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万見
- EMDB-9127: A nucleosome bridging mechanism for activation of a maintenance D... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9127
タイトルA nucleosome bridging mechanism for activation of a maintenance DNA methyltransferase
マップデータNegative stain map of ZMET2 in complex with H3Kc9me3 dinucleosome with 20 pase pairs of linker DNA.
試料
  • 複合体: Complex of ZMET2 with H3Kc9me3 dinucleosome with 20 base pairs of linker DNA.
    • 複合体: Xenopus histones
    • 複合体: ZMET2
    • 複合体: 601 dinucleosomal DNA
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Zea mays (トウモロコシ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Stoddard CI / Feng S / Campbell MG / Liu W / Wang H / Zhong X / Bernatavichute Y / Cheng Y / Jacobsen SE / Narlikar GJ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: A Nucleosome Bridging Mechanism for Activation of a Maintenance DNA Methyltransferase.
著者: Caitlin I Stoddard / Suhua Feng / Melody G Campbell / Wanlu Liu / Haifeng Wang / Xuehua Zhong / Yana Bernatavichute / Yifan Cheng / Steven E Jacobsen / Geeta J Narlikar /
要旨: DNA methylation and H3K9me are hallmarks of heterochromatin in plants and mammals, and are successfully maintained across generations. The biochemical and structural basis for this maintenance is ...DNA methylation and H3K9me are hallmarks of heterochromatin in plants and mammals, and are successfully maintained across generations. The biochemical and structural basis for this maintenance is poorly understood. The maintenance DNA methyltransferase from Zea mays, ZMET2, recognizes dimethylation of H3K9 via a chromodomain (CD) and a bromo adjacent homology (BAH) domain, which flank the catalytic domain. Here, we show that dinucleosomes are the preferred ZMET2 substrate, with DNA methylation preferentially targeted to linker DNA. Electron microscopy shows one ZMET2 molecule bridging two nucleosomes within a dinucleosome. We find that the CD stabilizes binding, whereas the BAH domain enables allosteric activation by the H3K9me mark. ZMET2 further couples recognition of H3K9me to an increase in the specificity for hemimethylated versus unmethylated DNA. We propose a model in which synergistic coupling between recognition of nucleosome spacing, H3K9 methylation, and DNA modification allows ZMET2 to maintain DNA methylation in heterochromatin with high fidelity.
履歴
登録2018年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月31日-
マップ公開2018年10月31日-
更新2019年1月16日-
現状2019年1月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9127.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain map of ZMET2 in complex with H3Kc9me3 dinucleosome with 20 pase pairs of linker DNA.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.14 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.06780341 - 0.1547642
平均 (標準偏差)0.00025151044 (±0.014551457)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 301.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.143.143.14
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z301.440301.440301.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.0680.1550.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of ZMET2 with H3Kc9me3 dinucleosome with 20 base pairs of...

全体名称: Complex of ZMET2 with H3Kc9me3 dinucleosome with 20 base pairs of linker DNA.
要素
  • 複合体: Complex of ZMET2 with H3Kc9me3 dinucleosome with 20 base pairs of linker DNA.
    • 複合体: Xenopus histones
    • 複合体: ZMET2
    • 複合体: 601 dinucleosomal DNA

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超分子 #1: Complex of ZMET2 with H3Kc9me3 dinucleosome with 20 base pairs of...

超分子名称: Complex of ZMET2 with H3Kc9me3 dinucleosome with 20 base pairs of linker DNA.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: Xenopus histones

超分子名称: Xenopus histones / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: ZMET2

超分子名称: ZMET2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #4: 601 dinucleosomal DNA

超分子名称: 601 dinucleosomal DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッド詳細: unspecified

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: See publication.
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: See publication.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 22000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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