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- EMDB-8865: Negative-stain reconstruction of an N-terminally MBP tagged Poz1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8865
タイトルNegative-stain reconstruction of an N-terminally MBP tagged Poz1 in the S. pombe CTP complex (Ccq1 2-716, Tpz1 406-508, Poz1 2-249)
マップデータNegative-stain reconstruction of an N-terminally MBP tagged Poz1 in the S. pombe CTP complex (Ccq1 2-716, Tpz1 406-508, Poz1 2-249)
試料
  • 複合体: Negative-stain reconstruction of an N-terminally MBP tagged Poz1 in the S. pombe CTP complex (Ccq1 2-716, Tpz1 406-508, Poz1 2-249)
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere-telomerase complex assembly / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / meiotic chromosome segregation / meiotic telomere clustering / chromosome, subtelomeric region / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / テロメア / telomere capping / protein localization to chromosome, telomeric region ...telomere-telomerase complex assembly / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / meiotic chromosome segregation / meiotic telomere clustering / chromosome, subtelomeric region / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / テロメア / telomere capping / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / telomere organization / telomere maintenance / molecular adaptor activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Adrenocortical dysplasia protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Protection of telomeres protein poz1 / Protection of telomeres protein tpz1 / Coiled-coil quantitatively-enriched protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.7 Å
データ登録者Scott HW / Kim JK / Yu C / Huang L / Qiao F / Taylor DJ
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Spatial Organization and Molecular Interactions of the Schizosaccharomyces pombe Ccq1-Tpz1-Poz1 Shelterin Complex.
著者: Harry Scott / Jin-Kwang Kim / Clinton Yu / Lan Huang / Feng Qiao / Derek J Taylor /
要旨: The shelterin complex is a macromolecular assembly of proteins that binds to and protects telomeric DNA, which composes the ends of all linear chromosomes. Shelterin proteins prevent chromosome ends ...The shelterin complex is a macromolecular assembly of proteins that binds to and protects telomeric DNA, which composes the ends of all linear chromosomes. Shelterin proteins prevent chromosome ends from fusing together and from eliciting erroneous induction of DNA damage response pathways. In addition, shelterin proteins play key roles in regulating the recruitment and activation of telomerase, an enzyme that extends telomeric DNA. In fission yeast, Schizosaccharomyces pombe, interactions between the shelterin proteins Ccq1, Tpz1, and Poz1 are important for regulating telomerase-mediated telomere synthesis and thus telomere length homeostasis. Here, we used electron microscopy combined with genetic labeling to define the three-dimensional arrangement of the S. pombe Ccq1-Tpz1-Poz1 (CTP) complex. Crosslinking mass spectrometry was used to identify individual residues that are in proximity to the protein-protein interfaces of the assembled CTP complex. Together, our data provide a first glimpse into the architectural design of the CTP complex and reveals unique interactions that are important in maintaining the S. pombe telomere in a non-extendible state.
履歴
登録2017年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月8日-
マップ公開2017年11月8日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0436
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0436
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8865.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8865.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative-stain reconstruction of an N-terminally MBP tagged Poz1 in the S. pombe CTP complex (Ccq1 2-716, Tpz1 406-508, Poz1 2-249)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 100 pix.
= 300.4 Å		3 Å/pix.
x 100 pix.
= 300.4 Å		3 Å/pix.
x 100 pix.
= 300.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.004 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0436 / ムービー #1: 0.0436
最小 - 最大-0.081371136 - 0.13343428
平均 (標準偏差)-0.0010259209 (±0.010540782)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 300.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.0043.0043.004
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.400300.400300.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0810.133-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Negative-stain reconstruction of an N-terminally MBP tagged Poz1 ...

全体名称: Negative-stain reconstruction of an N-terminally MBP tagged Poz1 in the S. pombe CTP complex (Ccq1 2-716, Tpz1 406-508, Poz1 2-249)
要素
  • 複合体: Negative-stain reconstruction of an N-terminally MBP tagged Poz1 in the S. pombe CTP complex (Ccq1 2-716, Tpz1 406-508, Poz1 2-249)

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超分子 #1: Negative-stain reconstruction of an N-terminally MBP tagged Poz1 ...

超分子名称: Negative-stain reconstruction of an N-terminally MBP tagged Poz1 in the S. pombe CTP complex (Ccq1 2-716, Tpz1 406-508, Poz1 2-249)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Complex is a dimer of trimers
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.064 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMNaH2PO4Sodium phosphate
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
5.0 mMC2H6OSBeta mercaptoethanol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 15 mA

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega in-column
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 平均電子線量: 25.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 16485
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 1006 / Random conical tilt - Tilt angle: 55 degrees
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 1447
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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