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万見
- EMDB-8416: Time-resolved cryo electron microscopy map of the EF-G-, RRF-, an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8416
タイトルTime-resolved cryo electron microscopy map of the EF-G-, RRF-, and tRNA-bound 50S subunit
マップデータRRF, EF-G and tRNA bound 50S subunit
試料
  • 複合体: RRF, EF-G-, and tRNA-bound 50S subunit
    • 複合体: RRF
    • 複合体: tRNA転移RNA
    • 複合体: EF-G
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Fu Z / Kaledhonkar S / Borg A / Sun M / Chen B / Grassucci RA / Ehrenberg M / Frank J
資金援助 米国, スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM55440 米国
Swedish Research Council2015-04682 スウェーデン
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
the Knut and Alice Wallenberg Foundation, RiboCOREKAW 2009.0251 スウェーデン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Key Intermediates in Ribosome Recycling Visualized by Time-Resolved Cryoelectron Microscopy.
著者: Ziao Fu / Sandip Kaledhonkar / Anneli Borg / Ming Sun / Bo Chen / Robert A Grassucci / Måns Ehrenberg / Joachim Frank /
要旨: Upon encountering a stop codon on mRNA, polypeptide synthesis on the ribosome is terminated by release factors, and the ribosome complex, still bound with mRNA and P-site-bound tRNA (post-termination ...Upon encountering a stop codon on mRNA, polypeptide synthesis on the ribosome is terminated by release factors, and the ribosome complex, still bound with mRNA and P-site-bound tRNA (post-termination complex, PostTC), is split into ribosomal subunits, ready for a new round of translational initiation. Separation of post-termination ribosomes into subunits, or "ribosome recycling," is promoted by the joint action of ribosome-recycling factor (RRF) and elongation factor G (EF-G) in a guanosine triphosphate (GTP) hydrolysis-dependent manner. Here we used a mixing-spraying-based method of time-resolved cryo-electron microscopy (cryo-EM) to visualize the short-lived intermediates of the recycling process. The two complexes that contain (1) both RRF and EF-G bound to the PostTC or (2) deacylated tRNA bound to the 30S subunit are of particular interest. Our observations of the native form of these complexes demonstrate the strong potential of time-resolved cryo-EM for visualizing previously unobservable transient structures.
履歴
登録2016年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月19日-
マップ公開2016年11月23日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8416.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RRF, EF-G and tRNA bound 50S subunit
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 384 pix.
= 480. Å		1.25 Å/pix.
x 384 pix.
= 480. Å		1.25 Å/pix.
x 384 pix.
= 480. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.013801683 - 0.07032007
平均 (標準偏差)-0.0000723465 (±0.0063684457)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 480.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.251.251.25
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z480.000480.000480.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-163-114-126
NX/NY/NZ210124170
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0140.070-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RRF, EF-G-, and tRNA-bound 50S subunit

全体名称: RRF, EF-G-, and tRNA-bound 50S subunit
要素
  • 複合体: RRF, EF-G-, and tRNA-bound 50S subunit
    • 複合体: RRF
    • 複合体: tRNA転移RNA
    • 複合体: EF-G

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超分子 #1: RRF, EF-G-, and tRNA-bound 50S subunit

超分子名称: RRF, EF-G-, and tRNA-bound 50S subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: RRF

超分子名称: RRF / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: His-tagged RRF purified by nickel affinity chromatography.
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: tRNA

超分子名称: tRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #4: EF-G

超分子名称: EF-G / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 詳細: EF-G purified by nickel affinity chromatography
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 31000
特殊光学系球面収差補正装置: None / 色収差補正装置: None / エネルギーフィルター - 名称: None
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.01 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8059

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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