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- EMDB-8578: Negative Stain EM of C05 mutant Fab (VPGSGW) and CR9114 Fab in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8578
タイトルNegative Stain EM of C05 mutant Fab (VPGSGW) and CR9114 Fab in complex with H1 HA Trimer
マップデータEM negative stain map of CR9114 and VPGSGW fabs in complex with H1 hemagglutinin trimer.
試料
  • 複合体: Negative stain EM map of C05 Mutant Fab (VPGSGW) and CR9114 fabs in complex with H1 HA trimer.
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Turner HL / Ward AB
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: In vitro evolution of an influenza broadly neutralizing antibody is modulated by hemagglutinin receptor specificity.
著者: Nicholas C Wu / Geramie Grande / Hannah L Turner / Andrew B Ward / Jia Xie / Richard A Lerner / Ian A Wilson /
要旨: The relatively recent discovery and characterization of human broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza virus provide valuable insights into antiviral and vaccine development. ...The relatively recent discovery and characterization of human broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza virus provide valuable insights into antiviral and vaccine development. However, the factors that influence the evolution of high-affinity bnAbs remain elusive. We therefore explore the functional sequence space of bnAb C05, which targets the receptor-binding site (RBS) of influenza haemagglutinin (HA) via a long CDR H3. We combine saturation mutagenesis with yeast display to enrich for C05 variants of CDR H3 that bind to H1 and H3 HAs. The C05 variants evolve up to 20-fold higher affinity but increase specificity to each HA subtype used in the selection. Structural analysis reveals that the fine specificity is strongly influenced by a highly conserved substitution that regulates receptor binding in different subtypes. Overall, this study suggests that subtle natural variations in the HA RBS between subtypes and species may differentially influence the evolution of high-affinity bnAbs.
履歴
登録2017年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月15日-
マップ公開2017年5月31日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 20.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 20.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8578.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8578.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM negative stain map of CR9114 and VPGSGW fabs in complex with H1 hemagglutinin trimer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å		2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å		2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 20.699999999999999 / ムービー #1: 20.7
最小 - 最大-48.753773000000002 - 100.832436000000001
平均 (標準偏差)0.7061781 (±8.199496)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 295.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.200295.200295.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-48.754100.8320.706

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Negative stain EM map of C05 Mutant Fab (VPGSGW) and CR9114 fabs ...

全体名称: Negative stain EM map of C05 Mutant Fab (VPGSGW) and CR9114 fabs in complex with H1 HA trimer.
要素
  • 複合体: Negative stain EM map of C05 Mutant Fab (VPGSGW) and CR9114 fabs in complex with H1 HA trimer.

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超分子 #1: Negative stain EM map of C05 Mutant Fab (VPGSGW) and CR9114 fabs ...

超分子名称: Negative stain EM map of C05 Mutant Fab (VPGSGW) and CR9114 fabs in complex with H1 HA trimer.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)
組換発現生物種: Drosophila (ハエ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.019 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: Tris Buffer Saline / 詳細: Solution was made fresh using 0.2um filter.
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: 0.2% Uranyl Formate. Samples were placed on 400 mesh copper grids covered with nitrocellulose. Samples were blotted off and UF was added for a total of 30 seconds before being blotted off.
グリッドモデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 93 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 18874
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: SPARX
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: sxali3d.py / 使用した粒子像数: 18874

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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