+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9507 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM map of the RP region of human 26S proteasome at 4.3A | |||||||||
マップデータ | map of the RP region | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang XL / Luan B / Wu JP / Shi YG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: An atomic structure of the human 26S proteasome. 著者: Xiuliang Huang / Bai Luan / Jianping Wu / Yigong Shi / 要旨: We report the cryo-EM structure of the human 26S proteasome at an average resolution of 3.5 Å, allowing atomic modeling of 28 subunits in the core particle (CP) and 18 subunits in the regulatory ...We report the cryo-EM structure of the human 26S proteasome at an average resolution of 3.5 Å, allowing atomic modeling of 28 subunits in the core particle (CP) and 18 subunits in the regulatory particle (RP). The C-terminal residues of Rpt3 and Rpt5 subunits in the RP can be seen inserted into surface pockets formed between adjacent α subunits in the CP. Each of the six Rpt subunits contains a bound nucleotide, and the central gate of the CP α-ring is closed despite RP association. The six pore 1 loops in the Rpt ring are arranged similarly to a spiral staircase along the axial channel of substrate transport, which is constricted by the pore 2 loops. We also determined the cryo-EM structure of the human proteasome bound to the deubiquitinating enzyme USP14 at 4.35-Å resolution. Together, our structures provide a framework for mechanistic understanding of eukaryotic proteasome function. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9507.map.gz | 78.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-9507-v30.xml emd-9507.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9507.png | 37.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9507 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9507 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | map of the RP region | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human 26S proteasome
全体 | 名称: human 26S proteasomeプロテアソーム |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: human 26S proteasome
超分子 | 名称: human 26S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 2s before plunging. | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 4881 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 37.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 331338 |
---|---|
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 331338 |