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- EMDB-8486: Bacillus phage PBS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8486
タイトルBacillus phage PBS1
マップデータBacillus phage PBS1
試料
  • ウイルス: Bacillus phage PBS1 (ファージ)
生物種Bacillus phage PBS1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Hua J / Huet A / Lopez CA / Toropova K / Pope WH / Duda RL / Hendrix RW / Conway JF
引用ジャーナル: mBio / 年: 2017
タイトル: Capsids and Genomes of Jumbo-Sized Bacteriophages Reveal the Evolutionary Reach of the HK97 Fold.
著者: Jianfei Hua / Alexis Huet / Carlos A Lopez / Katerina Toropova / Welkin H Pope / Robert L Duda / Roger W Hendrix / James F Conway /
要旨: Large icosahedral viruses that infect bacteria represent an extreme of the coevolution of capsids and the genomes they accommodate. One subset of these large viruses is the jumbophages, tailed phages ...Large icosahedral viruses that infect bacteria represent an extreme of the coevolution of capsids and the genomes they accommodate. One subset of these large viruses is the jumbophages, tailed phages with double-stranded DNA genomes of at least 200,000 bp. We explored the mechanism leading to increased capsid and genome sizes by characterizing structures of several jumbophage capsids and the DNA packaged within them. Capsid structures determined for six jumbophages were consistent with the canonical phage HK97 fold, and three had capsid geometries with novel triangulation numbers (T=25, T=28, and T=52). Packaged DNA (chromosome) sizes were larger than the genome sizes, indicating that all jumbophages use a head-full DNA packaging mechanism. For two phages (PAU and G), the sizes appeared very much larger than their genome length. We used two-dimensional DNA gel electrophoresis to show that these two DNAs migrated abnormally due to base modifications and to allow us to calculate their actual chromosome sizes. Our results support a ratchet model of capsid and genome coevolution whereby mutations lead to increased capsid volume and allow the acquisition of additional genes. Once the added genes and larger capsid are established, mutations that restore the smaller size are disfavored. A large family of viruses share the same fold of the capsid protein as bacteriophage HK97, a virus that infects bacteria. Members of this family use different numbers of the capsid protein to build capsids of different sizes. Here, we examined the structures of extremely large capsids and measured their DNA content relative to the sequenced genome lengths, aiming to understand the process that increases size. We concluded that mutational changes leading to larger capsids become locked in by subsequent changes to the genome organization.
履歴
登録2016年11月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月8日-
マップ公開2017年11月1日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8486.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8486.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 828.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacillus phage PBS1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.74 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.35 / ムービー #1: 4.35
最小 - 最大-12.949679 - 23.977083
平均 (標準偏差)0.6991476 (±3.3277946)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ601601601
Spacing601601601
セルA=B=C: 1646.74 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.742.742.74
M x/y/z601601601
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1646.7401646.7401646.740
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS601601601
D min/max/mean-12.95023.9770.699

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacillus phage PBS1

全体名称: Bacillus phage PBS1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Bacillus phage PBS1 (ファージ)

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超分子 #1: Bacillus phage PBS1

超分子名称: Bacillus phage PBS1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 10683 / 生物種: Bacillus phage PBS1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1300.0 Å / T番号(三角分割数): 27

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
10.0 mMMgSO4magnesium chloride
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 78000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-9 / 実像数: 3000 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2495
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM / 使用した粒子像数: 2000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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