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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9635 | |||||||||
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タイトル | The structure of Enterovirus D68 A-particle triggered by an unknown stimulus | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Enterovirus D68 (エンテロウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng QB / Zhu R / Xu LF / He MZ / Yan XD / Cheng T / Li SW | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: Atomic structures of enterovirus D68 in complex with two monoclonal antibodies define distinct mechanisms of viral neutralization. 著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Longfa Xu / Maozhou He / Xiaodong Yan / Dongxiao Liu / Zhichao Yin / Yangtao Wu / Yongchao Li / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen ...著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Longfa Xu / Maozhou He / Xiaodong Yan / Dongxiao Liu / Zhichao Yin / Yangtao Wu / Yongchao Li / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen / Zhihai Li / Hai Yu / Ying Gu / Jun Zhang / Timothy S Baker / Z Hong Zhou / Barney S Graham / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Enterovirus D68 (EV-D68) undergoes structural transformation between mature, cell-entry intermediate (A-particle) and empty forms throughout its life cycle. Structural information for the various ...Enterovirus D68 (EV-D68) undergoes structural transformation between mature, cell-entry intermediate (A-particle) and empty forms throughout its life cycle. Structural information for the various forms and antibody-bound capsids will facilitate the development of effective vaccines and therapeutics against EV-D68 infection, which causes childhood respiratory and paralytic diseases worldwide. Here, we report the structures of three EV-D68 capsid states representing the virus at major phases. We further describe two original monoclonal antibodies (15C5 and 11G1) with distinct structurally defined mechanisms for virus neutralization. 15C5 and 11G1 engage the capsid loci at icosahedral three-fold and five-fold axes, respectively. To block viral attachment, 15C5 binds three forms of capsids, and triggers mature virions to transform into A-particles, mimicking engagement by the functional receptor ICAM-5, whereas 11G1 exclusively recognizes the A-particle. Our data provide a structural and molecular explanation for the transition of picornavirus capsid conformations and demonstrate distinct mechanisms for antibody-mediated neutralization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9635.map.gz | 325 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9635-v30.xml emd-9635.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9635_fsc.xml | 15.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9635.png | 251.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9635 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9635 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9635.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.128 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Enterovirus D68
全体 | 名称: Enterovirus D68 (エンテロウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Enterovirus D68
超分子 | 名称: Enterovirus D68 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 42789 / 生物種: Enterovirus D68 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス) |
配列 | 文字列: IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSAAQADKNF FKWTINTRSF VQLRRKLELF TYLRFDAEIT ILTTVAVNGS GNNTYVGLPD LTLQAMFVPT GALTPEKQDS FHWQSGSNAS ...文字列: IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSAAQADKNF FKWTINTRSF VQLRRKLELF TYLRFDAEIT ILTTVAVNGS GNNTYVGLPD LTLQAMFVPT GALTPEKQDS FHWQSGSNAS VFFKISDPPA RITIPFMCIN SAYSVFYDGF AGFEKNGLYG INPADTIGNL CVRIVNEHQP VGFTVTVRVY MKPKHIKAWA PRPPRTLPYM SIANANYKGK ERAPNALNAI IGNRDSVKTM PHNIV |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス) |
配列 | 文字列: SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNIG MFGQNVQHHY LYRSGFLIHV QCNATKFHQG ALLVVAIPEH QRGAHNTNTS PGFDDIMKGE EGGTFNHPYV LDDGTSLACA ...文字列: SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNIG MFGQNVQHHY LYRSGFLIHV QCNATKFHQG ALLVVAIPEH QRGAHNTNTS PGFDDIMKGE EGGTFNHPYV LDDGTSLACA TIFPHQWINL RTNNSATIVL PWMNAAPMDF PLRHNQWTLA IIPVVPLGTR TTSSMVPITV SIAPMCCEFN GLRHAITQ |
-分子 #3: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス) |
配列 | 文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQL DGPLRNTLVG NISRYYTHWS GSLEMTFMFC GSFMATGKLI LCYTPPGGSC PTTRETAMLG THIVWDFGLQ SSVTLIIPWI ...文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQL DGPLRNTLVG NISRYYTHWS GSLEMTFMFC GSFMATGKLI LCYTPPGGSC PTTRETAMLG THIVWDFGLQ SSVTLIIPWI SGSHYRMFNN DAKSTNANVG YVTCFMQTNL IVPSESSDTC SLIGFIAAKD DFSLRLMRDS PDIGQLDHLH AAEAAYQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |