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- EMDB-8621: The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8621
タイトルThe cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly
マップデータStructure of the mature 30S subunit in complex with YjeQ (RsgA) GTPase
試料
  • 複合体: Structure of the 30S subunit in complex with YjeQ GTPase
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / transcription antitermination factor activity, RNA binding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity ...guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / transcription antitermination factor activity, RNA binding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / GDP binding / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type ...Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / S4 RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 ...Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Razi A / Guarne A / Ortega J
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-82930 カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly.
著者: Aida Razi / Alba Guarné / Joaquin Ortega /
要旨: Recent work suggests that bacterial YjeQ (RsgA) participates in the late stages of assembly of the 30S subunit and aids the assembly of the decoding center but also binds the mature 30S subunit with ...Recent work suggests that bacterial YjeQ (RsgA) participates in the late stages of assembly of the 30S subunit and aids the assembly of the decoding center but also binds the mature 30S subunit with high affinity. To determine the function and mechanisms of YjeQ in the context of the mature subunit, we determined the cryo-EM structure of the fully assembled 30S subunit in complex with YjeQ at 5.8-Å resolution. We found that binding of YjeQ stabilizes helix 44 into a conformation similar to that adopted by the subunit during proofreading. This finding indicates that, along with acting as an assembly factor, YjeQ has a role as a checkpoint protein, consisting of testing the proofreading ability of the 30S subunit. The structure also informs the mechanism by which YjeQ implements the release from the 30S subunit of a second assembly factor, called RbfA. Finally, it reveals how the 30S subunit stimulates YjeQ GTPase activity and leads to release of the protein. Checkpoint functions have been described for eukaryotic ribosome assembly factors; however, this work describes an example of a bacterial assembly factor that tests a specific translation mechanism of the 30S subunit.
履歴
登録2017年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月19日-
マップ公開2017年4月19日-
更新2020年1月15日-
現状2020年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0309
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0309
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5uz4
  • 表面レベル: 0.0309
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8621.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the mature 30S subunit in complex with YjeQ (RsgA) GTPase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.45 Å/pix.
x 220 pix.
= 319. Å		1.45 Å/pix.
x 220 pix.
= 319. Å		1.45 Å/pix.
x 220 pix.
= 319. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0309 / ムービー #1: 0.0309
最小 - 最大-0.034293998 - 0.09952094
平均 (標準偏差)0.0011337413 (±0.0060786973)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 319.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z319.000319.000319.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0340.1000.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the 30S subunit in complex with YjeQ GTPase

全体名称: Structure of the 30S subunit in complex with YjeQ GTPase
要素
  • 複合体: Structure of the 30S subunit in complex with YjeQ GTPase
    • RNA: 16S RIBOSOMAL RNA16SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 3'-O-(N-methylanthraniloyl)-beta:gamma-imidoguanosine-5'-triphosphate

+
超分子 #1: Structure of the 30S subunit in complex with YjeQ GTPase

超分子名称: Structure of the 30S subunit in complex with YjeQ GTPase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: 16S RIBOSOMAL RNA

分子名称: 16S RIBOSOMAL RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 494.971188 KDa
配列文字列: GAAGAGUUUG AUCAUGGCUC AGAUUGAACG CUGGCGGCAG GCCUAACACA UGCAAGUCGA ACGGUAACAG GAAGAAGCUU GCUUCUUUG CUGACGAGUG GCGGACGGGU GAGUAAUGUC UGGGAAACUG CCUGAUGGAG GGGGAUAACU ACUGGAAACG G UAGCUAAU ...文字列:
GAAGAGUUUG AUCAUGGCUC AGAUUGAACG CUGGCGGCAG GCCUAACACA UGCAAGUCGA ACGGUAACAG GAAGAAGCUU GCUUCUUUG CUGACGAGUG GCGGACGGGU GAGUAAUGUC UGGGAAACUG CCUGAUGGAG GGGGAUAACU ACUGGAAACG G UAGCUAAU ACCGCAUAAC GUCGCAAGAC CAAAGAGGGG GACCUUCGGG CCUCUUGCCA UCGGAUGUGC CCAGAUGGGA UU AGCUAGU AGGUGGGGUA ACGGCUCACC UAGGCGACGA UCCCUAGCUG GUCUGAGAGG AUGACCAGCC ACACUGGAAC UGA GACACG GUCCAGACUC CUACGGGAGG CAGCAGUGGG GAAUAUUGCA CAAUGGGCGC AAGCCUGAUG CAGCCAUGCC GCGU GUAUG AAGAAGGCCU UCGGGUUGUA AAGUACUUUC AGCGGGGAGG AAGGGAGUAA AGUUAAUACC UUUGCUCAUU GACGU UACC CGCAGAAGAA GCACCGGCUA ACUCCGUGCC AGCAGCCGCG GUAAUACGGA GGGUGCAAGC GUUAAUCGGA AUUACU GGG CGUAAAGCGC ACGCAGGCGG UUUGUUAAGU CAGAUGUGAA AUCCCCGGGC UCAACCUGGG AACUGCAUCU GAUACUA GC AAGCUUGAGU CUCGUAGAGG GGGGUAGAAU UCCAGGUGUA GCGGUGAAAU GCGUAGAGAU CUGGAGGAAU ACCGGUGG C GAAGGCGGCC CCCUGGACGA AGACUGACGC UCAGGUGCGA AAGCGUGGGG AGCAAACAGG AUUAGAUACC CUGGUAGUC CACGCCGUAA ACGAUGUCGA CUUGGAGGUU GUGCCCUUGA GGCGUGGCUU CCGGAGCUAA CGCGUUAAGU CGACCGCCUG GGGAGUACG GCCGCAAGGU UAAAACUCAA AUGAAUUGAC GGGGGCCCGC ACAAGCGGUG GAGCAUGUGG UUUAAUUCGA U GCAACGCG AAGAACCUUA CCUGGUCUUG ACAUCCACGG AAGUUUUCAG AGAUGAGAAU GUGCCUUCGG GAACCGUGAG AC AGGUGCU GCAUGGCUGU CGUCAGCUCG UGUUGUGAAA UGUUGGGUUA AGUCCCGCAA CGAGCGCAAC CCUUAUCCUU UGU UGCCAG CGGUCCGGCC GGGAACUCAA AGGAGACUGC CAGUGAUAAA CUGGAGGAAG GUGGGGAUGA CGUCAAGUCA UCAU GGCCC UUACGACCAG GGCUACACAC GUGCUACAAU GGCGCAUACA AAGAGAAGCG ACCUCGCGAG AGCAAGCGGA CCUCA UAAA GUGCGUCGUA GUCCGGAUUG GAGUCUGCAA CUCGACUCCA UGAAGUCGGA AUCGCUAGUA AUCGUGGAUC AGAAUG CCA CGGUGAAUAC GUUCCCGGGC CUUGUACACA CCGCCCGUCA CACCAUGGGA GUGGGUUGCA AAAGAAGUAG GUAGCUU AA CCUUCGGGAG GGCGCUUACC ACUUUGUGAU UCAUGACUGG GGUGAAGUCG UAACAAGGUA ACCGUAGGGG AACCUGCG G UUGGAU

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 26.031316 KDa
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MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYNTSE AHTTYGVIGV KVWIFKGEIL GGMAAVEQPE KPAAQPKKQQ RKGRK

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 23.514199 KDa
配列文字列: MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP ...文字列:
MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP TWLEVDAGKM EGTFKRKPER SDLSADINEH LIVELYSK

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 17.629398 KDa
配列文字列:
MAHIEKQAGE LQEKLIAVNR VSKTVKGGRI FSFTALTVVG DGNGRVGFGY GKAREVPAAI QKAMEKARRN MINVALNNGT LQHPVKGVH TGSRVFMQPA SEGTGIIAGG AMRAVLEVAG VHNVLAKAYG STNPINVVRA TIDGLENMNS PEMVAAKRGK S VEEILGK

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.211058 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMVKAKDER RERRDDFANE TADDAEAGDS EE

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.055156 KDa
配列文字列:
MPRRRVIGQR KILPDPKFGS ELLAKFVNIL MVDGKKSTAE SIVYSALETL AQRSGKSELE AFEVALENVR PTVEVKSRRV GGSTYQVPV EVRPVRRNAL AMRWIVEAAR KRGDKSMALR LANELSDAAE NKGTAVKKRE DVHRMAEANK AFAHYRWLSL R SFSHQAGA SSKQPALGYL N

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.146557 KDa
配列文字列:
MSMQDPIADM LTRIRNGQAA NKAAVTMPSS KLKVAIANVL KEEGFIEDFK VEGDTKPELE LTLKYFQGKA VVESIQRVSR PGLRIYKRK DELPKVMAGL GIAVVSTSKG VMTDRAARQA GLGGEIICYV A

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.88627 KDa
配列文字列:
MAENQYYGTG RRKSSAARVF IKPGNGKIVI NQRSLEQYFG RETARMVVRQ PLELVDMVEK LDLYITVKGG GISGQAGAIR HGITRALME YDESLRSELR KAGFVTRDAR QVERKKVGLR KARRRPQFSK R

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.755597 KDa
配列文字列:
MQNQRIRIRL KAFDHRLIDQ ATAEIVETAK RTGAQVRGPI PLPTRKERFT VLISPHVNKD ARDQYEIRTH LRLVDIVEPT EKTVDALMR LDLAAGVDVQ ISLG

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.870975 KDa
配列文字列:
MAKAPIRARK RVRKQVSDGV AHIHASFNNT IVTITDRQGN ALGWATAGGS GFRGSRKSTP FAAQVAAERC ADAVKEYGIK NLEVMVKGP GPGRESTIRA LNAAGFRITN ITDVTPIPHN GCRPPKKRRV

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.768157 KDa
配列文字列:
MATVNQLVRK PRARKVAKSN VPALEACPQK RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVCRVRLTNG FEVTSYIGGE GHNLQEHSVI LIRGGRVKD LPGVRYHTVR GALDCSGVKD RKQARSKYGV KRPKA

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.128467 KDa
配列文字列:
MARIAGINIP DHKHAVIALT SIYGVGKTRS KAILAAAGIA EDVKISELSE GQIDTLRDEV AKFVVEGDLR REISMSIKRL MDLGCYRGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPRKPIKK

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.60656 KDa
配列文字列:
MAKQSMKARE VKRVALADKY FAKRAELKAI ISDVNASDED RWNAVLKLQT LPRDSSPSRQ RNRCRQTGRP HGFLRKFGLS RIKVREAAM RGEIPGLKKA SW

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.319882 KDa
配列文字列:
MSLSTEATAK IVSEFGRDAN DTGSTEVQVA LLTAQINHLQ GHFAEHKKDH HSRRGLLRMV SQRRKLLDYL KRKDVARYTR LIERLGLRR

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.724491 KDa
配列文字列:
MTDKIRTLQG RVVSDKMEKS IVVAIERFVK HPIYGKFIKR TTKLHVHDEN NECGIGDVVE IRECRPLSKT KSWTLVRVVE KAVL

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.005472 KDa
配列文字列:
MARYFRRRKF CRFTAEGVQE IDYKDIATLK NYITESGKIV PSRITGTRAK YQRQLARAIK RARYLSLLPY TDRHQ

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.455355 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF IDLHLLKKVE KAVESGDKKP LRTWSRRSTI FPNMIGLTIA VHNGRQHVPV FVTDEMVGHK LGEFAPTRTY RGHAADKKA KKK

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分子 #19: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.708464 KDa
配列文字列:
MANIKSAKKR AIQSEKARKH NASRRSMMRT FIKKVYAAIE AGDKAAAQKA FNEMQPIVDR QAAKGLIHKN KAARHKANLT AQINKLA

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分子 #20: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 26.78167 KDa
配列文字列: MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH ...文字列:
MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH EHIAIKEANN LGIPVFAIVD TNSDPDGVDF VIPGNDDAIR AVTLYLGAVA ATVREGRSQD LASQAEESFV EA E

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分子 #21: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA

分子名称: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 37.345172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: LSKGQQRRVN ANHQRRLKTS KEKPDYDDNL FGEPDEGIVI SRFGMHADVE SADGDVHRCN IRRTIRSLVT GDRVVWRPGK PAAEGVNVK GIVEAVHERT SVLTRPDFYD GVKPIAANID QIVIVSAILP ELSLNIIDRY LVACETLQIE PIIVLNKIDL L DDEGMAFV ...文字列:
LSKGQQRRVN ANHQRRLKTS KEKPDYDDNL FGEPDEGIVI SRFGMHADVE SADGDVHRCN IRRTIRSLVT GDRVVWRPGK PAAEGVNVK GIVEAVHERT SVLTRPDFYD GVKPIAANID QIVIVSAILP ELSLNIIDRY LVACETLQIE PIIVLNKIDL L DDEGMAFV NEQMDIYRNI GYRVLMVSSH TQDGLKPLEE ALTGRISIFA GQSGVGKSSL LNALLGLQKE ILTNDISDNS GL GQHTTTA ARLYHFPHGG DVIDSPGVRE FGLWHLEPEQ ITQGFVEFHD YLGLCKYRDC KHDTDPGCAI REAVEEGKIA ETR FENYHR ILESMAQV

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分子 #22: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #23: 3'-O-(N-methylanthraniloyl)-beta:gamma-imidoguanosine-5'-triphosphate

分子名称: 3'-O-(N-methylanthraniloyl)-beta:gamma-imidoguanosine-5'-triphosphate
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: GGM
分子量理論値: 655.343 Da
Chemical component information

ChemComp-GGM:
3'-O-(N-methylanthraniloyl)-beta:gamma-imidoguanosine-5'-triphosphate / 3′-O-[2-(メチルアミノ)ベンゾイル]グアノシン5′-O-りん酸[[(ジヒドロキシホスフィニル)アミノ]ヒドロキ(以下略)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat CFT-222C / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 34482 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 487018
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2avy
PDB 未公開エントリ

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130462
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5uz4:
The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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