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万見
- EMDB-9366: Atomic structures and deletion mutant reveal different capsid-bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9366
タイトルAtomic structures and deletion mutant reveal different capsid-binding patterns and functional significance of tegument protein pp150 in murine and human cytomegaloviruses with implications for therapeutic development
マップデータ3D reconstruction for MCMV capsid associated with pM32 tegument protein. Contour level=4.0 was estimated while showing the map using step=2 in Chimera.
試料
  • ウイルス: Murid herpesvirus 1 (strain Smith) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Tegument protein
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / viral capsid assembly / viral process / カプシド / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL11/UL32 / Small capsid protein, Herpesviridae / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32 / Small capsid protein of Herpesviridae / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Tegument protein / Minor capsid protein / Small capsomere-interacting protein / Triplex capsid protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種MuHV-1 (ウイルス) / Murid herpesvirus 1 (strain Smith) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Liu W / Dai XH / Jih J / Chan K / Trang P / Yu XK / Balogun R / Mei Y / Liu FY / Zhou ZH
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567, DE023935, and DE025462 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI069015 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10RR23057 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2019
タイトル: Atomic structures and deletion mutant reveal different capsid-binding patterns and functional significance of tegument protein pp150 in murine and human cytomegaloviruses with ...タイトル: Atomic structures and deletion mutant reveal different capsid-binding patterns and functional significance of tegument protein pp150 in murine and human cytomegaloviruses with implications for therapeutic development.
著者: Wei Liu / Xinghong Dai / Jonathan Jih / Karen Chan / Phong Trang / Xuekui Yu / Rilwan Balogun / Ye Mei / Fenyong Liu / Z Hong Zhou /
要旨: Cytomegalovirus (CMV) infection causes birth defects and life-threatening complications in immunosuppressed patients. Lack of vaccine and need for more effective drugs have driven widespread ongoing ...Cytomegalovirus (CMV) infection causes birth defects and life-threatening complications in immunosuppressed patients. Lack of vaccine and need for more effective drugs have driven widespread ongoing therapeutic development efforts against human CMV (HCMV), mostly using murine CMV (MCMV) as the model system for preclinical animal tests. The recent publication (Yu et al., 2017, DOI: 10.1126/science.aam6892) of an atomic model for HCMV capsid with associated tegument protein pp150 has infused impetus for rational design of novel vaccines and drugs, but the absence of high-resolution structural data on MCMV remains a significant knowledge gap in such development efforts. Here, by cryoEM with sub-particle reconstruction method, we have obtained the first atomic structure of MCMV capsid with associated pp150. Surprisingly, the capsid-binding patterns of pp150 differ between HCMV and MCMV despite their highly similar capsid structures. In MCMV, pp150 is absent on triplex Tc and exists as a "Λ"-shaped dimer on other triplexes, leading to only 260 groups of two pp150 subunits per capsid in contrast to 320 groups of three pp150 subunits each in a "Δ"-shaped fortifying configuration. Many more amino acids contribute to pp150-pp150 interactions in MCMV than in HCMV, making MCMV pp150 dimer inflexible thus incompatible to instigate triplex Tc-binding as observed in HCMV. While pp150 is essential in HCMV, our pp150-deletion mutant of MCMV remained viable though with attenuated infectivity and exhibiting defects in retaining viral genome. These results thus invalidate targeting pp150, but lend support to targeting capsid proteins, when using MCMV as a model for HCMV pathogenesis and therapeutic studies.
履歴
登録2018年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月6日-
マップ公開2019年3月6日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nhj
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6nhj
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9366.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction for MCMV capsid associated with pM32 tegument protein. Contour level=4.0 was estimated while showing the map using step=2 in Chimera.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.351 Å
密度
表面レベル登録者による: 4 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-7.3179355 - 13.18449
平均 (標準偏差)0.00006514169 (±0.99999726)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-639-639-639
サイズ128012801280
Spacing128012801280
セルA=B=C: 1729.2799 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3511.3511.351
M x/y/z128012801280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1729.2801729.2801729.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-639-639-639
NC/NR/NS128012801280
D min/max/mean-7.31813.1840.000

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添付データ

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追加マップ: Sub-particle reconstruction for MCMV 2-fold region

ファイルemd_9366_additional_1.map
注釈Sub-particle reconstruction for MCMV 2-fold region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sub-particle reconstruction for MCMV 3-fold region

ファイルemd_9366_additional_2.map
注釈Sub-particle reconstruction for MCMV 3-fold region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sub-particle reconstruction for MCMV 5-fold region

ファイルemd_9366_additional_3.map
注釈Sub-particle reconstruction for MCMV 5-fold region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Murid herpesvirus 1 (strain Smith)

全体名称: Murid herpesvirus 1 (strain Smith) (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Murid herpesvirus 1 (strain Smith) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Tegument protein
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2

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超分子 #1: Murid herpesvirus 1 (strain Smith)

超分子名称: Murid herpesvirus 1 (strain Smith) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10367 / 生物種: Murid herpesvirus 1 (strain Smith) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: MuHV-1 (ウイルス) / 株: Smith
分子量理論値: 151.673031 KDa
配列文字列: MGENWTATEL LPKLDVPIDL LTHIKLSVGE EMFNNFRLYY GDDPERYNLS FEAIFGTYCN KIEWVTFLGT ALATAAHAIM FHDLNKMTT GKMLFYIQVP RVATGAGIPT SRQTTVMVSK YSEKSPITIP FEISAACLTH LKETFEDTLL DKLLNADAVN T VLRAVKNT ...文字列:
MGENWTATEL LPKLDVPIDL LTHIKLSVGE EMFNNFRLYY GDDPERYNLS FEAIFGTYCN KIEWVTFLGT ALATAAHAIM FHDLNKMTT GKMLFYIQVP RVATGAGIPT SRQTTVMVSK YSEKSPITIP FEISAACLTH LKETFEDTLL DKLLNADAVN T VLRAVKNT ADAMERGLID TFLRVLLRHA PPCFVLRTLM EHGTIARRMA TRVQRANIAQ GFKSKMLATI FLLDRSRDRG QL TRYLDML TDCVTESILD NPETYTVGGG ERLAGVIVST HTVVQALLNA LGGSIRRTGV KTPASYGKFV LSKENAVTAI AHH AIMADF SQHADRIQQS SQKDLPESQF LDQRLTFTET QMDVLKVGER LVALEHLRKV YKNTDVQDPL ERDVELTFYF PVGL HVPSG RAYSTAENKI KLVDTAENQL PTTVYFYNKD RIPQRISHAE ALKTLCHPAI HDAGPCLEAF AQAGPPQGDD RVRAL CRRE FVREHMAHAT RRLVHFYQAR IDPPRTANEA KHDFSTKEFA KVDNYLLFTE LHPFFDFCFH TENGQVRPLC TPRIMV GNL PEALAPADFH DLRAKQALEL TKVRAPEGHE ATLQVLRASL TDHQYPELFY LIESLIHGDP AAFETGIELV TRCVNNY WR QRGLLAFANS YDMVRLIATR LGDGAVVPAA YTHYRNLLSI TRFVARTCEL TGLNGRLCDE PLLAYVSALH DPRLWPPF V QALPRNANLV RVVADDVPLD AAHIEERNPG TSDVARMIAM DQAEPLFVDA RRTSDEEMVA QKVYYLCLVP AVLNNHACG AGLNLKHLLV KLFYTKFFLT ADPDSLTAGE EALTNNPLLA ALVRDVATDE NVTANQAAEE LFHLVAHVPE NAQMLEIRAA LDPAQRHGA PSAGFESLQH VLYNGFCMTT VPKLLQEYLT VIPFHRFYSD PGLAATANHD IRVFLNDFPQ YQRCDGGFPL S PIFAHEYH HWHRTPFSCY SAACAHTLES VLTLAIMHHK MSPVSIAALS RMGLHPGFAL TVVRTDTFET DTLLYSTKAS TA VIINTPI VTKEDRDINT VFHVSQNINT VEMGLGYGAT TCTAHLRRVR SDMGSRMQDL FQVFPMHVYR NEDVDAWVRQ ATG ARRTEV LDSEAISILT FGRKTDKGGP ALLHGQRATC EVILTPVSAD LEFFRYPNNP RGRSSSMLGV DPYDEDAALA TLYD HTSPD PQTFVSTNNP WGSQRGSLGD VIYNTRNREK LGHNPSFYSP CAQFFTTDDI INANKTLFKT VEEYLNRSQD CIHGE TDLQ YICVEGTNSI VEKPCRFLQE ALTQHTGTTQ ALMESQLKGT SKLGLDETHY GNYSIGETIP LQQSILFNS

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分子 #2: Tegument protein

分子名称: Tegument protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: MuHV-1 (ウイルス) / 株: Smith
分子量理論値: 78.749961 KDa
配列文字列: MSARGRAAGD DGRQAELMAT LGFVRLSKSS VGKVKKFLNN LYDLKSINLC RHPRVIAECR GTDLSRETQL YNEMVLWLRY HEKLTARRP GHLPLLTRIR QDYDKLFGFV AARPELCGFD GLTEVNVFDD AVYGDDYVPR VDVFLRGLED LARCLCAQGP D KPARAVIM ...文字列:
MSARGRAAGD DGRQAELMAT LGFVRLSKSS VGKVKKFLNN LYDLKSINLC RHPRVIAECR GTDLSRETQL YNEMVLWLRY HEKLTARRP GHLPLLTRIR QDYDKLFGFV AARPELCGFD GLTEVNVFDD AVYGDDYVPR VDVFLRGLED LARCLCAQGP D KPARAVIM GFINMRAEEV NRLMDNVRDA AERVLVYEVL DVRDPLNEDP SVLVHNRLVY LCRLAYAISK SWQTLSHMCL DR INSLRRR LILAFHDRPA FARVYARNAL ERPVDGTTAY NLLRRLEEDF LLFRNALRWG DPDWGLESEL ESEGDNSDAG SDL DLEDEE DDDDGGGPGG HDDESGGNRT PDPGMSLHDD TGIANTCLIG GDDEDCGGGS GRCLEFDPDS ERCLGVKMVN GRAL RWWNP TGIMVDNEAA VWIDEHGRVM DKPPPKELRK ASSDDGGNKK NPPPKKNVTP PVSGSNSVGG GVQTPSTASG KRTGK KKEG GGGYLLRSRS TDDDEVRKMK KDGTIDDRAD RELKMALQKA RESTADSDLS TILPRTEPLR KVAFVGDPVA AFGDTV RTT SSSKGFDDGP FTTQGASVLL PPPLGGPGST LTLPPDLPDL SGVLADEDVQ DSRYGKIPKS RTKKHPTFPE NYKQRPP PH NKDDEYYWDE TGDNMPVGED GGGVLEDLRK GLEGIDLKTG GGGSLQPPLS QQFAGSPFAG SDGDGGGLVK KSSSSH

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分子 #3: Small capsomere-interacting protein

分子名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: MuHV-1 (ウイルス) / 株: Smith
分子量理論値: 9.845198 KDa
配列文字列:
MSTNVSSAAS GGGSSGGSSG ASSGGGGGGS GGSSKKEEER RKQFGANVLN LAPAMVAQPV ISTMIPKYMK MGGHEDKLAY QLDLLRMLS IAKKATVIQ

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分子 #4: Minor capsid protein

分子名称: Minor capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: MuHV-1 (ウイルス) / 株: Smith
分子量理論値: 33.281289 KDa
配列文字列: MANVSSFGPM KREVMEFDPE DPYKVSKMRK LERSIAKGYV YGADHQAITA RFFVRESLGE VEQKNLGVLM FRLDTGIEMP STVLVSLFF LSMVAENVSA ATKNTLAAIY GREGEAIRTW LRDGAWRLHR VVHPLGCTNS ITPGATCLIT CSMRGHSYNM L KTEIYPLL ...文字列:
MANVSSFGPM KREVMEFDPE DPYKVSKMRK LERSIAKGYV YGADHQAITA RFFVRESLGE VEQKNLGVLM FRLDTGIEMP STVLVSLFF LSMVAENVSA ATKNTLAAIY GREGEAIRTW LRDGAWRLHR VVHPLGCTNS ITPGATCLIT CSMRGHSYNM L KTEIYPLL VPKEIYLDLD GESTDEIRFV YFVITYDYNS DRQGRPSAFV VVSRITHRHT LINVLRYRFR VSRFHFLNNS IS GYGPSTG CLGTLQRLGW FCSRDSRSGI VASRAGQLSV VKLEKFYVDV GPLVEFA

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分子 #5: Triplex capsid protein 2

分子名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: MuHV-1 (ウイルス) / 株: Smith
分子量理論値: 34.660262 KDa
配列文字列: METTVLVTFE QRLTTGDVGK LSRLIGAVIP IPYRHHLLGS SQVGLDAVVK DKTRDYSRMR ARMREMTLTI MRRVEGNQMI LGVPTHGQC YTIRNTGPVS WEKGDVLTTL PPVFSGEVTG LVSVSDWDLV LPWIVPMALA TEINQRMMML ALLSLDRSHE E VRAATAQL ...文字列:
METTVLVTFE QRLTTGDVGK LSRLIGAVIP IPYRHHLLGS SQVGLDAVVK DKTRDYSRMR ARMREMTLTI MRRVEGNQMI LGVPTHGQC YTIRNTGPVS WEKGDVLTTL PPVFSGEVTG LVSVSDWDLV LPWIVPMALA TEINQRMMML ALLSLDRSHE E VRAATAQL RVVRYRDATL TLPEITIDDT VLIDMRNVCI SLSMIANLSS EVTLAYVRKL ALEDSNMLLM KCQEILGRRM PQ VGVGAGS SGDRNDPPAR SRTNYNITPT EELNKLTALF VMIRQITDVI SEQPAFLVCD VSPDDKSALC IYKG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer, PH=7.4
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: The grids were manually plunged into the Ethane..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: AGFA SCIENTA FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
実像数: 2200 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 58254
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: a sphere density map
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47982

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 200
得られたモデル

PDB-6nhj:
Atomic structures and deletion mutant reveal different capsid-binding patterns and functional significance of tegument protein pp150 in murine and human cytomegaloviruses with implications for therapeutic development

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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