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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8537 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 48nm repeat ciliary microtubule doublet | |||||||||
マップデータ | 48nm repeat map of the doublet from Tetrahymena thermophila | |||||||||
試料 |
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生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Ichikawa M / Liu D / Kastritis PL / Basu K / Bui KH | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Subnanometre-resolution structure of the doublet microtubule reveals new classes of microtubule-associated proteins. 著者: Muneyoshi Ichikawa / Dinan Liu / Panagiotis L Kastritis / Kaustuv Basu / Tzu Chin Hsu / Shunkai Yang / Khanh Huy Bui / 要旨: Cilia are ubiquitous, hair-like appendages found in eukaryotic cells that carry out functions of cell motility and sensory reception. Cilia contain an intriguing cytoskeletal structure, termed the ...Cilia are ubiquitous, hair-like appendages found in eukaryotic cells that carry out functions of cell motility and sensory reception. Cilia contain an intriguing cytoskeletal structure, termed the axoneme that consists of nine doublet microtubules radially interlinked and longitudinally organized in multiple specific repeat units. Little is known, however, about how the axoneme allows cilia to be both actively bendable and sturdy or how it is assembled. To answer these questions, we used cryo-electron microscopy to structurally analyse several of the repeating units of the doublet at sub-nanometre resolution. This structural detail enables us to unambiguously assign α- and β-tubulins in the doublet microtubule lattice. Our study demonstrates the existence of an inner sheath composed of different kinds of microtubule inner proteins inside the doublet that likely stabilizes the structure and facilitates the specific building of the B-tubule. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8537.map.gz | 58.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8537-v30.xml emd-8537.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8537.png | 159.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8537 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8537 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8537.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 48nm repeat map of the doublet from Tetrahymena thermophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.75 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 48nm-repeat of microtubule doublet
全体 | 名称: 48nm-repeat of microtubule doublet |
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要素 |
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-超分子 #1: 48nm-repeat of microtubule doublet
超分子 | 名称: 48nm-repeat of microtubule doublet / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / Organelle: cilia / 細胞中の位置: cilia |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 3 for 5 seconds. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 実像数: 5983 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 15697 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND4 |
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER (ver. 19.02) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4,2.0) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4,2.0) / 使用した粒子像数: 15697 |