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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8743 | |||||||||
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タイトル | Rabbit muscle aldolase using 200keV | |||||||||
マップデータ | Final sharpened map of rabbit muscle aldolase | |||||||||
試料 |
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キーワード | glycolytic enzyme / LYASE (リアーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / I band / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Herzik Jr MA / Wu M / Lander GC | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017 タイトル: Achieving better-than-3-Å resolution by single-particle cryo-EM at 200 keV. 著者: Mark A Herzik / Mengyu Wu / Gabriel C Lander / 要旨: Nearly all single-particle cryo-EM structures resolved to better than 4-Å resolution have been determined using 300-keV transmission electron microscopes (TEMs). We demonstrate that it is possible ...Nearly all single-particle cryo-EM structures resolved to better than 4-Å resolution have been determined using 300-keV transmission electron microscopes (TEMs). We demonstrate that it is possible to obtain reconstructions of macromolecular complexes of different sizes to better than 3-Å resolution using a 200-keV TEM. These structures are of sufficient quality to unambiguously assign amino acid rotameric conformations and identify ordered water molecules. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8743.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8743-v30.xml emd-8743.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8743_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8743.png | 60.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8743.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_8743_additional.map.gz emd_8743_half_map_1.map.gz emd_8743_half_map_2.map.gz | 7.4 MB 148.7 MB 149 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8743 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8743 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5vy5MC 8741C 8742C 5vy3C 5vy4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10181 (タイトル: Rabbit muscle aldolase movies obtained using Talos Arctica operating at 200 kV equipped with a K2 Data size: 1.5 TB Data #1: Raw, unaligned movie stacks of rabbit muscle aldolase acquired on a Talos Arctica using a K2 direct electron detector [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Final sharpened map of rabbit muscle aldolase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map of rabbit muscle aldolase
ファイル | emd_8743_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map of rabbit muscle aldolase | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Rabbit muscle aldolase, odd half map
ファイル | emd_8743_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Rabbit muscle aldolase, odd half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Rabbit muscle aldolase, even half map
ファイル | emd_8743_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Rabbit muscle aldolase, even half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rabbit Muscle Aldolase
全体 | 名称: Rabbit Muscle Aldolase |
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要素 |
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-超分子 #1: Rabbit Muscle Aldolase
超分子 | 名称: Rabbit Muscle Aldolase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Rabbit Muscle Aldolase (reconstituted from lyophilized form) |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Fructose-bisphosphate aldolase A
分子 | 名称: Fructose-bisphosphate aldolase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fructose-bisphosphate aldolase |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Muscle |
分子量 | 理論値: 39.263672 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: PHSHPALTPE QKKELSDIAH RIVAPGKGIL AADESTGSIA KRLQSIGTEN TEENRRFYRQ LLLTADDRVN PCIGGVILFH ETLYQKADD GRPFPQVIKS KGGVVGIKVD KGVVPLAGTN GETTTQGLDG LSERCAQYKK DGADFAKWRC VLKIGEHTPS A LAIMENAN ...文字列: PHSHPALTPE QKKELSDIAH RIVAPGKGIL AADESTGSIA KRLQSIGTEN TEENRRFYRQ LLLTADDRVN PCIGGVILFH ETLYQKADD GRPFPQVIKS KGGVVGIKVD KGVVPLAGTN GETTTQGLDG LSERCAQYKK DGADFAKWRC VLKIGEHTPS A LAIMENAN VLARYASICQ QNGIVPIVEP EILPDGDHDL KRCQYVTEKV LAAVYKALSD HHIYLEGTLL KPNMVTPGHA CT QKYSHEE IAMATVTALR RTVPPAVTGV TFLSGGQSEE EASINLNAIN KCPLLKPWAL TFSYGRALQA SALKAWGGKK ENL KAAQEE YVKRALANSL ACQGKYTPSG QAGAAASESL FISNHAY UniProtKB: Fructose-bisphosphate aldolase A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.6 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.009000000000000001 kPa / 詳細: 15 Watts | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: 3 uL of sample/grid was manually blotted for 4 seconds prior to immediate plunge-freezing in liquid nitrogen-cooled ethane.. | |||||||||
詳細 | Specimen was prepared from lyophilized rabbit muscle aldolase (Sigma Aldrich) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-44 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 810 / 平均露光時間: 11.0 sec. / 平均電子線量: 68.0 e/Å2 詳細: Images collected using stage position navigation to target exposure. |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Starting model was generated by stripping PDB entry 6ALD of all ligands and alternate conformations, then refining into the EM density using imposed symmetry while adjusting weighting/scoring according to estimated map resolution. The top 10 generated models (ranked based on quality metrics) were real-space refined using Phenix software. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 35 / 当てはまり具合の基準: Maximum Likelihood |
得られたモデル | PDB-5vy5: |