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- EMDB-8168: BF520.1 Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8168
タイトルBF520.1 Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer
マップデータBF520.1 Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer
試料
  • 複合体: BF520.1 Fab complexed with BG505.C2 T332N SOSIP.664 trimer
    • 複合体: BF520.1 Fab
    • 複合体: BG505.C2 T332N SOSIP.664 trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.9 Å
データ登録者Williams JA / Lee KK
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: HIV-1 Neutralizing Antibodies with Limited Hypermutation from an Infant.
著者: Cassandra A Simonich / Katherine L Williams / Hans P Verkerke / James A Williams / Ruth Nduati / Kelly K Lee / Julie Overbaugh /
要旨: HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bnAbs) develop in a subset of infected adults and exhibit high levels of somatic hypermutation (SHM) due to years of affinity maturation. There is no precedent ...HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bnAbs) develop in a subset of infected adults and exhibit high levels of somatic hypermutation (SHM) due to years of affinity maturation. There is no precedent for eliciting highly mutated antibodies by vaccination, nor is it practical to wait years for a desired response. Infants develop broad responses early, which may suggest a more direct path to generating bnAbs. Here, we isolated ten neutralizing antibodies (nAbs) contributing to plasma breadth of an infant at ∼1 year post-infection, including one with cross-clade breadth. The nAbs bind to envelope trimer from the transmitted virus, suggesting that this interaction may have initiated development of the infant nAbs. The infant cross-clade bnAb targets the N332 supersite on envelope but, unlike adult bnAbs targeting this site, lacks indels and has low SHM. The identification of this infant bnAb illustrates that HIV-1-specific neutralization breadth can develop without prolonged affinity maturation and extensive SHM.
履歴
登録2016年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月13日-
マップ公開2016年7月13日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8168.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8168.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BF520.1 Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.14 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.56 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-10.246309 - 5.69479
平均 (標準偏差)0.01362123 (±0.3383385)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-42-42-42
サイズ848484
Spacing848484
セルA=B=C: 347.75998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.144.144.14
M x/y/z848484
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z347.760347.760347.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-42-42-42
NC/NR/NS848484
D min/max/mean-10.2465.6950.014

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添付データ

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ハーフマップ: BF520.1 Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664...

ファイルemd_8168_half_map_1.map
注釈BF520.1 Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: BF520.1 Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664...

ファイルemd_8168_half_map_2.map
注釈BF520.1 Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BF520.1 Fab complexed with BG505.C2 T332N SOSIP.664 trimer

全体名称: BF520.1 Fab complexed with BG505.C2 T332N SOSIP.664 trimer
要素
  • 複合体: BF520.1 Fab complexed with BG505.C2 T332N SOSIP.664 trimer
    • 複合体: BF520.1 Fab
    • 複合体: BG505.C2 T332N SOSIP.664 trimer

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超分子 #1: BF520.1 Fab complexed with BG505.C2 T332N SOSIP.664 trimer

超分子名称: BF520.1 Fab complexed with BG505.C2 T332N SOSIP.664 trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: BF520.1 Fab

超分子名称: BF520.1 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: Fab domains generated by papain digestion of BF520.1 IgG
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: BG505.C2 T332N SOSIP.664 trimer

超分子名称: BG505.C2 T332N SOSIP.664 trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BG505.C2 T332N
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F / 組換プラスミド: pPPI4

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.020 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: methylamine tungstate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 24.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.1)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5aco


詳細: PDB entry 5ACO was filtered to 60 Angstrom resolution and used as an initial model.
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 18325
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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