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- EMDB-8240: EBOV GP in complex with IgG c2G4 and c13C6 Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8240
タイトルEBOV GP in complex with IgG c2G4 and c13C6 Fabs
マップデータEBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6
試料
  • 複合体: Ebola virus trimeric surface glycoprotein in complex with IgG c2G4 and c13C6 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Ebola surface glycoprotein, GP1
    • タンパク質・ペプチド: Ebola surface glycoprotein, GP2
    • タンパク質・ペプチド: c2G4 variable Fab domain heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: c2G4 variable Fab domain light chain
    • タンパク質・ペプチド: c13C6 variable Fab domain heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: c13C6 variable Fab domain light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Pallesen J / Murin CD / de Val N / Cottrell CA / Hastie KM / Turner HL / Fusco ML / Flyak AI / Zeitlin L / Crowe Jr JE ...Pallesen J / Murin CD / de Val N / Cottrell CA / Hastie KM / Turner HL / Fusco ML / Flyak AI / Zeitlin L / Crowe Jr JE / Andersen KG / Saphire EO / Ward AB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI067927 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI1097 11 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109762 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Structures of Ebola virus GP and sGP in complex with therapeutic antibodies.
著者: Jesper Pallesen / Charles D Murin / Natalia de Val / Christopher A Cottrell / Kathryn M Hastie / Hannah L Turner / Marnie L Fusco / Andrew I Flyak / Larry Zeitlin / James E Crowe / Kristian G ...著者: Jesper Pallesen / Charles D Murin / Natalia de Val / Christopher A Cottrell / Kathryn M Hastie / Hannah L Turner / Marnie L Fusco / Andrew I Flyak / Larry Zeitlin / James E Crowe / Kristian G Andersen / Erica Ollmann Saphire / Andrew B Ward /
要旨: The Ebola virus (EBOV) GP gene encodes two glycoproteins. The major product is a soluble, dimeric glycoprotein (sGP) that is secreted abundantly. Despite the abundance of sGP during infection, little ...The Ebola virus (EBOV) GP gene encodes two glycoproteins. The major product is a soluble, dimeric glycoprotein (sGP) that is secreted abundantly. Despite the abundance of sGP during infection, little is known regarding its structure or functional role. A minor product, resulting from transcriptional editing, is the transmembrane-anchored, trimeric viral surface glycoprotein (GP). GP mediates attachment to and entry into host cells, and is the intended target of antibody therapeutics. Because large portions of sequence are shared between GP and sGP, it has been hypothesized that sGP may potentially subvert the immune response or may contribute to pathogenicity. In this study, we present cryo-electron microscopy structures of GP and sGP in complex with GP-specific and GP/sGP cross-reactive antibodies undergoing human clinical trials. The structure of the sGP dimer presented here, in complex with both an sGP-specific antibody and a GP/sGP cross-reactive antibody, permits us to unambiguously assign the oligomeric arrangement of sGP and compare its structure and epitope presentation to those of GP. We also provide biophysical evaluation of naturally occurring GP/sGP mutations that fall within the footprints identified by our high-resolution structures. Taken together, our data provide a detailed and more complete picture of the accessible Ebolavirus glycoprotein landscape and a structural basis to evaluate patient and vaccine antibody responses towards differently structured products of the GP gene.
履歴
登録2016年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月7日-
マップ公開2016年9月7日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5kel
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8240.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8240.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 55.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.044981815 - 0.102471
平均 (標準偏差)0.0000281551 (±0.0038259183)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ244244244
Spacing244244244
セルA=B=C: 319.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z244244244
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z319.640319.640319.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-51-35-11
NX/NY/NZ11110799
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS244244244
D min/max/mean-0.0450.1020.000

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添付データ

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追加マップ: EBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6

ファイルemd_8240_additional_1.map
注釈EBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: EBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6

ファイルemd_8240_additional_2.map
注釈EBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: EBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6

ファイルemd_8240_additional_3.map
注釈EBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ebola virus trimeric surface glycoprotein in complex with IgG c2G...

全体名称: Ebola virus trimeric surface glycoprotein in complex with IgG c2G4 and c13C6 Fabs
要素
  • 複合体: Ebola virus trimeric surface glycoprotein in complex with IgG c2G4 and c13C6 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Ebola surface glycoprotein, GP1
    • タンパク質・ペプチド: Ebola surface glycoprotein, GP2
    • タンパク質・ペプチド: c2G4 variable Fab domain heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: c2G4 variable Fab domain light chain
    • タンパク質・ペプチド: c13C6 variable Fab domain heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: c13C6 variable Fab domain light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ebola virus trimeric surface glycoprotein in complex with IgG c2G...

超分子名称: Ebola virus trimeric surface glycoprotein in complex with IgG c2G4 and c13C6 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / 株: Mayinga-76
分子量実験値: 540 KDa

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分子 #1: Ebola surface glycoprotein, GP1

分子名称: Ebola surface glycoprotein, GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76
分子量理論値: 50.974031 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: IPLGVIHNST LQVSDVDKLV CRDKLSSTNQ LRSVGLNLEG NGVATDVPSA TKRWGFRSGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLE IKKPDGSEC LPAAPDGIRG FPRCRYVHKV SGTGPCAGDF AFHKEGAFFL YDRLASTVIY RGTTFAEGVV AFLILPQAKK D FFSSHPLR ...文字列:
IPLGVIHNST LQVSDVDKLV CRDKLSSTNQ LRSVGLNLEG NGVATDVPSA TKRWGFRSGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLE IKKPDGSEC LPAAPDGIRG FPRCRYVHKV SGTGPCAGDF AFHKEGAFFL YDRLASTVIY RGTTFAEGVV AFLILPQAKK D FFSSHPLR EPVNATEDPS SGYYSTTIRY QATGFGTNET EYLFEVDNLT YVQLESRFTP QFLLQLNETI YTSGKRSNTT GK LIWKVNP EIDTTIGEWA FWETKKNLTR KIRSEELSFT VVSNGAKNIS GQSPARTSSD PGTNTTTEDH KIMASENSSA MVQ VHSQGR EAAVSHLTTL ATISTSPQSL TTKPGPDNST HNTPVYKLDI SEATQVEQHH RRTDNDSTAS DTPSATTAAG PPKA ENTNT SKSTDFLDPA TTTSPQNHSE TAGNNNTHHQ DTGEESASSG KLGLITNTIA GVAGLITGGR RTRR

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分子 #2: Ebola surface glycoprotein, GP2

分子名称: Ebola surface glycoprotein, GP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / 株: Mayinga-76
分子量理論値: 16.137119 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列:
EAIVNAQPKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYTEGLMHNQ DGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF VDKTLPDLEV DDDD

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分子 #3: c2G4 variable Fab domain heavy chain

分子名称: c2G4 variable Fab domain heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.573105 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
配列文字列:
EVQLQESGGG LMQPGGSMKL SCVASGFTFS NYWMNWVRQS PEKGLEWVAE IRLKSNNYAT HYAESVKGRF TISRDDSKRS VYLQMNTLR AEDTGIYYCT RGNGNYRAMD YWGQGTSVTV S

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分子 #4: c2G4 variable Fab domain light chain

分子名称: c2G4 variable Fab domain light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.641884 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
配列文字列:
DIQMTQSPAS LSVSVGETVS ITCRASENIY SSLAWYQQKQ GKSPQLLVYS ATILADGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDFGTYYCQ HFWGTPYTFG GGTKLEIK

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分子 #5: c13C6 variable Fab domain heavy chain

分子名称: c13C6 variable Fab domain heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.169679 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
配列文字列:
DVKLLESGGG LVQPGGSLKL SCAASGFSLS TSGVGVGWFR QPSGKGLEWL ALIWWDDDKY YNPSLKSQLS ISKDFSRNQV FLKISNVDI ADTATYYCAR RDPFGYDNAM GYWGQGTSVT VS

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分子 #6: c13C6 variable Fab domain light chain

分子名称: c13C6 variable Fab domain light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.611877 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
配列文字列:
DIVMTQSPLS LSTSVGDRVS LTCKASQNVG TAVAWYQQKP GQSPKLLIYS ASNRYTGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNMQS EDLADYFCQ QYSSYPLTFG AGTKLELR

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: 1xTBS
グリッドモデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.0093 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2526 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3csy


詳細: Only GP1/GP2 residues were included in initial model generation.
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4b1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4b1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 0.9375 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4b1)
最終 再構成使用したクラス数: 6 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4b1) / 使用した粒子像数: 86000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Model building and refinement were conducted using a combination of software programs. The refinement target was optimizing using the MolProbity score while maintaining a high (good) EMRinger score.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: EMRinger
得られたモデル

PDB-5kel:
EBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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