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- EMDB-9153: Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9153
タイトルDiheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4
マップデータDiheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4
試料
  • 複合体: Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 milliomolar zinc chloride, and at pH 7.4
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


response to ammonium ion / directional locomotion / pons maturation / regulation of cell communication / positive regulation of Schwann cell migration / serotonin metabolic process / EPHB-mediated forward signaling / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / olfactory learning / conditioned taste aversion ...response to ammonium ion / directional locomotion / pons maturation / regulation of cell communication / positive regulation of Schwann cell migration / serotonin metabolic process / EPHB-mediated forward signaling / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / olfactory learning / conditioned taste aversion / protein localization to postsynaptic membrane / 樹状突起 / regulation of respiratory gaseous exchange / propylene metabolic process / response to glycine / response to other organism / 睡眠 / cellular response to magnesium ion / response to methylmercury / voltage-gated monoatomic cation channel activity / locomotion / response to morphine / glutamate-gated calcium ion channel activity / cellular response to dsRNA / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / response to carbohydrate / dendritic spine organization / cellular response to lipid / NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / RAF/MAP kinase cascade / Synaptic adhesion-like molecules / parallel fiber to Purkinje cell synapse / calcium ion transmembrane import into cytosol / protein heterotetramerization / response to manganese ion / glutamate binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuromuscular process / cellular response to zinc ion / startle response / regulation of synapse assembly / 活動電位 / glycine binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / regulation of neuronal synaptic plasticity / dopamine metabolic process / male mating behavior / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of axonogenesis / spinal cord development / suckling behavior / monoatomic cation transmembrane transport / response to amine / regulation of NMDA receptor activity / social behavior / ligand-gated monoatomic ion channel activity / monoatomic cation transport / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / 学習 / excitatory synapse / positive regulation of dendritic spine maintenance / response to light stimulus / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / long-term memory / glutamate receptor binding / regulation of postsynaptic membrane potential / phosphatase binding / calcium ion homeostasis / synaptic cleft / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / regulation of neuron apoptotic process / presynaptic active zone membrane / response to amphetamine / response to fungicide / monoatomic cation channel activity / glutamate-gated receptor activity / sensory perception of pain / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cell adhesion molecule binding / 神経発生 / adult locomotory behavior / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to cocaine / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic membrane / 学習 / synaptic transmission, glutamatergic / long-term synaptic potentiation / hippocampus development / cellular response to amino acid stimulus / postsynaptic density membrane / visual learning / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å
データ登録者Jalali-Yazdi F / Chowdhury S / Yoshioka C / Gouaux E
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS038631 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)1F32MH115595 米国
引用ジャーナル: Cell / : 2018
タイトル: Mechanisms for Zinc and Proton Inhibition of the GluN1/GluN2A NMDA Receptor.
著者: Farzad Jalali-Yazdi / Sandipan Chowdhury / Craig Yoshioka / Eric Gouaux /
要旨: N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) play essential roles in memory formation, neuronal plasticity, and brain development, with their dysfunction linked to a range of disorders from ischemia to ...N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) play essential roles in memory formation, neuronal plasticity, and brain development, with their dysfunction linked to a range of disorders from ischemia to schizophrenia. Zinc and pH are physiological allosteric modulators of NMDARs, with GluN2A-containing receptors inhibited by nanomolar concentrations of divalent zinc and by excursions to low pH. Despite the widespread importance of zinc and proton modulation of NMDARs, the molecular mechanism by which these ions modulate receptor activity has proven elusive. Here, we use cryoelectron microscopy to elucidate the structure of the GluN1/GluN2A NMDAR in a large ensemble of conformations under a range of physiologically relevant zinc and proton concentrations. We show how zinc binding to the amino terminal domain elicits structural changes that are transduced though the ligand-binding domain and result in constriction of the ion channel gate.
履歴
登録2018年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月7日-
マップ公開2018年11月28日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.04
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  • 原子モデル: PDB-6mmj
  • 表面レベル: 0.04
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6mmj
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.007713648 - 0.0834269
平均 (標準偏差)0.0018128449 (±0.008693379)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 328.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.711.711.71
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.320328.320328.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0080.0830.002

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添付データ

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ハーフマップ: Half-maps used for FSC calculations

ファイルemd_9153_half_map_1.map
注釈Half-maps used for FSC calculations
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half-maps used for FSC calculations

ファイルemd_9153_half_map_2.map
注釈Half-maps used for FSC calculations
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' c...

全体名称: Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 milliomolar zinc chloride, and at pH 7.4
要素
  • 複合体: Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 milliomolar zinc chloride, and at pH 7.4
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' c...

超分子名称: Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 milliomolar zinc chloride, and at pH 7.4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Sample was heterologously expressed in TSA-201 cells, detergent solubilized, and affinity purified
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: TSA-201
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 94.189781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSTMHLLTFA LLFSCSFARA ACDPKIVNIG AVLSTRKHEQ MFREAVNQAN KRHGSWKIQL NATSVTHKPN AIQMALSVCE DLISSQVYA ILVSHPPTPN DHFTPTPVSY TAGFYRIPVL GLTTRMSIYS DKSIHLSFLR TVPPYSHQSS VWFEMMRVYN W NHIILLVS ...文字列:
MSTMHLLTFA LLFSCSFARA ACDPKIVNIG AVLSTRKHEQ MFREAVNQAN KRHGSWKIQL NATSVTHKPN AIQMALSVCE DLISSQVYA ILVSHPPTPN DHFTPTPVSY TAGFYRIPVL GLTTRMSIYS DKSIHLSFLR TVPPYSHQSS VWFEMMRVYN W NHIILLVS DDHEGRAAQK RLETLLEERE SKAEKVLQFD PGTKNVTALL MEARELEARV IILSASEDDA ATVYRAAAML NM TGSGYVW LVGEREISGN ALRYAPDGII GLQLINGKNE SAHISDAVGV VAQAVHELLE KENITDPPRG CVGNTNIWKT GPL FKRVLM SSKYADGVTG RVEFNEDGDR KFANYSIMNL QNRKLVQVGI YNGTHVIPND RKIIWPGGET EKPRGYQMST RLKI VTIHQ EPFVYVKPTM SDGTCKEEFT VNGDPVKKVI CTGPNDTSPG SPRHTVPQCC YGFCIDLLIK LARTMNFTYE VHLVA DGKF GTQERVNNSN KKEWNGMMGE LLSGQADMIV APLTINNERA QYIEFSKPFK YQGLTILVKK EIPRSTLDSF MQPFQS TLW LLVGLSVHVV AVMLYLLDRF SPFGRFKVNS EEEEEDALTL SSAMWFSWGV LLNSGIGEGA PRSFSARILG MVWAGFA MI IVASYTANLA AFLVLDRPEE RITGINDPRL RNPSDKFIYA TVKQSSVDIY FRRQVELSTM YRHMEKHNYE SAAEAIQA V RDNKLHAFIW DSAVLEFEAS QKCDLVTTGE LFFRSGFGIG MRKDSPWKQN VSLSILKSHE NGFMEDLDKT WVRYQECDS RSNAPATLTF ENMAGVFMLV AGGIVAGIFL IFIEIAYK

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分子 #2: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 93.740352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGRLGYWTLL VLPALLVWRD PAQNAAAEKG PPALNIAVLL GHSHDVTERE LRNLWGPEQA TGLPLDVNVV ALLMNRTDPK SLITHVCDL MSGARIHGLV FGDDTDQEAV AQMLDFISSQ TFIPILGIHG GASMIMADKD PTSTFFQFGA SIQQQATVML K IMQDYDWH ...文字列:
MGRLGYWTLL VLPALLVWRD PAQNAAAEKG PPALNIAVLL GHSHDVTERE LRNLWGPEQA TGLPLDVNVV ALLMNRTDPK SLITHVCDL MSGARIHGLV FGDDTDQEAV AQMLDFISSQ TFIPILGIHG GASMIMADKD PTSTFFQFGA SIQQQATVML K IMQDYDWH VFSLVTTIFP GYRDFISFIK TTVDNSFVGW DMQNVITLDT SFEDAKTQVQ LKKIHSSVIL LYCSKDEAVL IL SEARSLG LTGYDFFWIV PSLVSGNTEL IPKEFPSGLI SVSYDDWDYS LEARVRDGLG ILTTAASSML EKFSYIPEAK ASC YGQAEK PETPLHTLHQ FMVNVTWDGK DLSFTEEGYQ VHPRLVVIVL NKDREWEKVG KWENQTLSLR HAVWPRYKSF SDCE PDDNH LSIVTLEEAP FVIVEDIDPL TETCVRNTVP CRKFVKINNS TNEGMNVKKC CKGFCIDILK KLSRTVKFTY DLYLV TNGK HGKKVNNVWN GMIGEVVYQR AVMAVGSLTI NEERSEVVDF SVPFVETGIS VMVSRSNGTV SPSAFLEPFS ASVWVM MFV MLLIVSAIAV FVFEYFSPVG YNRNLAKGKA PHGPSFTIGK AIWLLWGLVF NNSVPVQNPK GTTSKIMVSV WAFFAVI FL ASYTANLAAF MIQEEFVDQV TGLSDKKFQR PHDYSPPFRF GTVPNGSTER NIRNNYPYMH QYMTRFNQRG VEDALVSL K TGKLDAFIYD AAVLNYKAGR DEGCKLVTIG SGYIFATTGY GIALQKGSPW KRQIDLALLQ FVGDGEMEEL ETLWLTGIC HNEKNEVMSS QLDIDNMAGV FYMLAAAMAL SLITFIW

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 34 / : NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
1.0 mg/mLC56H92O29Digitoninジギトニン
1.0 mMZnCl2Zinc Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: sample was blotted for 3 seconds at blot force 1..
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1068 / 平均露光時間: 22.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Cleaned-up particles were used in CryoSPARC for de novo model generation.
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 6081

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

chain_id: A, residue_range: 25-830

chain_id: B, residue_range: 34-388

chain_id: A, residue_range: 3-288

chain_id: B, residue_range: 25-832
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6mmj:
Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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