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万見
- EMDB-8477: CRISPR RNA-guided surveillance complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8477
タイトルCRISPR RNA-guided surveillance complex
マップデータ
試料
  • 複合体: CRISPR RNA-guided surveillance complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse3 family
    • タンパク質・ペプチド: Cse2二セレン化炭素
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse1 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse4 family
    • RNA: crRNA
    • DNA: Target Strand
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cas5e family
    • DNA: Nontarget Strand
キーワードCRISPR-Cas (CRISPR) / Cascade / IMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein, CT1975 / CT1975-like protein / CRISPR-associated protein, CasD / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / CRISPR-associated protein Cse3 / CRISPR ...CRISPR-associated protein, CT1975 / CT1975-like protein / CRISPR-associated protein, CasD / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / CRISPR-associated protein Cse3 / CRISPR / CRISPR_assoc / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated protein, Cse1 family / CRISPR-associated protein, Cse2 family / CRISPR-associated protein, Cse4 family / CRISPR-associated protein, Cas5e family / CRISPR-associated protein, Cse3 family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) / Thermobifida fusca YX (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Xiao Y / Luo M
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structure Basis for Directional R-loop Formation and Substrate Handover Mechanisms in Type I CRISPR-Cas System.
著者: Yibei Xiao / Min Luo / Robert P Hayes / Jonathan Kim / Sherwin Ng / Fang Ding / Maofu Liao / Ailong Ke /
要旨: Type I CRISPR systems feature a sequential dsDNA target searching and degradation process, by crRNA-displaying Cascade and nuclease-helicase fusion enzyme Cas3, respectively. Here we present two cryo- ...Type I CRISPR systems feature a sequential dsDNA target searching and degradation process, by crRNA-displaying Cascade and nuclease-helicase fusion enzyme Cas3, respectively. Here we present two cryo-EM snapshots of the Thermobifida fusca type I-E Cascade: (1) unwinding 11 bp of dsDNA at the seed-sequence region to scout for sequence complementarity, and (2) further unwinding of the entire protospacer to form a full R-loop. These structures provide the much-needed temporal and spatial resolution to resolve key mechanistic steps leading to Cas3 recruitment. In the early steps, PAM recognition causes severe DNA bending, leading to spontaneous DNA unwinding to form a seed-bubble. The full R-loop formation triggers conformational changes in Cascade, licensing Cas3 to bind. The same process also generates a bulge in the non-target DNA strand, enabling its handover to Cas3 for cleavage. The combination of both negative and positive checkpoints ensures stringent yet efficient target degradation in type I CRISPR-Cas systems.
履歴
登録2016年11月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年3月22日-
マップ公開2017年8月9日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5u07
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8477.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8477.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.107699394 - 0.21361065
平均 (標準偏差)0.000027352522 (±0.006874965)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.880314.880314.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-36
NX/NY/NZ528549
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1080.2140.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CRISPR RNA-guided surveillance complex

全体名称: CRISPR RNA-guided surveillance complex
要素
  • 複合体: CRISPR RNA-guided surveillance complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse3 family
    • タンパク質・ペプチド: Cse2二セレン化炭素
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse1 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse4 family
    • RNA: crRNA
    • DNA: Target Strand
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cas5e family
    • DNA: Nontarget Strand

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超分子 #1: CRISPR RNA-guided surveillance complex

超分子名称: CRISPR RNA-guided surveillance complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)

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分子 #1: CRISPR-associated protein, Cse3 family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cse3 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca YX (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 26.327938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTWLTKIVPD LRYRQTRADF RTAGNLHRKL IRLSSDLGEE RIANPRQQSG LLFRIEETRN ELYLLVQSHS PLRVDRLGPG YHGVQMRNL DPFLARLDKG SRVRYRIVAS PTKRLGRSEN NTQRLGLKEP PKKPREYTWA LRGAAAEEWW HSRAAANGLE L LSTYAQTL ...文字列:
MTWLTKIVPD LRYRQTRADF RTAGNLHRKL IRLSSDLGEE RIANPRQQSG LLFRIEETRN ELYLLVQSHS PLRVDRLGPG YHGVQMRNL DPFLARLDKG SRVRYRIVAS PTKRLGRSEN NTQRLGLKEP PKKPREYTWA LRGAAAEEWW HSRAAANGLE L LSTYAQTL DDVRDPGTAD RSRKIRHPAV RFDGEAVISD VDAVRHAVLN GIGRGKSYGC GLLSLALIEE GEHG

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cse3 family

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分子 #2: Cse2

分子名称: Cse2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca YX (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 27.446613 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNSDYILQHA DALVKRVSKL IVNEPAARAA LRRGVGLAPE DPRMLAAHRV VAPYVPVPTD YDVDRRRAAS LWDVHAVERA FYAVAAIMA AQPRSARDQE AEATEEQTGE PQDSEALTEP TPAEESSATK DGKPDRRPNL GVSLAQAVFD KGLNADSTEQ R LHLIARQN ...文字列:
MNSDYILQHA DALVKRVSKL IVNEPAARAA LRRGVGLAPE DPRMLAAHRV VAPYVPVPTD YDVDRRRAAS LWDVHAVERA FYAVAAIMA AQPRSARDQE AEATEEQTGE PQDSEALTEP TPAEESSATK DGKPDRRPNL GVSLAQAVFD KGLNADSTEQ R LHLIARQN LDGVHRHLPR LVLYLRSDQV HIDWGILIRD LARWGHTPRH VAREWVQDYH RTLETLTRQA EQKNKNNTTD EE AEAA

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cse2 family

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分子 #3: CRISPR-associated protein, Cse1 family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cse1 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca YX (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 61.433297 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLSVALCFLV GGAIPSPPSF DVTIAPWLIA RSRDVLAAPE MLGLRDVLIR SHELSDVEIP LPPGAAVLWR ILALITARIT GLDQPPNKN PKRKWQARRS QILSKGRLDP EAVDAYFADY SERFDLFHPE RPWLQDPRLR EECPKTSGVN KLAWGRTAGE N QVWLGGHH ...文字列:
MLSVALCFLV GGAIPSPPSF DVTIAPWLIA RSRDVLAAPE MLGLRDVLIR SHELSDVEIP LPPGAAVLWR ILALITARIT GLDQPPNKN PKRKWQARRS QILSKGRLDP EAVDAYFADY SERFDLFHPE RPWLQDPRLR EECPKTSGVN KLAWGRTAGE N QVWLGGHH HDLDPHPLDS AEAVWHLLAT LGYGPSGMCT ARVVRGRSER NVTAGPLRGT VSYHPLGRTL FESLILNIPY PG TGAADLA FWEQPELNDP LGLPEESAGL AGILRLDHFR HAVLLHPSPD GSHVVDAWVT WAWRERNISP ELDPYLIYQT SKE GRVYPR PAEAERAIWR DLDALLHYGE DGNYRPTILD NCTPLAQVPQ EVLDSLRLRA FGFDQDGQAR DKQWFTATTP AVLR WLADR ETDDNENARI VRRITLARKA AEALGRRLEK ACKEAWKESN SPSSTSSGTN AKTETGVGPW VQHGMSRYWA KAEPV FWNI VYDRPAQGYT PGMAGPGNAF NLVALAAYDE VTGPYCERPR VAKVVERHRS TLFSNWTPKQ DKEAA

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cse1 family

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分子 #4: CRISPR-associated protein, Cse4 family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cse4 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca YX (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 41.043043 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTFVDIHAIQ TLPYSNINRD DLGSPKTVVY GGKERTRVSS QSWKRAVRHE VEARLGDKAV RTRRIISEIA KRLRERGWDA DLADAGARQ VVLSVGKKSG IKLEKEKDSE APATSVLFYL PVPAIDELAA IADEHRDAVA KEAAKKTPKG ILPADRITEV L KSRNVSVN ...文字列:
MTFVDIHAIQ TLPYSNINRD DLGSPKTVVY GGKERTRVSS QSWKRAVRHE VEARLGDKAV RTRRIISEIA KRLRERGWDA DLADAGARQ VVLSVGKKSG IKLEKEKDSE APATSVLFYL PVPAIDELAA IADEHRDAVA KEAAKKTPKG ILPADRITEV L KSRNVSVN LFGRMLAELP STEVDGAVQF AHAFTVHGTT VEVDFFTAVD DIPKENDHGS GHMNAGQFSA GTFYRYANVN LD RLVENTG DAQTARTAVA EFLRAFLSTV PSGKQNATAA MTLPDLVHIA VRFDRPISFA PAFETALYGS DGYTLRACQE LNN YAERLR EVWPDDAIRG YATVENKTDL AALGERYDSY PALIDAMVAA AFEGERE

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cse4 family

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分子 #7: CRISPR-associated protein, Cas5e family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cas5e family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca YX (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 28.27926 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSGFLLRLAG PMQSWGEHSM FGERDTLPYP SRSGLIGMFA AAQGVRRGDP LDRYKELKFT VRVDRPGVRL VDFHTIGGGL PKERTVPTA AGERRDPKKA TIVTSRSYLA DAVFTVAVTG PEADTIADAL AAPYWQPYLG RRAFVPDPLL VLRRRVADPV R ELVEAVPL ...文字列:
MSGFLLRLAG PMQSWGEHSM FGERDTLPYP SRSGLIGMFA AAQGVRRGDP LDRYKELKFT VRVDRPGVRL VDFHTIGGGL PKERTVPTA AGERRDPKKA TIVTSRSYLA DAVFTVAVTG PEADTIADAL AAPYWQPYLG RRAFVPDPLL VLRRRVADPV R ELVEAVPL PHRRVEEDAA TVLVDLIYEE GEYPDTRTLT VLNDVPLSFD SKSRRYSTRQ IRVVPTEVPA TLVAGPGRDY QN KLFTYVK QCAEEAA

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cas5e family

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分子 #5: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca YX (バクテリア)
分子量理論値: 19.790793 KDa
配列文字列:
AUGGACCGCC AGUGAUAAGU GGAAUGCCAU GUGGGCUGUC GUGAGCCCCA CGCACGUGGG G

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分子 #6: Target Strand

分子名称: Target Strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca YX (バクテリア)
分子量理論値: 6.381106 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG) (DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC) (DG)

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分子 #8: Nontarget Strand

分子名称: Nontarget Strand / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca YX (バクテリア)
分子量理論値: 3.9866 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Hepes, 150 mM NaCl, 5 mM DTT, pH 7.5
グリッドモデル: 400 mesh Quantifoil holey carbon grid / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 105.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 1305 / 平均電子線量: 8.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 582497
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SAMUEL
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 70222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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