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- EMDB-8465: 3D cryo-EM reconstruction of MsbA-nanodisc with ADP -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 8465
タイトル3D cryo-EM reconstruction of MsbA-nanodisc with ADP
マップデータ3D cryo-EM density map of MsbA-nanodisc with ADP
試料MsbA reconstituted in lipid nanodiscs:
MsbA
機能・相同性ABC transporter, conserved site / ABC輸送体 / Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ABC transporters family signature. / ABC transporter-like / AAA+ ATPase domain / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter, lipid A export, MsbA ...ABC transporter, conserved site / ABC輸送体 / Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ABC transporters family signature. / ABC transporter-like / AAA+ ATPase domain / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter, lipid A export, MsbA / ABC transporter transmembrane region / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / Type I protein exporter / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / lipid-transporting ATPase activity / integral component of membrane / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
機能・相同性情報
由来Escherichia coli (大腸菌)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 6.9Å分解能
データ登録者Mi W / Walz T / Liao M
引用ジャーナル: Nature / : 2017
タイトル: Structural basis of MsbA-mediated lipopolysaccharide transport.
著者: Wei Mi / Yanyan Li / Sung Hwan Yoon / Robert K Ernst / Thomas Walz / Maofu Liao
日付登録: 2016年11月1日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2016年11月23日 / マップ公開: 2017年9月20日 / 最新の更新: 2017年9月27日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_8465.map.gz (map file in CCP4 format, 28312 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
192 pix
1.23 Å/pix.
= 236.16 Å
192 pix
1.23 Å/pix.
= 236.16 Å
192 pix
1.23 Å/pix.
= 236.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度
表面のレベル:0.02 (by author), 0.02 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.05655344 - 0.11676946
平均 (標準偏差)-0.0000038722283 (0.0059771766)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions192192192
Origin-96.0-96.0-96.0
Limit95.095.095.0
Spacing192192192
セルA=B=C: 236.16 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z236.160236.160236.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0570.117-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 MsbA reconstituted in lipid nanodiscs

全体名称: MsbA reconstituted in lipid nanodiscs / 構成要素数: 2

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構成要素 #1: タンパク質, MsbA reconstituted in lipid nanodiscs

タンパク質名称: MsbA reconstituted in lipid nanodiscs / 組換発現: No
由来生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
ベクター: pET-19b

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構成要素 #2: タンパク質, MsbA

タンパク質名称: MsbA / 組換発現: No
由来生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 47 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 27397
3次元再構成分解能: 6.9 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線
(分解能の算定)

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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