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- EMDB-8998: 14-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8998
タイトル14-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1 motor domain
マップデータ14-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1 motor domain.
試料
  • 複合体: 14-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubule decorated with kinesin-1 motor domain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
キーワードcytoskeleton (細胞骨格) / microtubules (微小管) / recombinant human tubulin / tubulin isotype / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-chaperonin tubulin folding pathway / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Intraflagellar transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Gap junction assembly / embryonic brain development / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC ...Post-chaperonin tubulin folding pathway / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Intraflagellar transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Gap junction assembly / embryonic brain development / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Kinesins / positive regulation of axon guidance / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / 細胞結合 / Recycling pathway of L1 / RHOH GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / Hedgehog 'off' state / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / cellular response to interleukin-4 / RHO GTPases Activate Formins / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / neuron migration / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / PKR-mediated signaling / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / 紡錘体 / cerebral cortex development / Aggrephagy / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / mitotic cell cycle / 微小管 / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / structural molecule activity / GTP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Ti SC / Alushin GM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM65933 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)7DP5OD017885 米国
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2018
タイトル: Human β-Tubulin Isotypes Can Regulate Microtubule Protofilament Number and Stability.
著者: Shih-Chieh Ti / Gregory M Alushin / Tarun M Kapoor /
要旨: Cell biological studies have shown that protofilament number, a fundamental feature of microtubules, can correlate with the expression of different tubulin isotypes. However, it is not known if ...Cell biological studies have shown that protofilament number, a fundamental feature of microtubules, can correlate with the expression of different tubulin isotypes. However, it is not known if tubulin isotypes directly control this basic microtubule property. Here, we report high-resolution cryo-EM reconstructions (3.5-3.65 Å) of purified human α1B/β3 and α1B/β2B microtubules and find that the β-tubulin isotype can determine protofilament number. Comparisons of atomic models of 13- and 14-protofilament microtubules reveal how tubulin subunit plasticity, manifested in "accordion-like" distributed structural changes, can accommodate distinct lattice organizations. Furthermore, compared to α1B/β3 microtubules, α1B/β2B filaments are more stable to passive disassembly and against depolymerization by MCAK or chTOG, microtubule-associated proteins with distinct mechanisms of action. Mixing tubulin isotypes in different proportions results in microtubules with protofilament numbers and stabilities intermediate to those of isotypically pure filaments. Together, our findings indicate that microtubule protofilament number and stability can be controlled through β-tubulin isotype composition.
履歴
登録2018年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月10日-
マップ公開2018年10月10日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6e7c
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6e7c
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈14-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1 motor domain.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-16.450619 - 29.930962000000001
平均 (標準偏差)0.22804831 (±1.1154988)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 512.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z512.000512.000512.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-16.45129.9310.228

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添付データ

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追加マップ: 14-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1...

ファイルemd_8998_additional_1.map
注釈14-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1 motor domain.C1 symmetry reconstruction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 14-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1...

ファイルemd_8998_additional_2.map
注釈14-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1 motor domain.No b-factor map sharpening.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 14-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1...

ファイルemd_8998_half_map_1.map
注釈14-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1 motor domain.EM even half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 14-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1...

ファイルemd_8998_half_map_2.map
注釈14-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules decorated with kinesin-1 motor domain. EM odd half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 14-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubule decorated w...

全体名称: 14-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubule decorated with kinesin-1 motor domain
要素
  • 複合体: 14-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubule decorated with kinesin-1 motor domain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸

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超分子 #1: 14-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubule decorated w...

超分子名称: 14-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubule decorated with kinesin-1 motor domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Tubulin beta-2B chain

分子名称: Tubulin beta-2B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.917977 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEATGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEATGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VMPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDSK NMMAACDPRH GRYLTVAAIF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY Q

UniProtKB: Tubulin beta-2B chain

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分子 #2: Tubulin alpha-1B chain

分子名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.665027 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLISQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRSIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GV

UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: G2P
分子量理論値: 521.208 Da
Chemical component information

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Pseudo-helical microtubule lattice

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-50 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6352

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.759 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.71 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 46624

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3jat


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6e7c:
14-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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