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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8590 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram average of ribosome from Trypanosoma brucei | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average of ribosome from Trypanosoma brucei | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / positive regulation of translational fidelity / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / positive regulation of translational fidelity / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / small-subunit processome / regulation of cell growth / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / regulation of cell population proliferation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / リボソーム / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / enzyme binding / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 38.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen M / Sun SY / Ludtke SJ / He CY / Schmid MF / Chiu W | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017 タイトル: Convolutional neural networks for automated annotation of cellular cryo-electron tomograms. 著者: Muyuan Chen / Wei Dai / Stella Y Sun / Darius Jonasch / Cynthia Y He / Michael F Schmid / Wah Chiu / Steven J Ludtke / 要旨: Cellular electron cryotomography offers researchers the ability to observe macromolecules frozen in action in situ, but a primary challenge with this technique is identifying molecular components ...Cellular electron cryotomography offers researchers the ability to observe macromolecules frozen in action in situ, but a primary challenge with this technique is identifying molecular components within the crowded cellular environment. We introduce a method that uses neural networks to dramatically reduce the time and human effort required for subcellular annotation and feature extraction. Subsequent subtomogram classification and averaging yield in situ structures of molecular components of interest. The method is available in the EMAN2.2 software package. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8590.map.gz | 84.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8590-v30.xml emd-8590.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8590.png | 24.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8590 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8590 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8590.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 432.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of ribosome from Trypanosoma brucei | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 10.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ribosomes in cell
全体 | 名称: Ribosomes in cellリボソーム |
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要素 |
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-超分子 #1: Ribosomes in cell
超分子 | 名称: Ribosomes in cell / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 759 / 手法: Automated tomogram segmentation / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2) / ソフトウェア - 詳細: Tomoseg tool |
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最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2) / 詳細: Single particle tomography tool in EMAN2 |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 38.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2) / 使用したサブトモグラム数: 511 |