+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8614 | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 3D-reconstruction of O3-33 from a grid prepared with multiple rounds of blotting | |||||||||||||||||||||
マップデータ | 3D-reconstruction of O3-33 | |||||||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 propanediol degradation polyhedral organelle / propanediol catabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | unidentified (未定義) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Snijder J / Borst AJ / Dosey A / Walls AC / Burrell A / Reddy V / Kollman J / Veesler D | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, オランダ, 6件
| |||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2017 タイトル: Vitrification after multiple rounds of sample application and blotting improves particle density on cryo-electron microscopy grids. 著者: Joost Snijder / Andrew J Borst / Annie Dosey / Alexandra C Walls / Anika Burrell / Vijay S Reddy / Justin M Kollman / David Veesler / 要旨: Single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) is becoming widely adopted as a tool for structural characterization of biomolecules at near-atomic resolution. Vitrification of the sample to obtain ...Single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) is becoming widely adopted as a tool for structural characterization of biomolecules at near-atomic resolution. Vitrification of the sample to obtain a dense distribution of particles within a single field of view remains a major bottleneck for the success of such experiments. Here, we describe a simple and cost-effective method to increase the density of frozen-hydrated particles on grids with holey carbon support films. It relies on performing multiple rounds of sample application and blotting prior to plunge freezing in liquid ethane. We show that this approach is generally applicable and significantly increases particle density for a range of samples, such as small protein complexes, viruses and filamentous assemblies. The method is versatile, easy to implement, minimizes sample requirements and can enable characterization of samples that would otherwise resist structural studies using single particle cryoEM. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8614.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-8614-v30.xml emd-8614.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8614.png | 140.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8614 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8614 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 3D-reconstruction of O3-33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : O3-33
全体 | 名称: O3-33 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: O3-33
超分子 | 名称: O3-33 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 480 KDa |
-分子 #1: Computationally designed octahedral protein cage O3-33
分子 | 名称: Computationally designed octahedral protein cage O3-33 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSQAIGILEL TSIAAGMELG DAMLKSANVD LLVSKTISPG KFLLMLGGDI GAIQQAIETG TSQAGELLVD SLVLANIHPS VLPAISGLNS VDKRQAVGIV ETWSVAACIS AADRAVKGSN VTLVRVHMAF GIGGKCYMVV AGDVSDVALA VTVASSSAGA YGLLVYASLI ...文字列: MSQAIGILEL TSIAAGMELG DAMLKSANVD LLVSKTISPG KFLLMLGGDI GAIQQAIETG TSQAGELLVD SLVLANIHPS VLPAISGLNS VDKRQAVGIV ETWSVAACIS AADRAVKGSN VTLVRVHMAF GIGGKCYMVV AGDVSDVALA VTVASSSAGA YGLLVYASLI PRPHEAMWRQ MVEGlehhhh hh |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||
グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 倍率(補正後): 40000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 100 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf/Relion |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio e2initialmodel.py |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 6000 |