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- EMDB-8983: Asymmetric cryo-EM structure of immature Kunjin virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8983
タイトルAsymmetric cryo-EM structure of immature Kunjin virus
マップデータAsymmetric reconstruction of immature Kunjin virus.
試料
  • ウイルス: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) (ウイルス)
    • 細胞器官・細胞要素: Glycoprotein shell
    • 細胞器官・細胞要素: Nucleocapsid core
生物種Kunjin virus (STRAIN MRM61C) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Therkelsen MD / Klose T / Vago F / Jiang W / Rossmann MG / Kuhn RJ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Flaviviruses have imperfect icosahedral symmetry.
著者: Matthew D Therkelsen / Thomas Klose / Frank Vago / Wen Jiang / Michael G Rossmann / Richard J Kuhn /
要旨: Flaviviruses assemble initially in an immature, noninfectious state and undergo extensive conformational rearrangements to generate mature virus. Previous cryo-electron microscopy (cryo-EM) ...Flaviviruses assemble initially in an immature, noninfectious state and undergo extensive conformational rearrangements to generate mature virus. Previous cryo-electron microscopy (cryo-EM) structural studies of flaviviruses assumed icosahedral symmetry and showed the concentric organization of the external glycoprotein shell, the lipid membrane, and the internal nucleocapsid core. We show here that when icosahedral symmetry constraints were excluded in calculating the cryo-EM reconstruction of an immature flavivirus, the nucleocapsid core was positioned asymmetrically with respect to the glycoprotein shell. The core was positioned closer to the lipid membrane at the proximal pole, and at the distal pole, the outer glycoprotein spikes and inner membrane leaflet were either perturbed or missing. In contrast, in the asymmetric reconstruction of a mature flavivirus, the core was positioned concentric with the glycoprotein shell. The deviations from icosahedral symmetry demonstrated that the core and glycoproteins have varied interactions, which likely promotes viral assembly and budding.
履歴
登録2018年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2018年11月21日-
更新2018年11月21日-
現状2018年11月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8983.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8983.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Asymmetric reconstruction of immature Kunjin virus.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.0339802 - 0.07238753
平均 (標準偏差)0.000027152577 (±0.0053210477)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 1036.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.243.243.24
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1036.8001036.8001036.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0340.0720.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Kunjin virus (STRAIN MRM61C)

全体名称: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) (ウイルス)
    • 細胞器官・細胞要素: Glycoprotein shell
    • 細胞器官・細胞要素: Nucleocapsid core

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超分子 #1: Kunjin virus (STRAIN MRM61C)

超分子名称: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Immature Kunjin virus purified from ammonium chloride-treated C6/36 cells.
NCBI-ID: 11078 / 生物種: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid shell / 直径: 560.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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超分子 #2: Glycoprotein shell

超分子名称: Glycoprotein shell / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) (ウイルス)

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超分子 #3: Nucleocapsid core

超分子名称: Nucleocapsid core / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Blot for 6 seconds before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 387 / 平均電子線量: 24.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1) / 使用した粒子像数: 7396
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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