+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8899 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Negative stain reconstruction of human autophagy associated protein complex, ATG2A-WIPI4 | |||||||||
マップデータ | Negative stain reconstruction of human ATG2A-WIPI4 complex | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organelle membrane contact site / protein lipidation / lipid transfer activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of autophagosome assembly / nucleophagy / protein localization to phagophore assembly site / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion ...organelle membrane contact site / protein lipidation / lipid transfer activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of autophagosome assembly / nucleophagy / protein localization to phagophore assembly site / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phagophore assembly site / reticulophagy / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / オートファジー / extrinsic component of membrane / autophagosome assembly / cellular response to starvation / lipid droplet / オートファジー / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Chowdhury S / Otomo C / Leitner A / Ohashi K / Aebersold R / Lander GC / Otomo T | |||||||||
資金援助 | 米国, European Union, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Insights into autophagosome biogenesis from structural and biochemical analyses of the ATG2A-WIPI4 complex. 著者: Saikat Chowdhury / Chinatsu Otomo / Alexander Leitner / Kazuto Ohashi / Ruedi Aebersold / Gabriel C Lander / Takanori Otomo / 要旨: Autophagy is an enigmatic cellular process in which double-membrane compartments, called "autophagosomes, form de novo adjacent to the endoplasmic reticulum (ER) and package cytoplasmic contents for ...Autophagy is an enigmatic cellular process in which double-membrane compartments, called "autophagosomes, form de novo adjacent to the endoplasmic reticulum (ER) and package cytoplasmic contents for delivery to lysosomes. Expansion of the precursor membrane phagophore requires autophagy-related 2 (ATG2), which localizes to the PI3P-enriched ER-phagophore junction. We combined single-particle electron microscopy, chemical cross-linking coupled with mass spectrometry, and biochemical analyses to characterize human ATG2A in complex with the PI3P effector WIPI4. ATG2A is a rod-shaped protein that can bridge neighboring vesicles through interactions at each of its tips. WIPI4 binds to one of the tips, enabling the ATG2A-WIPI4 complex to tether a PI3P-containing vesicle to another PI3P-free vesicle. These data suggest that the ATG2A-WIPI4 complex mediates ER-phagophore association and/or tethers vesicles to the ER-phagophore junction, establishing the required organization for phagophore expansion via the transfer of lipid membranes from the ER and/or the vesicles to the phagophore. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8899.map.gz | 265.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-8899-v30.xml emd-8899.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8899.png | 30.2 KB | ||
その他 | emd_8899_additional.map.gz | 2.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8899 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8899 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8899.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Negative stain reconstruction of human ATG2A-WIPI4 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: Unsharpened negative stain EM map of human ATG2A-WIPI4 complex
ファイル | emd_8899_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened negative stain EM map of human ATG2A-WIPI4 complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex between human ATG2A and WIPI4 proteins.
全体 | 名称: Complex between human ATG2A and WIPI4 proteins. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Complex between human ATG2A and WIPI4 proteins.
超分子 | 名称: Complex between human ATG2A and WIPI4 proteins. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Full length proteins |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換株: 9 |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
グリッド | モデル: Maxtaform / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.64 µm / 倍率(補正後): 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
温度 | 最低: 273.15 K / 最高: 298.15 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1407 / 平均露光時間: 0.39 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 75239 |
---|---|
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: A cylinder of 22nm length and 5nm diameter was generated using the "MO3" function in SPIDER program. |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 5317 |