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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8748
タイトルCryo-EM reconstruction of the Cafeteria roenbergensis virus capsid suggests a novel assembly pathway for giant viruses
マップデータCryo-EM reconstruction of Cafeteria roenbergensis virus with icosahedral averaging
試料
  • ウイルス: Cafeteria roenbergensis virus BV-PW1 (ウイルス)
生物種Cafeteria roenbergensis virus BV-PW1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Xiao C / Fischer MG / Bolotaulo DM / Ulloa-Rondeau N / Avila GA / Suttle CA
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM reconstruction of the Cafeteria roenbergensis virus capsid suggests novel assembly pathway for giant viruses.
著者: Chuan Xiao / Matthias G Fischer / Duer M Bolotaulo / Nancy Ulloa-Rondeau / Gustavo A Avila / Curtis A Suttle /
要旨: Whereas the protein composition and overall shape of several giant virus capsids have been described, the mechanism by which these large capsids assemble remains enigmatic. Here, we present a ...Whereas the protein composition and overall shape of several giant virus capsids have been described, the mechanism by which these large capsids assemble remains enigmatic. Here, we present a reconstruction of the capsid of Cafeteria roenbergensis virus (CroV), one of the largest viruses analyzed by cryo-electron microscopy (cryo-EM) to date. The CroV capsid has a diameter of 3,000 Å and a Triangulation number of 499. Unlike related mimiviruses, the CroV capsid is not decorated with glycosylated surface fibers, but features 30 Å-long surface protrusions that are formed by loops of the major capsid protein. Based on the orientation of capsomers in the cryo-EM reconstruction, we propose that the capsids of CroV and related giant viruses are assembled by a newly conceived assembly pathway that initiates at a five-fold vertex and continuously proceeds outwards in a spiraling fashion.
履歴
登録2017年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月19日-
マップ公開2017年8月2日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8748.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8748.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 524.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of Cafeteria roenbergensis virus with icosahedral averaging
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.16 Å/pix.
x 516 pix.
= 3176.496 Å		6.16 Å/pix.
x 516 pix.
= 3176.496 Å		6.16 Å/pix.
x 516 pix.
= 3176.496 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.156 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-2.8819191 - 7.53418
平均 (標準偏差)0.42621794 (±1.369907)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ516516516
Spacing516516516
セルA=B=C: 3176.496 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.1566.1566.156
M x/y/z516516516
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z3176.4963176.4963176.496
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS516516516
D min/max/mean-2.8827.5340.426

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_8748_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_8748_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Even map without soft masking of the reconstruction...

ファイルemd_8748_half_map_1.map
注釈Even map without soft masking of the reconstruction of Cafeteria roenbergensis virus with icosahedral averaging
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Odd map without soft masking of the reconstruction...

ファイルemd_8748_half_map_2.map
注釈Odd map without soft masking of the reconstruction of Cafeteria roenbergensis virus with icosahedral averaging
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cafeteria roenbergensis virus BV-PW1

全体名称: Cafeteria roenbergensis virus BV-PW1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Cafeteria roenbergensis virus BV-PW1 (ウイルス)

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超分子 #1: Cafeteria roenbergensis virus BV-PW1

超分子名称: Cafeteria roenbergensis virus BV-PW1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The virus was purified following the protocol described in Fischer, M.G., et. al. The virion of Cafeteria roenbergensis virus (CroV) contains a complex suite of proteins for transcription and ...詳細: The virus was purified following the protocol described in Fischer, M.G., et. al. The virion of Cafeteria roenbergensis virus (CroV) contains a complex suite of proteins for transcription and DNA repair - Virology 466-467, 82-94 (2014).
NCBI-ID: 693272 / 生物種: Cafeteria roenbergensis virus BV-PW1 / Sci species strain: BV-PW1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Cafeteria roenbergensis (真核生物)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: CroV / 直径: 3000.0 Å / T番号(三角分割数): 499

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil S7/2 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/ST
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 平均電子線量: 25.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6698
CTF補正ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 8.10)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Used EMAN2 and PFT to generate the initial model, a smooth icosahedron
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 8.10)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 8.10)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 8.10)
詳細: The two maps were softmasked for only the capsid part.
使用した粒子像数: 2471
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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