRCVTD PAYEDVNNCH ERAFVFMHKM PRLWLDYCQF LMDQGRVTHT RRTFDRALRA LPITQHSRIW PLYLRFLRSH P LPETAVRG ...文字列:
MVVMARLSRP ERPDLVFEEE DLPYEEEIMR NQFSVKCWLR YIEFKQGAPK PRLNQLYERA LKLLPCSYKL WYRYLKARRA QVKHRCVTD PAYEDVNNCH ERAFVFMHKM PRLWLDYCQF LMDQGRVTHT RRTFDRALRA LPITQHSRIW PLYLRFLRSH P LPETAVRG YRRFLKLSPE SAEEYIEYLK SSDRLDEAAQ RLATVVNDER FVSKAGKSNY QLWHELCDLI SQNPDKVQSL NV DAIIRGG LTRFTDQLGK LWCSLADYYI RSGHFEKARD VYEEAIRTVM TVRDFTQVFD SYAQFEESMI AAKMETASEL GRE EEDDVD LELRLARFEQ LISRRPLLLN SVLLRQNPHH VHEWHKRVAL HQGRPREIIN TYTEAVQTVD PFKATGKPHT LWVA FAKFY EDNGQLDDAR VILEKATKVN FKQVDDLASV WCQCGELELR HENYDEALRL LRKATALPAR RAEYFDGSEP VQNRV YKSL KVWSMLADLE ESLGTFQSTK AVYDRILDLR IATPQIVINY AMFLEEHKYF EESFKAYERG ISLFKWPNVS DIWSTY LTK FIARYGGRKL ERARDLFEQA LDGCPPKYAK TLYLLYAQLE EEWGLARHAM AVYERATRAV EPAQQYDMFN IYIKRAA EI YGVTHTRGIY QKAIEVLSDE HAREMCLRFA DMECKLGEID RARAIYSFCS QICDPRTTGA FWQTWKDFEV RHGNEDTI K EMLRIRRSVQ ATYNTQVNFM ASQMLKVSGS ATGTVSDLAP GQSGMDDMKL LEQRAEQLAA EAERDQPLRA QSKILFVRS DASREELAEL AQQVNPEEIQ LGEDEDEDEM DLEPNEVRLE QQSVPAAVFG SLKED

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分子 #29: RNA helicase aquarius

分子名称: RNA helicase aquarius / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 171.502453 KDa
配列文字列: MAAPAQPKKI VAPTVSQINA EFVTQLACKY WAPHIKKKSP FDIKVIEDIY EKEIVKSRFA IRKIMLLEFS QYLENYLWMN YSPEVSSKA YLMSICCMVN EKFRENVPAW EIFKKKPDHF PFFFKHILKA ALAETDGEFS LHEQTVLLLF LDHCFNSLEV D LIRSQVQQ ...文字列:
MAAPAQPKKI VAPTVSQINA EFVTQLACKY WAPHIKKKSP FDIKVIEDIY EKEIVKSRFA IRKIMLLEFS QYLENYLWMN YSPEVSSKA YLMSICCMVN EKFRENVPAW EIFKKKPDHF PFFFKHILKA ALAETDGEFS LHEQTVLLLF LDHCFNSLEV D LIRSQVQQ LISLPMWMGL QLARLELELK KTPKLRKFWN LIKKNDEKMD PEAREQAYQE RRFLSQLIQK FISVLKSVPL SE PVTMDKV HYCERFIELM IDLEALLPTR RWFNTILDDS HLLVHCYLSN LVRREEDGHL FSQLLDMLKF YTGFEINDQT GNA LTENEM TTIHYDRITS LQRAAFAHFP ELYDFALSNV AEVDTRESLV KFFGPLSSNT LHQVASYLCL LPTLPKNEDT TFDK EFLLE LLVSRHERRI SQIQQLNQMP LYPTEKIIWD ENIVPTEYYS GEGCLALPKL NLQFLTLHDY LLRNFNLFRL ESTYE IRQD IEDSVSRMKP WQSEYGGVVF GGWARMAQPI VAFTVVEVAK PNIGENWPTR VRADVTINLN VRDHIKDEWE GLRKHD VCF LITVRPTKPY GTKFDRRRPF IEQVGLVYVR GCEIQGMLDD KGRVIEDGPE PRPNLRGESR TFRVFLDPNQ YQQDMTN TI QNGAEDVYET FNIIMRRKPK ENNFKAVLET IRNLMNTDCV VPDWLHDIIL GYGDPSSAHY SKMPNQIATL DFNDTFLS I EHLKASFPGH NVKVTVEDPA LQIPPFRITF PVRSGKGKKR KDADVEDEDT EEAKTLIVEP HVIPNRGPYP YNQPKRNTI QFTHTQIEAI RAGMQPGLTM VVGPPGTGKT DVAVQIISNI YHNFPEQRTL IVTHSNQALN QLFEKIMALD IDERHLLRLG HGEEELETE KDFSRYGRVN YVLARRIELL EEVKRLQKSL GVPGDASYTC ETAGYFFLYQ VMSRWEEYIS KVKNKGSTLP D VTEVSTFF PFHEYFANAP QPIFKGRSYE EDMEIAEGCF RHIKKIFTQL EEFRASELLR SGLDRSKYLL VKEAKIIAMT CT HAALKRH DLVKLGFKYD NILMEEAAQI LEIETFIPLL LQNPQDGFSR LKRWIMIGDH HQLPPVIKNM AFQKYSNMEQ SLF TRFVRV GVPTVDLDAQ GRARASLCNL YNWRYKNLGN LPHVQLLPEF STANAGLLYD FQLINVEDFQ GVGESEPNPY FYQN LGEAE YVVALFMYMC LLGYPADKIS ILTTYNGQKH LIRDIINRRC GNNPLIGRPN KVTTVDRFQG QQNDYILLSL VRTRA VGHL RDVRRLVVAM SRARLGLYIF ARVSLFQNCF ELTPAFSQLT ARPLHLHIIP TEPFPTTRKN GERPSHEVQI IKNMPQ MAN FVYNMYMHLI QTTHHYHQTL LQLPPAMVEE GEEVQNQETE LETEEEAMTV QADIIPSPTD TSCRQETPAF QTDTTPS ET GATSTPEAIP ALSETTPTVV GAVSAPAEAN TPQDATSAPE ETK

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分子 #30: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: プロリルイソメラーゼ
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 33.475773 KDa
配列文字列: MATTKRVLYV GGLAEEVDDK VLHAAFIPFG DITDIQIPLD YETEKHRGFA FVEFELAEDA AAAIDNMNES ELFGRTIRVN LAKPMRIKE GSSRPVWSDD DWLKKFSGKT LEENKEEEGS EPPKAETQEG EPIAKKARSN PQVYMDIKIG NKPAGRIQML L RSDVVPMT ...文字列:
MATTKRVLYV GGLAEEVDDK VLHAAFIPFG DITDIQIPLD YETEKHRGFA FVEFELAEDA AAAIDNMNES ELFGRTIRVN LAKPMRIKE GSSRPVWSDD DWLKKFSGKT LEENKEEEGS EPPKAETQEG EPIAKKARSN PQVYMDIKIG NKPAGRIQML L RSDVVPMT AENFRCLCTH EKGFGFKGSS FHRIIPQFMC QGGDFTNHNG TGGKSIYGKK FDDENFILKH TGPGLLSMAN SG PNTNGSQ FFLTCDKTDW LDGKHVVFGE VTEGLDVLRQ IEAQGSKDGK PKQKVIIADC GEYV

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分子 #31: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

分子名称: U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 28.456584 KDa
配列文字列: MVKLTAELIE QAAQYTNAVR DRELDLRGYK IPVIENLGAT LDQFDAIDFS DNEIRKLDGF PLLRRLKTLL VNNNRICRIG EGLDQALPC LTELILTNNS LVELGDLDPL ASLKSLTYLS ILRNPVTNKK HYRLYVIYKV PQVRVLDFQK VKLKERQEAE K MFKGKRGA ...文字列:
MVKLTAELIE QAAQYTNAVR DRELDLRGYK IPVIENLGAT LDQFDAIDFS DNEIRKLDGF PLLRRLKTLL VNNNRICRIG EGLDQALPC LTELILTNNS LVELGDLDPL ASLKSLTYLS ILRNPVTNKK HYRLYVIYKV PQVRVLDFQK VKLKERQEAE K MFKGKRGA QLAKDIARRS KTFNPGAGLP TDKKKGGPSP GDVEAIKNAI ANASTLAEVE RLKGLLQSGQ IPGRERRSGP TD DGEEEME EDTVTNGS

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分子 #32: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''

分子名称: U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 25.524367 KDa
配列文字列: MDIRPNHTIY INNMNDKIKK EELKRSLYAL FSQFGHVVDI VALKTMKMRG QAFVIFKELG SSTNALRQLQ GFPFYGKPMR IQYAKTDSD IISKMRGTFA DKEKKKEKKK AKTVEQTATT TNKKPGQGTP NSANTQGNST PNPQVPDYPP NYILFLNNLP E ETNEMMLS ...文字列:
MDIRPNHTIY INNMNDKIKK EELKRSLYAL FSQFGHVVDI VALKTMKMRG QAFVIFKELG SSTNALRQLQ GFPFYGKPMR IQYAKTDSD IISKMRGTFA DKEKKKEKKK AKTVEQTATT TNKKPGQGTP NSANTQGNST PNPQVPDYPP NYILFLNNLP E ETNEMMLS MLFNQFPGFK EVRLVPGRHD IAFVEFENDG QAGAARDALQ GFKITPSHAM KITYAKK

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分子 #33: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX15

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX15
タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 91.065805 KDa
配列文字列: MSKRHRLDLG EDYPSGKKRA GTDGKDRDRD RDREDRSKDR DRERDRGDRE REREKEKEKE LRASTNAMLI SAGLPPLKAS HSAHSTHSA HSTHSTHSAH STHAGHAGHT SLPQCINPFT NLPHTPRYYD ILKKRLQLPV WEYKDRFTDI LVRHQSFVLV G ETGSGKTT ...文字列:
MSKRHRLDLG EDYPSGKKRA GTDGKDRDRD RDREDRSKDR DRERDRGDRE REREKEKEKE LRASTNAMLI SAGLPPLKAS HSAHSTHSA HSTHSTHSAH STHAGHAGHT SLPQCINPFT NLPHTPRYYD ILKKRLQLPV WEYKDRFTDI LVRHQSFVLV G ETGSGKTT QIPQWCVEYM RSLPGPKRGV ACTQPRRVAA MSVAQRVADE MDVMLGQEVG YSIRFEDCSS AKTILKYMTD GM LLREAMN DPLLERYGVI ILDEAHERTL ATDILMGVLK EVVRQRSDLK VIVMSATLDA GKFQIYFDNC PLLTIPGRTH PVE IFYTPE PERDYLEAAI RTVIQIHMCE EEEGDLLLFL TGQEEIDEAC KRIKREVDDL GPEVGDIKII PLYSTLPPQQ QQRI FEPPP PKKQNGAIGR KVVVSTNIAE TSLTIDGVVF VIDPGFAKQK VYNPRIRVES LLVTAISKAS AQQRAGRAGR TRPGK CFRL YTEKAYKTEM QDNTYPEILR SNLGSVVLQL KKLGIDDLVH FDFMDPPAPE TLMRALELLN YLAALNDDGD LTELGS MMA EFPLDPQLAK MVIASCDYNC SNEVLSITAM LSVPQCFVRP TEAKKAADEA KMRFAHIDGD HLTLLNVYHA FKQNHES VQ WCYDNFINYR SLMSADNVRQ QLSRIMDRFN LPRRSTDFTS RDYYINIRKA LVTGYFMQVA HLERTGHYLT VKDNQVVQ L HPSTVLDHKP EWVLYNEFVL TTKNYIRTCT DIKPEWLVKI APQYYDMSNF PQCEAKRQLD RIIAKLQSKE YSQY

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分子 #2: U5snRNA

分子名称: U5snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 37.254855 KDa
配列文字列:
AUACUCUGGU UUCUCUUCAG AUCGCAUAAA UCUUUCGCCU UUUACUAAAG AUUUCCGUGG AGAGGAACAA CUCUGAGUCU UAACCCAAU UUUUUGAGGC CUUGCUUUGG CAAGGCUA

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分子 #5: U6snRNA

分子名称: U6snRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 34.404438 KDa
配列文字列:
GUGCUCGCUU CGGCAGCACA UAUACUAAAA UUGGAACGAU ACAGAGAAGA UUAGCAUGGC CCCUGCGCAA GGAUGACACG CAAAUUCGU GAAGCGUUCC AUAUUUUU

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分子 #16: pre-mRNA

分子名称: pre-mRNA / タイプ: rna / ID: 16 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 87.186328 KDa
配列文字列: GAAUACACGG AAUUCGAGCU CGCCCACUCU UGGAUCGGAA ACCCGUCGGC CUCCGAACGG UAAGAGCCUA GCAUGUAGAA CUGGUUACC UGCAGCCCAA GCUUGCGUAC ACCAUCAGGG UACGUACUAG UACGUACACC AUCAGGGUAC GGCUGCACGU C UAGGGCGC ...文字列:
GAAUACACGG AAUUCGAGCU CGCCCACUCU UGGAUCGGAA ACCCGUCGGC CUCCGAACGG UAAGAGCCUA GCAUGUAGAA CUGGUUACC UGCAGCCCAA GCUUGCGUAC ACCAUCAGGG UACGUACUAG UACGUACACC AUCAGGGUAC GGCUGCACGU C UAGGGCGC AGUAGUCCAG GGUUUCCUUG AUGAUGUCAU ACUUAUCCUG UCCCUUUUUU UUCCACAGCU CGCGGUUGAG GA CAAACUC UUCGCGGUCU UUCCAGUGGG GAUCC

+
分子 #17: U2snRNA

分子名称: U2snRNA / タイプ: rna / ID: 17 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 60.186445 KDa
配列文字列:
AUCGCUUCUC GGCCUUUUGG CUAAGAUCAA GUGUAGUAUC UGUUCUUAUC AGUUUAAUAU CUGAUACGUC CUCUAUCCGA GGACAAUAU AUUAAAUGGA UUUUUGGAGC AGGGAGAUGG AAUAGGAGCU UGCUCCGUCC ACUCCACGCA UCGACCUGGU A UUGCAGUA CCUCCAGGAA CGGUGCACCC

+
分子 #34: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸

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分子 #35: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 7 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 499840

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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