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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8997 | |||||||||
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タイトル | 13-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1 motor domain | |||||||||
マップデータ | 13-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1 motor domain. | |||||||||
試料 |
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キーワード | cytoskeleton (細胞骨格) / microtubules (微小管) / recombinant human tubulin / tubulin isotype / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 netrin receptor binding / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / dorsal root ganglion development / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Intraflagellar transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Gap junction assembly ...netrin receptor binding / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / dorsal root ganglion development / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Intraflagellar transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Gap junction assembly / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Kinesins / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / 細胞結合 / Recycling pathway of L1 / RHOH GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / Hedgehog 'off' state / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / cellular response to interleukin-4 / filopodium / cell periphery / RHO GTPases Activate Formins / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / 軸索誘導 / peptide binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / PKR-mediated signaling / structural constituent of cytoskeleton / 紡錘体 / microtubule cytoskeleton organization / Aggrephagy / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / lamellipodium / mitotic cell cycle / 成長円錐 / 微小管 / 細胞分裂 / 神経繊維 / GTPase activity / 樹状突起 / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / structural molecule activity / GTP binding / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Ti SC / Alushin GM | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Dev Cell / 年: 2018 タイトル: Human β-Tubulin Isotypes Can Regulate Microtubule Protofilament Number and Stability. 著者: Shih-Chieh Ti / Gregory M Alushin / Tarun M Kapoor / 要旨: Cell biological studies have shown that protofilament number, a fundamental feature of microtubules, can correlate with the expression of different tubulin isotypes. However, it is not known if ...Cell biological studies have shown that protofilament number, a fundamental feature of microtubules, can correlate with the expression of different tubulin isotypes. However, it is not known if tubulin isotypes directly control this basic microtubule property. Here, we report high-resolution cryo-EM reconstructions (3.5-3.65 Å) of purified human α1B/β3 and α1B/β2B microtubules and find that the β-tubulin isotype can determine protofilament number. Comparisons of atomic models of 13- and 14-protofilament microtubules reveal how tubulin subunit plasticity, manifested in "accordion-like" distributed structural changes, can accommodate distinct lattice organizations. Furthermore, compared to α1B/β3 microtubules, α1B/β2B filaments are more stable to passive disassembly and against depolymerization by MCAK or chTOG, microtubule-associated proteins with distinct mechanisms of action. Mixing tubulin isotypes in different proportions results in microtubules with protofilament numbers and stabilities intermediate to those of isotypically pure filaments. Together, our findings indicate that microtubule protofilament number and stability can be controlled through β-tubulin isotype composition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8997.map.gz | 79.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8997-v30.xml emd-8997.xml | 22.4 KB 22.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8997.png | 206 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8997.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_8997_additional_1.map.gz emd_8997_additional_2.map.gz emd_8997_half_map_1.map.gz emd_8997_half_map_2.map.gz | 456.2 MB 264.3 MB 266.4 MB 269.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8997 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8997 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 13-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1 motor domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: 13-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1...
ファイル | emd_8997_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 13-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1 motor domain.C1 reconstruction. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 13-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1...
ファイル | emd_8997_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 13-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1 motor domain.No b-factor map sharpening. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 13-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1...
ファイル | emd_8997_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 13-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1 motor domain.EM odd half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 13-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1...
ファイル | emd_8997_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 13-PF 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules decorated with kinesin-1 motor domain.EM even half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 13-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubule decorated wi...
全体 | 名称: 13-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubule decorated with kinesin-1 motor domain |
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要素 |
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-超分子 #1: 13-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubule decorated wi...
超分子 | 名称: 13-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubule decorated with kinesin-1 motor domain タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Tubulin beta-3 chain
分子 | 名称: Tubulin beta-3 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 47.809926 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPSGNYVGDS DLQLERISVY YNEASSHKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGA FGHLFRPDN FIFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKECENCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMNTFS ...文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPSGNYVGDS DLQLERISVY YNEASSHKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGA FGHLFRPDN FIFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKECENCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS IHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLA TPTYGDLNHL VSATMSGVTT SL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTARG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVATVF RGR MSMKEV DEQMLAIQSK NSSYFVEWIP NNVKVAVCDI PPRGLKMSST FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY Q UniProtKB: Tubulin beta-3 chain |
-分子 #2: Tubulin alpha-1B chain
分子 | 名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48.665027 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLISQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRSIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GV UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: G2P |
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分子量 | 理論値: 521.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-G2P: |
-分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | pseudo-helical microtubule |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-50 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.474 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -27.66 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 68858 |