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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9623 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of aldehyde-alcohol dehydrogenase reveals a high-order helical architecture critical for its activity | |||||||||
マップデータ | mrc map file from cisTEM program | |||||||||
試料 |
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キーワード | acetyl CoA (アセチルCoA) / ethanol (エタノール) / regulation (規制) / high-order structure / HYDROLASE (加水分解酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethanol biosynthetic process / mixed acid fermentation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, iron-dependent / アセトアルデヒド脱水素酵素 / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / ferrous iron binding / protein homooligomerization ...ethanol biosynthetic process / mixed acid fermentation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, iron-dependent / アセトアルデヒド脱水素酵素 / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / ferrous iron binding / protein homooligomerization / response to oxidative stress / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim G / Song JJ | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Aldehyde-alcohol dehydrogenase forms a high-order spirosome architecture critical for its activity. 著者: Gijeong Kim / Liyana Azmi / Seongmin Jang / Taeyang Jung / Hans Hebert / Andrew J Roe / Olwyn Byron / Ji-Joon Song / 要旨: Aldehyde-alcohol dehydrogenase (AdhE) is a key enzyme in bacterial fermentation, converting acetyl-CoA to ethanol, via two consecutive catalytic reactions. Here, we present a 3.5 Å resolution cryo- ...Aldehyde-alcohol dehydrogenase (AdhE) is a key enzyme in bacterial fermentation, converting acetyl-CoA to ethanol, via two consecutive catalytic reactions. Here, we present a 3.5 Å resolution cryo-EM structure of full-length AdhE revealing a high-order spirosome architecture. The structure shows that the aldehyde dehydrogenase (ALDH) and alcohol dehydrogenase (ADH) active sites reside at the outer surface and the inner surface of the spirosome respectively, thus topologically separating these two activities. Furthermore, mutations disrupting the helical structure abrogate enzymatic activity, implying that formation of the spirosome structure is critical for AdhE activity. In addition, we show that this spirosome structure undergoes conformational change in the presence of cofactors. This work presents the atomic resolution structure of AdhE and suggests that the high-order helical structure regulates its enzymatic activity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9623.map.gz | 95.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9623-v30.xml emd-9623.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9623.png | 296.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9623.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9623 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9623 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9623.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | mrc map file from cisTEM program | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Helical structure of AdhE
全体 | 名称: Helical structure of AdhE |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical structure of AdhE
超分子 | 名称: Helical structure of AdhE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Aldehyde-alcohol dehydrogenase
分子 | 名称: Aldehyde-alcohol dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: アルコールデヒドロゲナーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 96.388258 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSMAVTNVAE LNALVERVKK AQREYASFTQ EQVDKIFRAA ALAAADARIP LAKMAVAESG MGIVEDKVIK NHFASEYIYN AYKDEKTCG VLSEDDTFGT ITIAEPIGII CGIVPTTNPT STAIFKSLIS LKTRNAIIFS PHPRAKDATN KAADIVLQAA I AAGAPKDL ...文字列: GSMAVTNVAE LNALVERVKK AQREYASFTQ EQVDKIFRAA ALAAADARIP LAKMAVAESG MGIVEDKVIK NHFASEYIYN AYKDEKTCG VLSEDDTFGT ITIAEPIGII CGIVPTTNPT STAIFKSLIS LKTRNAIIFS PHPRAKDATN KAADIVLQAA I AAGAPKDL IGWIDQPSVE LSNALMHHPD INLILATGGP GMVKAAYSSG KPAIGVGAGN TPVVIDETAD IKRAVASVLM SK TFDNGVI CASEQSVVVV DSVYDAVRER FATHGGYLLQ GKELKAVQDV ILKNGALNAA IVGQPAYKIA ELAGFSVPEN TKI LIGEVT VVDESEPFAH EKLSPTLAMY RAKDFEDAVE KAEKLVAMGG IGHTSCLYTD QDNQPARVSY FGQKMKTARI LINT PASQG GIGDLYNFKL APSLTLGCGS WGGNSISENV GPKHLINKKT VAKRAENMLW HKLPKSIYFR RGSLPIALDE VITDG HKRA LIVTDRFLFN NGYADQITSV LKAAGVETEV FFEVEADPTL SIVRKGAELA NSFKPDVIIA LGGGSPMDAA KIMWVM YEH PETHFEELAL RFMDIRKRIY KFPKMGVKAK MIAVTTTSGT GSEVTPFAVV TDDATGQKYP LADYALTPDM AIVDANL VM DMPKSLCAFG GLDAVTHAME AYVSVLASEF SDGQALQALK LLKEYLPASY HEGSKNPVAR ERVHSAATIA GIAFANAF L GVCHSMAHKL GSQFHIPHGL ANALLICNVI RYNANDNPTK QTAFSQYDRP QARRRYAEIA DHLGLSAPGD RTAAKIEKL LAWLETLKAE LGIPKSIREA GVQEADFLAN VDKLSEDAFD DQCTGANPRY PLISELKQIL LDTYYGRDYV EGETAAKKEA APAKAEKKA KKSA UniProtKB: Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase AdhE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.0 mm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 44.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 160830 |