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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8588 | |||||||||
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タイトル | AAA ATPase Vps4 hexamer in open conformation | |||||||||
マップデータ | AAA ATPase Vps4 hexamer in open conformation | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ESCRT IV complex / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / protein retention in Golgi apparatus / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / midbody abscission / vacuole organization ...ESCRT IV complex / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / protein retention in Golgi apparatus / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / midbody abscission / vacuole organization / multivesicular body sorting pathway / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / multivesicular body assembly / reticulophagy / nucleus organization / endosomal transport / ATPase complex / autophagosome maturation / 核膜孔 / オートファジー / オートファジー / protein transport / midbody / エンドソーム / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / protein homodimerization activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Su M / Guo EZ | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017 タイトル: Mechanism of Vps4 hexamer function revealed by cryo-EM. 著者: Min Su / Emily Z Guo / Xinqiang Ding / Yan Li / Jeffrey T Tarrasch / Charles L Brooks / Zhaohui Xu / Georgios Skiniotis / 要旨: Vps4 is a member of AAA ATPase (adenosine triphosphatase associated with diverse cellular activities) that operates as an oligomer to disassemble ESCRT-III (endosomal sorting complex required for ...Vps4 is a member of AAA ATPase (adenosine triphosphatase associated with diverse cellular activities) that operates as an oligomer to disassemble ESCRT-III (endosomal sorting complex required for transport III) filaments, thereby catalyzing the final step in multiple ESCRT-dependent membrane remodeling events. We used electron cryo-microscopy to visualize oligomers of a hydrolysis-deficient Vps4 (vacuolar protein sorting-associated protein 4) mutant in the presence of adenosine 5'-triphosphate (ATP). We show that Vps4 subunits assemble into an asymmetric hexameric ring following an approximate helical path that sequentially stacks substrate-binding loops along the central pore. The hexamer is observed to adopt an open or closed ring configuration facilitated by major conformational changes in a single subunit. The structural transition of the mobile Vps4 subunit results in the repositioning of its substrate-binding loop from the top to the bottom of the central pore, with an associated translation of 33 Å. These structures, along with mutant-doping experiments and functional assays, provide evidence for a sequential and processive ATP hydrolysis mechanism by which Vps4 hexamers disassemble ESCRT-III filaments. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8588.map.gz | 746.7 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8588-v30.xml emd-8588.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8588.png | 156.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8588 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8588 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | AAA ATPase Vps4 hexamer in open conformation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Vps4
全体 | 名称: Vps4 |
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要素 |
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-超分子 #1: Vps4
超分子 | 名称: Vps4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Vps4
分子 | 名称: Vps4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MSTGDFLTKG IELVQKAIDL DTATQYEEAY TAYYNGLDYL MLALKYEKNP KSKDLIRAKF TEYLNRAEQL KKHLESEEAN AAKKSPSAG SGSNGGNKKI SQEEGEDNGG EDNKKLRGAL SSAILSEKPN VKWEDVAGLE GAKEALKEAV ILPVKFPHLF K GNRKPTSG ...文字列: MSTGDFLTKG IELVQKAIDL DTATQYEEAY TAYYNGLDYL MLALKYEKNP KSKDLIRAKF TEYLNRAEQL KKHLESEEAN AAKKSPSAG SGSNGGNKKI SQEEGEDNGG EDNKKLRGAL SSAILSEKPN VKWEDVAGLE GAKEALKEAV ILPVKFPHLF K GNRKPTSG ILLYGPPGTG KSYLAKAVAT EANSTFFSVS SSDLVSKWMG ESEKLVKQLF AMARENKPSI IFIDQVDALT GT RGEGESE ASRRIKTELL VQMNGVGNDS QGVLVLGATN IPWQLDSAIR RRFERRIYIP LPDLAARTTM FEINVGDTPS VLT KEDYRT LGAMTEGYSG SDIAVVVKDA LMQPIRKIQS ATHFKDVSTE DDETRKLTPS SPGDDGAIEM SWTDIEADEL KEPD LTIKD FLKAIKSTRP TVNEDDLLKQ EQFTRDFGQE GN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EAMN (ver. 2) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 99175 |