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- EMDB-8807: Volta phase plate tomogram of SV + PM vesicle mixture -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8807
タイトルVolta phase plate tomogram of SV + PM vesicle mixture
マップデータTomogram of SV PM vesicle mixtures
試料
  • 複合体: Synaptic protein complexes
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Gipson P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R37MH63105 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Morphologies of synaptic protein membrane fusion interfaces.
著者: Preeti Gipson / Yoshiyuki Fukuda / Radostin Danev / Ying Lai / Dong-Hua Chen / Wolfgang Baumeister / Axel T Brunger /
要旨: Neurotransmitter release is orchestrated by synaptic proteins, such as SNAREs, synaptotagmin, and complexin, but the molecular mechanisms remain unclear. We visualized functionally active synaptic ...Neurotransmitter release is orchestrated by synaptic proteins, such as SNAREs, synaptotagmin, and complexin, but the molecular mechanisms remain unclear. We visualized functionally active synaptic proteins reconstituted into proteoliposomes and their interactions in a native membrane environment by electron cryotomography with a Volta phase plate for improved resolvability. The images revealed individual synaptic proteins and synaptic protein complex densities at prefusion contact sites between membranes. We observed distinct morphologies of individual synaptic proteins and their complexes. The minimal system, consisting of neuronal SNAREs and synaptotagmin-1, produced point and long-contact prefusion states. Morphologies and populations of these states changed as the regulatory factors complexin and Munc13 were added. Complexin increased the membrane separation, along with a higher propensity of point contacts. Further inclusion of the priming factor Munc13 exclusively restricted prefusion states to point contacts, all of which efficiently fused upon Ca triggering. We conclude that synaptic proteins have evolved to limit possible contact site assemblies and morphologies to those that promote fast Ca-triggered release.
履歴
登録2017年7月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月2日-
マップ公開2017年8月2日-
更新2020年1月22日-
現状2020年1月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8807.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8807.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 393.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of SV PM vesicle mixtures
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.84 Å
密度
最小 - 最大-3.9321134 - 8.986888
平均 (標準偏差)0.00031601434 (±0.5916984)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ973946112
Spacing946973112
セルA: 6470.64 Å / B: 6655.3203 Å / C: 766.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.846.846.84
M x/y/z946973112
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z6470.6406655.320766.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS946973112
D min/max/mean-3.9328.9870.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Synaptic protein complexes

全体名称: Synaptic protein complexes
要素
  • 複合体: Synaptic protein complexes

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超分子 #1: Synaptic protein complexes

超分子名称: Synaptic protein complexes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMdiasum / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 0.632 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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