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- EMDB-9534: Architecture of mammalian respirasome -

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エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 9534
タイトルArchitecture of mammalian respirasome
マップデータ
試料Respirasome
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 9
  • Cytochrome bシトクロムb
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 6
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 2
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 10
  • Acyl carrier protein
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 3
  • Mitochondrial NADH dehydrogenase Fe-S protein 4
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...シトクロムcオキシダーゼ) x 13
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit ...) x 6
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
  • (ligandリガンド) x 10
機能・相同性Cytochrome b/b6-like domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 ...Cytochrome b/b6-like domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / Zinc finger, CHCC-type / Soluble ligand binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / Cytochrome c oxidase, subunit Vb, zinc binding site / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Protein MGARP / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Single alpha-helix domain superfamily / シトクロムb / Deoxynucleoside kinase domain / Di-haem cytochrome, transmembrane / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Peptidase M16, C-terminal / Complex 1 LYR protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / NmrA-like domain / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cupredoxin / Cytochrome c-like domain / Phosphopantetheine binding ACP domain / GRIM-19 / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / CHCH / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Peptidase M16, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Cytochrome c oxidase, subunit II / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Protein MGARP, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / NADHデヒドロゲナーゼ / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Rieske [2Fe-2S] domain / Proton-conducting membrane transporter / Molybdopterin oxidoreductase / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / Phosphopantetheine attachment site / Insulinase (Peptidase family M16) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / デオキシヌクレオシドキナーゼ / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome C1 family / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
機能・相同性情報
由来Sus scrofa (ブタ) / Bovine (ウシ) / Pig (ブタ)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 5.4Å分解能
データ登録者Gu J / Wu M / Guo R / Yang M
引用ジャーナル: Nature / : 2016
タイトル: The architecture of the mammalian respirasome.
著者: Jinke Gu / Meng Wu / Runyu Guo / Kaige Yan / Jianlin Lei / Ning Gao / Maojun Yang
構造検証レポートPDB-ID: 5gpn

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2016年10月31日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年4月5日 / マップ公開: 2017年4月12日 / 最新の更新: 2017年4月12日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0216
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0216
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-5gpn
  • 表面レベル: 0.0216
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_9534.map.gz (map file in CCP4 format, 442369 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
480 pix
1.05 Å/pix.
= 505.421 Å
480 pix
1.05 Å/pix.
= 505.421 Å
480 pix
1.05 Å/pix.
= 505.421 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05296 Å
密度
表面のレベル:0.0216 (by author), 0.0216 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.04734845 - 0.11140665
平均 (標準偏差)0.0005272059 (0.003714595)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions480480480
Origin0.00.00.0
Limit479.0479.0479.0
Spacing480480480
セルA=B=C: 505.4208 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.05296041666671.05296041666671.0529604166667
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z505.421505.421505.421
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0470.1110.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Respirasome

全体名称: Respirasome / 詳細: Mammalian, respirasome / 構成要素数: 74

+
構成要素 #1: タンパク質, Respirasome

タンパク質名称: Respirasome / 詳細: Mammalian, respirasome哺乳類 / 組換発現: No
分子量実験値: 1.7 MDa
由来生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
構成要素 #2: タンパク質, Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 49.266254 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #3: タンパク質, Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 46.575469 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #4: タンパク質, Cytochrome b

タンパク質名称: Cytochrome bシトクロムb / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 42.62034 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #5: タンパク質, Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.323277 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #6: タンパク質, Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.572814 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #7: タンパク質, Cytochrome b-c1 complex subunit 7

タンパク質名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.37119 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #8: タンパク質, Cytochrome b-c1 complex subunit 8

タンパク質名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.606027 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #9: タンパク質, Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.189116 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #10: タンパク質, Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.964259 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #11: タンパク質, Cytochrome b-c1 complex subunit 9

タンパク質名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.209311 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #12: タンパク質, Cytochrome b-c1 complex subunit 10

タンパク質名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.527604 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #13: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 30.241416 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #14: タンパク質, NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit

タンパク質名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 79.627398 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #15: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 52.552301 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #16: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.777742 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #17: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.893281 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #18: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 50.637766 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #19: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.439533 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #20: タンパク質, NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

タンパク質名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 35.66752 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #21: タンパク質, NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

タンパク質名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 39.077504 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #22: タンパク質, NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

タンパク質名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.998448 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #23: タンパク質, NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

タンパク質名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 51.859387 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #24: タンパク質, NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

タンパク質名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.827253 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #25: タンパク質, NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

タンパク質名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 68.6955 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #26: タンパク質, NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

タンパク質名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 19.021332 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #27: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.225567 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #28: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.099798 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #29: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.506591 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #30: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 42.606324 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #31: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit...

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 40.476082 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #32: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.911611 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #33: タンパク質, Acyl carrier protein

タンパク質名称: Acyl carrier protein / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.326223 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #34: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5
個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.587006 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #35: タンパク質, Mitochondrial NADH dehydrogenase Fe-S protein 4

タンパク質名称: Mitochondrial NADH dehydrogenase Fe-S protein 4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 19.7185 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #36: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mit...

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.34895 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #37: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 3

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 3シトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.9436 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #38: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.179646 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #39: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.453081 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #40: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.684038 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #41: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.452687 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #42: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 6B1

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 6B1シトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.039244 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #43: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 6C

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 6Cシトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.494982 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #44: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.682726 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #45: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.365217 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #46: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 5.449396 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #47: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 4.967756 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #48: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 1

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 1シトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 57.065844 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #49: タンパク質, Cytochrome c oxidase subunit 2

タンパク質名称: Cytochrome c oxidase subunit 2シトクロムcオキシダーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.040393 kDa
由来生物種: Bovine (ウシ)

+
構成要素 #50: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment
個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.422071 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #51: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.088424 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #52: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment
個数: 4 / 組換発現: No
分子量理論値: 3.677524 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #53: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.32159 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #54: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.953313 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #55: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.686894 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #56: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 20.944768 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #57: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.733711 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #58: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.327655 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #59: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.630037 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #60: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 20.064096 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #61: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment
個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.485986 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #62: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.91158 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #63: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 1.464797 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #64: タンパク質, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment

タンパク質名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit fragment
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 1.124378 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #65: リガンド, PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

リガンド名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 個数: 4 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.616487 kDa

+
構成要素 #66: リガンド, HEME C

リガンド名称: HEME C / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.618503 kDa

+
構成要素 #67: リガンド, FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

リガンド名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 個数: 4 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.17582 kDa

+
構成要素 #68: リガンド, IRON/SULFUR CLUSTER

リガンド名称: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター / 個数: 6 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.35164 kDa

+
構成要素 #69: リガンド, FLAVIN MONONUCLEOTIDE

リガンド名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.456344 kDa

+
構成要素 #70: リガンド, NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

リガンド名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.745421 kDa

+
構成要素 #71: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

+
構成要素 #72: リガンド, HEME-A

リガンド名称: HEME-A / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.852837 kDa

+
構成要素 #73: リガンド, COPPER (II) ION

リガンド名称: COPPER (II) ION / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.354605 MDa

+
構成要素 #74: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.2
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 1.7 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 139996
3次元再構成ソフトウェア: EMAN / 分解能: 5.4 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: rigid body / 精密化に使用した空間: REAL
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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