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万見
- EMDB-8483: Structure of higher-order HIV-1 strand transfer complex intasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8483
タイトルStructure of higher-order HIV-1 strand transfer complex intasome
マップデータstructure of higher-order HIV-1 Strand Transfer Complex Intasome
試料
  • 複合体: complex formed by a higher-order assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Integrase with with IN-binding domain of LEDGF/p75, and the product of DNA strand transfer
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Integrase, Sso7d chimera
  • タンパク質・ペプチド: Integrase binding domain of LEDGF/p75
  • DNA: DNA (11-MER)
  • DNA: DNA (23-MER)
  • DNA: DNA (37-MER)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / nucleotidyltransferase activity / HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration ...RNA endonuclease activity / nucleotidyltransferase activity / HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleic acid binding / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal ...DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA結合タンパク質 / インテグラーゼ / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Lyumkis D / Passos D
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures and atomic model of the HIV-1 strand transfer complex intasome.
著者: Dario Oliveira Passos / Min Li / Renbin Yang / Stephanie V Rebensburg / Rodolfo Ghirlando / Youngmin Jeon / Nikoloz Shkriabai / Mamuka Kvaratskhelia / Robert Craigie / Dmitry Lyumkis /
要旨: Like all retroviruses, HIV-1 irreversibly inserts a viral DNA (vDNA) copy of its RNA genome into host target DNA (tDNA). The intasome, a higher-order nucleoprotein complex composed of viral integrase ...Like all retroviruses, HIV-1 irreversibly inserts a viral DNA (vDNA) copy of its RNA genome into host target DNA (tDNA). The intasome, a higher-order nucleoprotein complex composed of viral integrase (IN) and the ends of linear vDNA, mediates integration. Productive integration into host chromatin results in the formation of the strand transfer complex (STC) containing catalytically joined vDNA and tDNA. HIV-1 intasomes have been refractory to high-resolution structural studies. We used a soluble IN fusion protein to facilitate structural studies, through which we present a high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the core tetrameric HIV-1 STC and a higher-order form that adopts carboxyl-terminal domain rearrangements. The distinct STC structures highlight how HIV-1 can use the common retroviral intasome core architecture to accommodate different IN domain modules for assembly.
履歴
登録2016年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2017年1月11日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8483.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8483.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of higher-order HIV-1 Strand Transfer Complex Intasome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 192 pix.
= 251.52 Å		1.31 Å/pix.
x 192 pix.
= 251.52 Å		1.31 Å/pix.
x 192 pix.
= 251.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.12662712 - 0.25486803
平均 (標準偏差)0.0015244725 (±0.009931429)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 251.51999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z251.520251.520251.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.1270.2550.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : complex formed by a higher-order assembly of Sso7d-fusion HIV-1 I...

全体名称: complex formed by a higher-order assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Integrase with with IN-binding domain of LEDGF/p75, and the product of DNA strand transfer
要素
  • 複合体: complex formed by a higher-order assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Integrase with with IN-binding domain of LEDGF/p75, and the product of DNA strand transfer
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Integrase, Sso7d chimera
  • タンパク質・ペプチド: Integrase binding domain of LEDGF/p75
  • DNA: DNA (11-MER)
  • DNA: DNA (23-MER)
  • DNA: DNA (37-MER)

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超分子 #1: complex formed by a higher-order assembly of Sso7d-fusion HIV-1 I...

超分子名称: complex formed by a higher-order assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Integrase with with IN-binding domain of LEDGF/p75, and the product of DNA strand transfer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pSca355
分子量実験値: 500 KDa

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分子 #1: HIV-1 Integrase, Sso7d chimera

分子名称: HIV-1 Integrase, Sso7d chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sso7d protein fused to the integrase N-terminus via an 11-glycine linker
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVWRVGKMI SFTYDEGGGK TGRGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGGGGG GGGGGFLDGI DKAQEEHEKY HSNWRAMASD FNLPPVVAKE IVASCDKCQL KGEAMHGQVD CSPGIWQLDC THLEGKVILV ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVWRVGKMI SFTYDEGGGK TGRGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGGGGG GGGGGFLDGI DKAQEEHEKY HSNWRAMASD FNLPPVVAKE IVASCDKCQL KGEAMHGQVD CSPGIWQLDC THLEGKVILV AVHVASGYIE AEVIPAETGQ ETAYFLLKLA GRWPVKTVHT DNGSNFTSTT VKAACWWAGI KQEFGIPYNP QSQGVIQSMN KELKKIIGQV RDQAEHLKTA VQMAVFIHNF KRKGGIGGYS AGERIVDIIA TDIQTKELQK QITKIQNFRV YYRDSRDPVW KGPAKLLWKG EGAVVIQDNS DIKVVPRRKA KIIRDYGKQM AGDDCVASRQ DED

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分子 #2: Integrase binding domain of LEDGF/p75

分子名称: Integrase binding domain of LEDGF/p75 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SMDSRLQRIH AEIKNSLKID NLDVNRCIEA LDELASLQVT MQQAQKHTEM ITTLKKIRRF KVSQVIMEKS TMLYNKFKNM FLV

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分子 #3: DNA (11-MER)

分子名称: DNA (11-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GTACGCTGAC T

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分子 #4: DNA (23-MER)

分子名称: DNA (23-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
配列文字列:
ACTGCTAGAG ATTTTCCACA CTG

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分子 #5: DNA (37-MER)

分子名称: DNA (37-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
CAGTGTGGAA AATCTCTAGC AGTTACAGTC AGCGTAC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
650.0 mg/mLNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
20.0 mMC4H11NO3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
0.5 mMC9H15O6PTCEP
6.0 %C3H8O3glycerolグリセリン
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Sample containing HIV STC intasomes in SEC buffer was applied onto freshly plasma-treated (6 seconds, Gatan Solarus plasma cleaner) holey gold UltrAuFoil grids (Quantifoil), adsorbed for 30 ...詳細: Sample containing HIV STC intasomes in SEC buffer was applied onto freshly plasma-treated (6 seconds, Gatan Solarus plasma cleaner) holey gold UltrAuFoil grids (Quantifoil), adsorbed for 30 seconds, then plunged into liquid ethane using a manual cryo-plunger in an ambient environment of 4 degrees C..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-100 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1598 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 95.0 e/Å2
詳細: Individual frames were gain-corrected, aligned, and summed with the application of an exposure filter using MotionCor2, according to the nominal dose rate.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 154445
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) / 詳細: performed internally in Relion and Frealign
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: common lines model using OptiMod
詳細: An initial model was generated directly from the class averages using OptiMod.
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 詳細: Relion 3D classification, auto mode
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 3.11)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 詳細: Frealign 3D classification and refinement
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 詳細: Resolution-limited refinement used throughout / 使用した粒子像数: 11099

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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