+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9641 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Calcium release-activated calcium channel protein 1, P288L mutant | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Drosophila (ハエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu X / Wu G / Yang X / Shen Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2019 タイトル: Molecular understanding of calcium permeation through the open Orai channel. 著者: Xiaofen Liu / Guangyan Wu / Yi Yu / Xiaozhe Chen / Renci Ji / Jing Lu / Xin Li / Xing Zhang / Xue Yang / Yuequan Shen / 要旨: The Orai channel is characterized by voltage independence, low conductance, and high Ca2+ selectivity and plays an important role in Ca2+ influx through the plasma membrane (PM). How the channel is ...The Orai channel is characterized by voltage independence, low conductance, and high Ca2+ selectivity and plays an important role in Ca2+ influx through the plasma membrane (PM). How the channel is activated and promotes Ca2+ permeation is not well understood. Here, we report the crystal structure and cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of a Drosophila melanogaster Orai (dOrai) mutant (P288L) channel that is constitutively active according to electrophysiology. The open state of the Orai channel showed a hexameric assembly in which 6 transmembrane 1 (TM1) helices in the center form the ion-conducting pore, and 6 TM4 helices in the periphery form extended long helices. Orai channel activation requires conformational transduction from TM4 to TM1 and eventually causes the basic section of TM1 to twist outward. The wider pore on the cytosolic side aggregates anions to increase the potential gradient across the membrane and thus facilitate Ca2+ permeation. The open-state structure of the Orai channel offers insights into channel assembly, channel activation, and Ca2+ permeation. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9641.map.gz | 1.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-9641-v30.xml emd-9641.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9641_fsc.xml | 7.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9641.png | 63.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9641 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9641 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Calcium release-activated calcium channel protein 1
全体 | 名称: Calcium release-activated calcium channel protein 1 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Calcium release-activated calcium channel protein 1
超分子 | 名称: Calcium release-activated calcium channel protein 1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Drosophila (ハエ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S-GnTi- / 組換プラスミド: pEG-BacMam |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
グリッド | 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 49.8 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |