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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9292 | ||||||||||||||||||
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タイトル | MicroED structure of thiostrepton at 1.9 A resolution | ||||||||||||||||||
マップデータ | 2Fo-Fc map of thiostrepton | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ANTIBIOTIC (抗生物質) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Thiazolylpeptide-type bacteriocin precursor / defense response to bacterium / extracellular region / チオストレプトン 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Streptomyces azureus (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.91 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Jones CG / Martynowycz MW | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2018 タイトル: The CryoEM Method MicroED as a Powerful Tool for Small Molecule Structure Determination. 著者: Christopher G Jones / Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Tyler J Fulton / Brian M Stoltz / Jose A Rodriguez / Hosea M Nelson / Tamir Gonen / 要旨: In the many scientific endeavors that are driven by organic chemistry, unambiguous identification of small molecules is of paramount importance. Over the past 50 years, NMR and other powerful ...In the many scientific endeavors that are driven by organic chemistry, unambiguous identification of small molecules is of paramount importance. Over the past 50 years, NMR and other powerful spectroscopic techniques have been developed to address this challenge. While almost all of these techniques rely on inference of connectivity, the unambiguous determination of a small molecule's structure requires X-ray and/or neutron diffraction studies. In practice, however, X-ray crystallography is rarely applied in routine organic chemistry due to intrinsic limitations of both the analytes and the technique. Here we report the use of the electron cryo-microscopy (cryoEM) method microcrystal electron diffraction (MicroED) to provide routine and unambiguous structural determination of small organic molecules. From simple powders, with minimal sample preparation, we could collect high-quality MicroED data from nanocrystals (∼100 nm, ∼10 g) resulting in atomic resolution (<1 Å) crystal structures in minutes. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9292.map.gz | 255.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9292-v30.xml emd-9292.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9292.png | 177.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9292.cif.gz | 5.6 KB | ||
Filedesc structureFactors | emd_9292_sf.cif.gz | 20.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9292 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9292 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6mxfMC 9282C 9283C 9284C 9285C 9286C 9287C 9288C 9289C 9290C 9291C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 363.3 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 2Fo-Fc map of thiostrepton | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.59589 Å / Y: 0.59589 Å / Z: 0.68834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Thiostrepton
全体 | 名称: Thiostreptonチオストレプトン |
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要素 |
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-超分子 #1: Thiostrepton
超分子 | 名称: Thiostrepton / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces azureus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1.619538 KDa |
-分子 #1: Thiostrepton
分子 | 名称: Thiostrepton / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces azureus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1.805985 KDa |
配列 | 文字列: (QUA)IA(DHA)AS(BB9)T(DBU)(DCY) (TS9)(BB9)T(BB9)(MH6)(BB9)(DHA)(DHA)(NH2) |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: Powder |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 詳細: Hand-plunged. |
詳細 | Powder |
結晶化 | 詳細: Powder |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / カメラ長: 960 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 回折像の数: 214 / 平均露光時間: 2.21 sec. / 平均電子線量: 0.09 e/Å2 / 詳細: FEI CetaD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
Crystallography statistics | Number intensities measured: 5578 / Number structure factors: 686 / Fourier space coverage: 78.6 / R sym: 0.236 / R merge: 0.236 / Overall phase error: 26.93 / Overall phase residual: 26.93 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.91 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.91 Å / 殻 - Low resolution: 2.13 Å / 殻 - Number structure factors: 92 / 殻 - Phase residual: 29.19 / 殻 - Fourier space coverage: 40.3 / 殻 - Multiplicity: 4.9 |
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Molecular replacement | ソフトウェア - 名称: MOLREP (ver. 11.6.04) |
Symmetry determination software list | ソフトウェア - 名称: POINTLESS (ver. 1.11.14) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.91 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
Merging software list | ソフトウェア - 名称: AIMLESS (ver. 0.7.3) |
詳細 | FEI Ceta |