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万見
- EMDB-8986: A 3.1 Angstrom sub-tomogram average of HIV-1 CA-SP1. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8986
タイトルA 3.1 Angstrom sub-tomogram average of HIV-1 CA-SP1.
マップデータMap with a B-factor of 150 applied, as used in generating figures.
試料
  • ウイルス: HIV-1 CA-SP1
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Himes BA / Zhang P
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2018
タイトル: emClarity: software for high-resolution cryo-electron tomography and subtomogram averaging.
著者: Benjamin A Himes / Peijun Zhang /
要旨: Macromolecular complexes are intrinsically flexible and often challenging to purify for structure determination by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Such complexes can be studied by ...Macromolecular complexes are intrinsically flexible and often challenging to purify for structure determination by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Such complexes can be studied by cryo-electron tomography (cryo-ET) combined with subtomogram alignment and classification, which in exceptional cases achieves subnanometer resolution, yielding insight into structure-function relationships. However, it remains challenging to apply this approach to specimens that exhibit conformational or compositional heterogeneity or are present in low abundance. To address this, we developed emClarity ( https://github.com/bHimes/emClarity/wiki ), a GPU-accelerated image-processing package featuring an iterative tomographic tilt-series refinement algorithm that uses subtomograms as fiducial markers and a 3D-sampling-function-compensated, multi-scale principal component analysis classification method. We demonstrate that our approach offers substantial improvement in the resolution of maps and in the separation of different functional states of macromolecular complexes compared with current state-of-the-art software.
履歴
登録2018年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月31日-
マップ公開2018年10月31日-
更新2019年3月27日-
現状2019年3月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.993267486
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8986.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8986.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map with a B-factor of 150 applied, as used in generating figures.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.4 / ムービー #1: 0.9932675
最小 - 最大-8.348758999999999 - 14.062434
平均 (標準偏差)0.013832731 (±0.6134586)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.000256.000256.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-383-383-383
NX/NY/NZ768768768
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-8.34914.0620.014

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 CA-SP1

全体名称: HIV-1 CA-SP1
要素
  • ウイルス: HIV-1 CA-SP1

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超分子 #1: HIV-1 CA-SP1

超分子名称: HIV-1 CA-SP1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Please refer to EMD-3782/ EMPIAR-10164

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
詳細Please refer to EMD-3782/ EMPIAR-10164
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 3.4 e/Å2 / 詳細: Please refer to EMD-3782/ EMPIAR-10164
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 40 / 使用した粒子像数: 199531 / 参照モデル: EMD-403 / 手法: template matching
詳細: template matching in emClarity, limited to 4nm resolution. using emClarity 1.0.0
CTF補正詳細: "3D-CTF" (defocus gradient corrected back-projection) using emClarity 1.0.0
最終 3次元分類クラス数: 1
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Missing wedge compensated cross-correlation.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.0.0) / 詳細: using emClarity 1.0.0 / 使用したサブトモグラム数: 162215
詳細Please refer to EMD-3782/ EMPIAR-10164
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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