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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8730 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of the HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with soluble CD4 (D1-D2) and fragment antigen binding variable domain of 17b | ||||||||||||
マップデータ | Complex formed by HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env with soluble CD4 (2-domain) and broadly neutralizing antibody 17b | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lyumkis D / de Val N / Ward AB | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Open and closed structures reveal allostery and pliability in the HIV-1 envelope spike. 著者: Gabriel Ozorowski / Jesper Pallesen / Natalia de Val / Dmitry Lyumkis / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Robyn L Stanfield / Albert Cupo / Pavel Pugach / John P ...著者: Gabriel Ozorowski / Jesper Pallesen / Natalia de Val / Dmitry Lyumkis / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Robyn L Stanfield / Albert Cupo / Pavel Pugach / John P Moore / Ian A Wilson / Andrew B Ward / 要旨: For many enveloped viruses, binding to a receptor(s) on a host cell acts as the first step in a series of events culminating in fusion with the host cell membrane and transfer of genetic material for ...For many enveloped viruses, binding to a receptor(s) on a host cell acts as the first step in a series of events culminating in fusion with the host cell membrane and transfer of genetic material for replication. The envelope glycoprotein (Env) trimer on the surface of HIV is responsible for receptor binding and fusion. Although Env can tolerate a high degree of mutation in five variable regions (V1-V5), and also at N-linked glycosylation sites that contribute roughly half the mass of Env, the functional sites for recognition of receptor CD4 and co-receptor CXCR4/CCR5 are conserved and essential for viral fitness. Soluble SOSIP Env trimers are structural and antigenic mimics of the pre-fusion native, surface-presented Env, and are targets of broadly neutralizing antibodies. Thus, they are attractive immunogens for vaccine development. Here we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of subtype B B41 SOSIP Env trimers in complex with CD4 and antibody 17b, or with antibody b12, at resolutions of 3.7 Å and 3.6 Å, respectively. We compare these to cryo-electron microscopy reconstructions of B41 SOSIP Env trimers with no ligand or in complex with either CD4 or the CD4-binding-site antibody PGV04 at 5.6 Å, 5.2 Å and 7.4 Å resolution, respectively. Consequently, we present the most complete description yet, to our knowledge, of the CD4-17b-induced intermediate and provide the molecular basis of the receptor-binding-induced conformational change required for HIV-1 entry into host cells. Both CD4 and b12 induce large, previously uncharacterized conformational rearrangements in the gp41 subunits, and the fusion peptide becomes buried in a newly formed pocket. These structures provide key details on the biological function of the type I viral fusion machine from HIV-1 as well as new templates for inhibitor design. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8730.map.gz | 6.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8730-v30.xml emd-8730.xml | 24 KB 24 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8730.png | 129.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8730 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8730 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8730.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Complex formed by HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env with soluble CD4 (2-domain) and broadly neutralizing antibody 17b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (2-domain) ...
全体 | 名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (2-domain) and Fab domain of neutralizing 17b antibody |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (2-domain) ...
超分子 | 名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (2-domain) and Fab domain of neutralizing 17b antibody タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-超分子 #2: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
超分子 | 名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-超分子 #3: CD4 (2-domain)
超分子 | 名称: CD4 (2-domain) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-超分子 #4: broadly neutralizing antibody (Fab) 17b
超分子 | 名称: broadly neutralizing antibody (Fab) 17b / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-分子 #1: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 gp41
分子 | 名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSGK LICCTNVPWN SSWSNRNLSE IWDNMTWLQW DKEISNYTQI IYGLLEESQN QQEKNEQDLL ALD |
-分子 #2: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 gp120
分子 | 名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEIH LENVTEEFNM WKNNMVEQMH TDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLQCTNVT NNITDDMRGE LKNCSFNMTT ELRDKKQKVY ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEIH LENVTEEFNM WKNNMVEQMH TDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLQCTNVT NNITDDMRGE LKNCSFNMTT ELRDKKQKVY SLFYRLDVVQ INENQGNRSN NSNKEYRLIN CNTSAITQAC PKVSFEPIPI HYCAPAGFAI LKCKDKKFNG TGPCPSVSTV QCTHGIKPVV STQLLLNGSL AEEEVMIRSE NITNNAKNIL VQFNTPVQIN CTRPNNNTRK SIRIGPGQAF YATGDIIGDI RQAHCNVSKA TWNETLGKVV KQLRKHFGNN TIIRFANSSG GDLEVTTHSF NCGGEFFYCN TSGLFNSTWI SNTSVQGSNS TGSNDSITLP CRIKQIINMW QRIGQAMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRRR |
-分子 #3: soluble CD4 (2-domain)
分子 | 名称: soluble CD4 (2-domain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: KKVVLGKKGD TVELTCTASQ KKSIQFHWKN SNQIKILGNQ GSFLTKGPSK LNDRADSRRS LWDQGNFPLI IKNLKIEDSD TYICEVEDQK EEVQLLVFGL TANSDTHLLQ GQSLTLTLES PPGSSPSVQC RSPRGKNIQG GKTLSVSQLE LQDSGTWTCT VLQNQKKVEF KIDIVV |
-分子 #4: broadly neutralizing antibody (Fab) 17b light chain
分子 | 名称: broadly neutralizing antibody (Fab) 17b light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ELELTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASESVS SDLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA RFSGSGSGAE FTLTISSLQS EDFAVYYCQQ YNNWPPRYTF GQGTRLEIKR |
-分子 #5: broadly neutralizing antibody (Fab) 17b heavy chain
分子 | 名称: broadly neutralizing antibody (Fab) 17b heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLLESGAE VKKPGSSVKV SCKASGDTFI RYSFTWVRQA PGQGLEWMGR IITILDVAHY APHLQGRVTI TADKSTSTVY LELRNLRSDD TAVYFCAGVY EGEADEGEYD NNGFLKHWGQ GTLVTVT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: 5 microliters of the complex was incubated with 3 microliters of a fresh 1.8 mM DDM solution. A 3 microliter aliquot of the complex was applied to a C-Flat grid (CF-2/2-4C, Electron ...詳細: 5 microliters of the complex was incubated with 3 microliters of a fresh 1.8 mM DDM solution. A 3 microliter aliquot of the complex was applied to a C-Flat grid (CF-2/2-4C, Electron Microscopy Sciences, Protochips, Inc.) which had been plasma cleaned for 5 seconds using a mixture of Ar/O2 (Gatan Solarus 950 Plasma system), blotted off, and then immediately plunged into liquid ethane using a manual freeze plunger.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-28 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 5.6 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 詳細: Individual frames were gain-corrected, aligned, and summed using MotionCor. |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) / 詳細: performed internally in Relion and Frealign |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: common lines model using OptiMod 詳細: An initial model was generated directly from the class averages using OptiMod. |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 詳細: Relion 3D classification, auto mode |
最終 3次元分類 | クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 詳細: Frealign 3D classification and refinement |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 詳細: Resolution-limited refinement used throughout / 使用した粒子像数: 5716 |