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- EMDB-8821: GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 1 -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 8821
タイトルGluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 1
マップデータGluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 1
試料GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 1
  • Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein
機能・相同性Receptor, ligand binding region / GSG1-like protein / Periplasmic binding protein-like I / GSG1-like / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligand-gated ion channel / Receptor family ligand binding region / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Ionotropic glutamate receptor, metazoa ...Receptor, ligand binding region / GSG1-like protein / Periplasmic binding protein-like I / GSG1-like / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligand-gated ion channel / Receptor family ligand binding region / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / regulation of AMPA receptor activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / AMPA glutamate receptor activity / asymmetric synapse / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / response to lithium ion / regulation of receptor recycling / immunoglobulin binding / positive regulation of synaptic transmission / integral component of postsynaptic membrane / SNARE binding / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / integral component of postsynaptic density membrane / transmitter-gated ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cytoskeletal protein binding / dendritic shaft / Schaffer collateral - CA1 synapse / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / dendrite cytoplasm / PDZ domain binding / integral component of presynaptic membrane / presynaptic membrane / terminal bouton / establishment of protein localization / protein tetramerization / chemical synaptic transmission / 成長円錐 / amyloid-beta binding / ATPase binding / perikaryon / signaling receptor activity / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / 細胞結合 / シナプス / glutamatergic synapse / 樹状突起 / endoplasmic reticulum membrane / neuronal cell body / protein kinase binding / integral component of plasma membrane / 細胞膜 / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞膜 / Germ cell-specific gene 1-like protein / Glutamate receptor 2
機能・相同性情報
由来Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 6.1Å分解能
データ登録者Twomey EC / Yelshanskaya MV / Grassucci RA / Frank J / Sobolevsky AI
引用ジャーナル: Nature / : 2017
タイトル: Channel opening and gating mechanism in AMPA-subtype glutamate receptors.
著者: Edward C Twomey / Maria V Yelshanskaya / Robert A Grassucci / Joachim Frank / Alexander I Sobolevsky
構造検証レポートPDB-ID: 5wem

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月10日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年8月2日 / マップ公開: 2017年8月2日 / 最新の更新: 2018年7月18日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-5wem
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_8821.map.gz (map file in CCP4 format, 108001 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
300 pix
0.98 Å/pix.
= 294. Å
300 pix
0.98 Å/pix.
= 294. Å
300 pix
0.98 Å/pix.
= 294. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.98 Å
密度
表面のレベル:0.019 (by author), 0.019 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.039359413 - 0.066953324
平均 (標準偏差)0.00076732883 (0.0037714008)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions300300300
Origin0.0.0.
Limit299.299.299.
Spacing300300300
セルA=B=C: 294.0 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.980.980.98
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z294.000294.000294.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0390.0670.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 1

全体名称: GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 1 / 構成要素数: 2

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構成要素 #1: タンパク質, GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 1

タンパク質名称: GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 1 / 組換発現: No
由来生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #2: タンパク質, Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-...

タンパク質名称: Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein
個数: 4 / 組換発現: No
分子量理論値: 117.471211 kDa
由来生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 5 mg/ml / pH: 8
支持膜Gold-gold grids, hydrogen and oxygen glow discharge (20s, 10 watts, 6.4 sccm H2, 27.5 sccm O2)
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 295 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 67 e/Å2 / 照射モード: SPOT SCAN
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C2 (2回回転対称) / 投影像の数: 20392
3次元再構成分解能: 6.1 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

モデリング #1精密化に使用した空間: REAL
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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