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万見
- EMDB-9360: Structure of zebrafish Otop1 in nanodiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9360
タイトルStructure of zebrafish Otop1 in nanodiscs
マップデータStructure of zfOtop1 in lipidic nanodiscs
試料
  • 複合体: Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: Otopetrin1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
キーワードProton channel (プロトンポンプ) / Otopetrin / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Saotome K / Lee WH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)NIDCD013741 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structures of the otopetrin proton channels Otop1 and Otop3.
著者: Kei Saotome / Bochuan Teng / Che Chun Alex Tsui / Wen-Hsin Lee / Yu-Hsiang Tu / Joshua P Kaplan / Mark S P Sansom / Emily R Liman / Andrew B Ward /
要旨: Otopetrins (Otop1-Otop3) comprise one of two known eukaryotic proton-selective channel families. Otop1 is required for otoconia formation and a candidate mammalian sour taste receptor. Here we report ...Otopetrins (Otop1-Otop3) comprise one of two known eukaryotic proton-selective channel families. Otop1 is required for otoconia formation and a candidate mammalian sour taste receptor. Here we report cryo-EM structures of zebrafish Otop1 and chicken Otop3 in lipid nanodiscs. The structures reveal a dimeric architecture, with each subunit forming 12 transmembrane helices divided into structurally similar amino (N) and carboxy (C) domains. Cholesterol-like molecules occupy various sites in Otop1 and Otop3 and occlude a central tunnel. In molecular dynamics simulations, hydrophilic vestibules formed by the N and C domains and in the intrasubunit interface between N and C domains form conduits for water entry into the membrane core, suggesting three potential proton conduction pathways. By mutagenesis, we tested the roles of charged residues in each putative permeation pathway. Our results provide a structural basis for understanding selective proton permeation and gating of this conserved family of proton channels.
履歴
登録2018年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2019年6月5日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.41
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.41
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nf4
  • 表面レベル: 5.41
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9360.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9360.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of zfOtop1 in lipidic nanodiscs
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.41 / ムービー #1: 5.41
最小 - 最大-22.402294000000001 - 33.984046999999997
平均 (標準偏差)0.000000000012908 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 206.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z206.000206.000206.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-22.40233.9840.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs

全体名称: Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs
要素
  • 複合体: Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: Otopetrin1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール

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超分子 #1: Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs

超分子名称: Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 65853 kDa/nm

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分子 #1: Otopetrin1

分子名称: Otopetrin1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 65.817 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPVEHGGTDS MWLNKYNPAA ASSASSSSSS DAENKLFSRL KVSLTKKYPQ KNAELLSAQY GTNLLLLGVS VMLALAAQSG PVKEEHLLS FITVLMLVQL VWMLCYMIRR ERERSPVPER DAHAGASWIR GGLTMLALLS LIMDAFRIGY FVGYHSCISA A LGVYPIVH ...文字列:
GPVEHGGTDS MWLNKYNPAA ASSASSSSSS DAENKLFSRL KVSLTKKYPQ KNAELLSAQY GTNLLLLGVS VMLALAAQSG PVKEEHLLS FITVLMLVQL VWMLCYMIRR ERERSPVPER DAHAGASWIR GGLTMLALLS LIMDAFRIGY FVGYHSCISA A LGVYPIVH ALHTISQVHF LWFHIKDVIK KYETFERFGV IHAVFTNLLL WCNGVMSETE HFMHNHRRRL IEMGYANLST VD VQPHCNC TTSVCSMFST SLYYLYPFNI EYHIFVSAML FVMWKNIGRT LDRHSNRKRR STGSTGLLLG PLGGLVALAS SVS VLVVYL IHLEKTEEMH EAAVSMFYYY GVAMMACMCV GSGTGLLVYR MENRPMDTGS NPARTLDTEL LLASSLGSWL MSWC SVVAS VAEAGQKSPS FSWTSLTYSL LLVLEKCIQN LFIVESLYRR HSEEEEDAAA PQVFSVAVPP YDGILNHGYE AHDKH REAE PAAGSHALSR KQPDAPLPAG QRLDVTPGRK RQILKNICMF LFMCNISLWI LPAFGCRPQY DNPLENETFG TSVWTT VLN VAIPLNLFYR MHSVASLFEV FRKV

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio reconstruction in cryosparc
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 67425
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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