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- EMDB-8611: Negative stain reconstruction of E. coli MCE protein YebT -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8611
タイトルNegative stain reconstruction of E. coli MCE protein YebT
マップデータE. coli MCE protein PqiB, periplasmic domain
試料
  • 複合体: YebT
    • タンパク質・ペプチド: YebT
機能・相同性Mce/MlaD / MlaD protein / intermembrane lipid transfer / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / 細胞膜 / Intermembrane transport protein YebT
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Bhabha G / Ekiert DC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM112982 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2140-12 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Architectures of Lipid Transport Systems for the Bacterial Outer Membrane.
著者: Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Georgia L Isom / Garrett Greenan / Sergey Ovchinnikov / Ian R Henderson / Jeffery S Cox / Ronald D Vale /
要旨: How phospholipids are trafficked between the bacterial inner and outer membranes through the hydrophilic space of the periplasm is not known. We report that members of the mammalian cell entry (MCE) ...How phospholipids are trafficked between the bacterial inner and outer membranes through the hydrophilic space of the periplasm is not known. We report that members of the mammalian cell entry (MCE) protein family form hexameric assemblies with a central channel capable of mediating lipid transport. The E. coli MCE protein, MlaD, forms a ring associated with an ABC transporter complex in the inner membrane. A soluble lipid-binding protein, MlaC, ferries lipids between MlaD and an outer membrane protein complex. In contrast, EM structures of two other E. coli MCE proteins show that YebT forms an elongated tube consisting of seven stacked MCE rings, and PqiB adopts a syringe-like architecture. Both YebT and PqiB create channels of sufficient length to span the periplasmic space. This work reveals diverse architectures of highly conserved protein-based channels implicated in the transport of lipids between the membranes of bacteria and some eukaryotic organelles.
履歴
登録2017年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月12日-
マップ公開2017年4月12日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.086
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.086
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8611.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli MCE protein PqiB, periplasmic domain
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.42 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.086 / ムービー #1: 0.086
最小 - 最大-0.13925247 - 0.23584455
平均 (標準偏差)0.0008635771 (±0.016180625)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 424.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.424.424.42
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.320424.320424.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-51-35-11
NX/NY/NZ11110799
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.1390.2360.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : YebT

全体名称: YebT
要素
  • 複合体: YebT
    • タンパク質・ペプチド: YebT

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超分子 #1: YebT

超分子名称: YebT / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: YebT

分子名称: YebT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHMSQETPAS TTEAQIKNKR RISPFWLLP FIALMIASWL I WDSYQDRG NTVTIDFMSA DG IVPGRTP VRYQGVEVGT VQD ISLSDD LRKIEVKVSI KSDM KDALR EETQFWLVTP KASLA GVSG LDALVGGNYI GMMPGK GKE QDHFVALDTQ PKYRLDN GD ...文字列:
MHMSQETPAS TTEAQIKNKR RISPFWLLP FIALMIASWL I WDSYQDRG NTVTIDFMSA DG IVPGRTP VRYQGVEVGT VQD ISLSDD LRKIEVKVSI KSDM KDALR EETQFWLVTP KASLA GVSG LDALVGGNYI GMMPGK GKE QDHFVALDTQ PKYRLDN GD LMIHLQAPDL GSLNSGSL V YFRKIPVGKV YDYAINPNK QGVVIDVLIE RRFTDLVKKG SRFWNVSGV DANVSISGAK V KLESLAAL VNGAIAFDSP EE SKPAEAE DTFGLYEDLA HSQ RGVIIK LELPSGAGLT ADST PLMYQ GLEVGQLTKL DLNPG GKVT GEMTVDPSVV TLLREN TRI ELRNPKLSLS DANLSAL LT GKTFELVPGD GEPRKEFV V VPGEKALLHE PDVLTLTLT APESYGIDAG QPLILHGVQV GQVIDRKLT SKGVTFTVAI E PQHRELVK GDSKFVVNSR VD VKVGLDG VEFLGASASE WIN GGIRIL PGDKGEMKAS YPLY ANLEK ALENSLSDLP TTTVS LSAE TLPDVQAGSV VLYRKF EVG EVITVRPRAN AFDIDLH IK PEYRNLLTSN SVFWAEGG A KVQLNGSGLT VQASPLSRA LKGAISFDNL SGASASQRKG DKRILYASE TAARAVGGQI T LHAFDAGK LAVGMPIRYL GI DIGQIQT LDLITARNEV QAK AVLYPE YVQTFARGGT RFSV VTPQI SAAGVEHLDT ILQPY INVE PGRGNPRRDF ELQEAT ITD SRYLDGLSII VEAPEAG SL GIGTPVLFRG LEVGTVTG M TLGTLSDRVM IAMRISKRY QHLVRNNSVF WLASGYSLDF GLTGGVVKT GTFNQFIRGG I AFATPPGT PLAPKAQEGK HF LLQESEP KEWREWGTAL PKH QHQHHH HHH

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 10.0 e/Å2

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画像解析

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 4787

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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