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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 8900
タイトルNegative stain reconstruction of human autophagy associated protein, ATG2A
試料Human ATG2A protein
由来Homo sapiens / ヒト
マップデータNegative stain reconstruction of human ATG2A protein
手法単粒子再構成法, 29.4Å分解能
データ登録者Chowdhury S / Otomo C / Leitner A / Ohashi K / Aebersold R / Lander GC / Otomo T
引用To be published

To be published PubMedで検索
To Be Published
Chowdhury S / Otomo C / Leitner A / Ohashi K / Aebersold R / Lander GC / Otomo T

日付登録: 2017年8月21日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年9月6日 / マップ公開: 2017年9月6日 / 最新の更新: 2017年9月6日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 5.2
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 5.2
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


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中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
表示/非表示
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_8900.map.gz (map file in CCP4 format, 3539 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
96 pix
4.1 Å/pix.
= 393.6 Å
96 pix
4.1 Å/pix.
= 393.6 Å
96 pix
4.1 Å/pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度
表面のレベル:5.2 (by author), 5.2 (ムービー #1)
最小 - 最大-5.7097316 - 19.625645
平均 (標準偏差)0.057370227 (0.7065861)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions969696
Origin000
Limit959595
Spacing969696
セルA=B=C: 393.59998 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-5.71019.6260.057

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Human ATG2A protein

全体名称: Human ATG2A protein / 詳細: Full length protein / 構成要素数: 1
分子量理論値: 200 kDa

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構成要素 #1: タンパク質, Human ATG2A protein

タンパク質名称: Human ATG2A protein / 詳細: Full length protein / 組換発現: No
分子量理論値: 200 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda / 節足動物 / : 9

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実験情報

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試料調製

試料の状態粒子
試料溶液試料濃度: 0.01 mg/ml / pH: 7.5
急速凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI SPIRIT
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 20 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 52000 X (公称値), 52000 X (実測値) / Cs: 2.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1000 - 1500 nm
試料ホルダモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / 温度: K ( 273.15 - 298.15 K)
カメラディテクター: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 590 / サンプリングサイズ: 15.6 microns

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 6386
3次元再構成ソフトウェア: Relion / 分解能: 29.4 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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