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- EMDB-8009: Combined Body and arm regions of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8009
タイトルCombined Body and arm regions of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP by masked classification and refinement-Class 2
マップデータCombined body and arm regions of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP from masked classification and refinement-class2
試料
  • 複合体: tri-snRNP complex with 30 proteins and 3 snRNA
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 27種
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Nguyen THD / Galej WP / Bai X-C / Oubridge C / Newman AJ / Scheres SHW / Nagai K
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution.
著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-Chen Bai / Chris Oubridge / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai /
要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led ...U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led to an essentially complete atomic model comprising 30 proteins plus U4/U6 and U5 small nuclear RNAs (snRNAs). The structure reveals striking interweaving interactions of the protein and RNA components, including extended polypeptides penetrating into subunit interfaces. The invariant ACAGAGA sequence of U6 snRNA, which base-pairs with the 5'-splice site during catalytic activation, forms a hairpin stabilized by Dib1 and Prp8 while the adjacent nucleotides interact with the exon binding loop 1 of U5 snRNA. Snu114 harbours GTP, but its putative catalytic histidine is held away from the γ-phosphate by hydrogen bonding to a tyrosine in the amino-terminal domain of Prp8. Mutation of this histidine to alanine has no detectable effect on yeast growth. The structure provides important new insights into the spliceosome activation process leading to the formation of the catalytic centre.
履歴
登録2015年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月20日-
マップ公開2016年3月30日-
更新2017年8月30日-
現状2017年8月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8009.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Combined body and arm regions of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP from masked classification and refinement-class2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.43 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.057787698 - 0.15609612
平均 (標準偏差)-0.000005312296 (±0.0044922824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 543.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.431.431.43
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z543.400543.400543.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-190
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.0580.156-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : tri-snRNP complex with 30 proteins and 3 snRNA

全体名称: tri-snRNP complex with 30 proteins and 3 snRNA
要素
  • 複合体: tri-snRNP complex with 30 proteins and 3 snRNA
    • RNA: U4 snRNA
    • RNA: U6 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Prp8
    • タンパク質・ペプチド: Prp4
    • タンパク質・ペプチド: Prp6
    • タンパク質・ペプチド: Dib1
    • タンパク質・ペプチド: Prp31
    • タンパク質・ペプチド: Prp3
    • タンパク質・ペプチド: Brr2
    • タンパク質・ペプチド: unknown proteins
    • タンパク質・ペプチド: SmB
    • タンパク質・ペプチド: U4 SmD1
    • タンパク質・ペプチド: SmD2
    • タンパク質・ペプチド: SmD3
    • タンパク質・ペプチド: SmE
    • タンパク質・ペプチド: SmF
    • タンパク質・ペプチド: SmG
    • タンパク質・ペプチド: Snu66
    • タンパク質・ペプチド: U5 SmE
    • タンパク質・ペプチド: U5 SmD1
    • RNA: U5 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Snu13NHP2L1
    • タンパク質・ペプチド: LSm2
    • タンパク質・ペプチド: LSm3
    • タンパク質・ペプチド: LSm4
    • タンパク質・ペプチド: LSm5
    • タンパク質・ペプチド: LSm6
    • タンパク質・ペプチド: LSm7
    • タンパク質・ペプチド: LSm8
    • タンパク質・ペプチド: Snu114

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超分子 #1: tri-snRNP complex with 30 proteins and 3 snRNA

超分子名称: tri-snRNP complex with 30 proteins and 3 snRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#30
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.5 MDa

+
分子 #1: U4 snRNA

分子名称: U4 snRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.813488 KDa
配列文字列:
AUCCUUAUGC ACGGGAAAU A CGCAUAUC AG UGAGGAU UCG UCCGAG AUUG UGUUU UUGCU GGUU GAAAUU UAA UUAUAAA CC AGACCGUC U CCUCAUGGU CAAUUCGGUG UUCGCUUUU G AAUACUUC AA GACUAUG UAG GGAAUU UUUG GAAUA CCUUU

+
分子 #2: U6 snRNA

分子名称: U6 snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.635123 KDa
配列文字列:
GUUCGCGAAG UAACCCUUC G UGGACAUU UG GUCAAUU UGA AACAAU ACAG AGAUG AUCAG CAGU UCCCCU GCA UAAGGAU GA ACCGUUUU A CAAAGAGAU UUAUUUCGUU UU

+
分子 #21: U5 snRNA

分子名称: U5 snRNA / タイプ: rna / ID: 21 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 45.305805 KDa
配列文字列: AAGCAGCUUU ACAGAUCAA U GGCGGAGG GA GGUCAAC AUC AAGAAC UGUG GGCCU UUUAU UGCC UAUAGA ACU UAUAACG AA CAUGGUUC U UGCCUUUUA CCAGAACCAU CCGGGUGUU G UCUCCAUA GA AACAGGU AAA GCUGUC CGUU ACUGU ...文字列:
AAGCAGCUUU ACAGAUCAA U GGCGGAGG GA GGUCAAC AUC AAGAAC UGUG GGCCU UUUAU UGCC UAUAGA ACU UAUAACG AA CAUGGUUC U UGCCUUUUA CCAGAACCAU CCGGGUGUU G UCUCCAUA GA AACAGGU AAA GCUGUC CGUU ACUGU GGGCU UGCC AUAUUU UUU GGAACUU UU CUGCCCUU U UUCUCAAUG AGUAAGGAGG GCGU

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分子 #3: Prp8

分子名称: Prp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 255.921422 KDa
配列文字列: MSGLPPPPPG FEEDSDLAL P PPPPPPPG YE IEELDNP MVP SSVNED TFLP PPPPP PSNFE INAE EIVDFT LPP PPPPPGL DE LETKAEKK V ELHGKRKLD IGKDTFVTRK SRKRAKKMT K KAKRSNLY TP KAEMPPE HLR KIINTH SDMA SKMYN ...文字列:
MSGLPPPPPG FEEDSDLAL P PPPPPPPG YE IEELDNP MVP SSVNED TFLP PPPPP PSNFE INAE EIVDFT LPP PPPPPGL DE LETKAEKK V ELHGKRKLD IGKDTFVTRK SRKRAKKMT K KAKRSNLY TP KAEMPPE HLR KIINTH SDMA SKMYN TDKKA FLGA LKYLPH AIL KLLENMP HP WEQAKEVK V LYHTSGAIT FVNETPRVIE PVYTAQWSA T WIAMRREK RD RTHFKRM RFP PFDDDE PPLS YEQHI ENIEP LDPI NLPLDS QDD EYVKDWL YD SRPLEEDS K KVNGTSYKK WSFDLPEMSN LYRLSTPLR D EVTDKNYY YL FDKKSFF NGK ALNNAI PGGP KFEPL YPREE EEDY NEFNSI DRV IFRVPIR SE YKVAFPHL Y NSRPRSVRI PWYNNPVSCI IQNDEEYDT P ALFFDPSL NP IPHFIDN NSS LNVSNT KENG DFTLP EDFAP LLAE EEELIL PNT KDAMSLY HS PFPFNRTK G KMVRAQDVA LAKKWFLQHP DEEYPVKVK V SYQKLLKN YV LNELHPT LPT NHNKTK LLKS LKNTK YFQQT TIDW VEAGLQ LCR QGHNMLN LL IHRKGLTY L HLDYNFNLK PTKTLTTKER KKSRLGNSF H LMRELLKM MK LIVDTHV QFR LGNVDA FQLA DGIHY ILNHI GQLT GIYRYK YKV MHQIRAC KD LKHIIYYK F NKNLGKGPG CGFWQPAWRV WLNFLRGTI P LLERYIGN LI TRQFEGR SNE IVKTTT KQRL DAYYD LELRN SVMD DILEMM PES IRQKKAR TI LQHLSEAW R CWKANIPWD VPGMPAPIKK IIERYIKSK A DAWVSAAH YN RERIKRG AHV EKTMVK KNLG RLTRL WIKNE QERQ RQIQKN GPE ITPEEAT TI FSVMVEWL E SRSFSPIPF PPLTYKNDTK ILVLALEDL K DVYASKVR LN ASEREEL ALI EEAYDN PHDT LNRIK KYLLT QRVF KPVDIT MME NYQNISP VY SVDPLEKI T DAYLDQYLW YEADQRKLFP NWIKPSDSE I PPLLVYKW TQ GINNLSE IWD VSRGQS AVLL ETTLG EMAEK IDFT LLNRLL RLI VDPNIAD YI TAKNNVVI N FKDMSHVNK YGLIRGLKFA SFIFQYYGL V IDLLLLGQ ER ATDLAGP ANN PNEFMQ FKSK EVEKA HPIRL YTRY LDRIYM LFH FEEDEGE EL TDEYLAEN P DPNFENSIG YNNRKCWPKD SRMRLIRQD V NLGRAVFW EI QSRVPTS LTS IKWENA FVSV YSKNN PNLLF SMCG FEVRIL PRQ RMEEVVS ND EGVWDLVD E RTKQRTAKA YLKVSEEEIK KFDSRIRGI L MASGSTTF TK VAAKWNT SLI SLFTYF REAI VATEP LLDIL VKGE TRIQNR VKL GLNSKMP TR FPPAVFYT P KELGGLGMI SASHILIPAS DLSWSKQTD T GITHFRAG MT HEDEKLI PTI FRYITT WENE FLDSQ RVWAE YATK RQEAIQ QNR RLAFEEL EG SWDRGIPR I STLFQRDRH TLAYDRGHRI RREFKQYSL E RNSPFWWT NS HHDGKLW NLN AYRTDV IQAL GGIET ILEHT LFKG TGFNSW EGL FWEKASG FE DSMQFKKL T HAQRTGLSQ IPNRRFTLWW SPTINRANV Y VGFLVQLD LT GIFLHGK IPT LKISLI QIFR AHLWQ KIHES IVFD ICQILD GEL DVLQIES VT KETVHPRK S YKMNSSAAD ITMESVHEWE VSKPSLLHE T NDSFKGLI TN KMWFDVQ LRY GDYDSH DISR YVRAK FLDYT TDNV SMYPSP TGV MIGIDLA YN MYDAYGNW F NGLKPLIQN SMRTIMKANP ALYVLRERI R KGLQIYQS SV QEPFLNS SNY AELFNN DIKL FVDDT NVYRV TVHK TFEGNV ATK AINGCIF TL NPKTGHLF L KIIHTSVWA GQKRLSQLAK WKTAEEVSA L VRSLPKEE QP KQIIVTR KAM LDPLEV HMLD FPNIA IRPTE LRLP FSAAMS IDK LSDVVMK AT EPQMVLFN I YDDWLDRIS SYTAFSRLTL LLRALKTNE E SAKMILLS DP TITIKSY HLW PSFTDE QWIT IESQM RDLIL TEYG RKYNVN ISA LTQTEIK DI ILGQNIKA P SVKRQKMAE LEAARSEKQN DEEAAGAST V MKTKTINA QG EEIVVVA SAD YESQTF SSKN EWRKS AIANT LLYL RLKNIY VSA DDFVEEQ NV YVLPKNLL K KFIEISDVK IQVAAFIYGM SAKDHPKVK E IKTVVLVP QL GHVGSVQ ISN IPDIGD LPDT EGLEL LGWIH TQTE ELKFMA ASE VATHSKL FA DKKRDCID I SIFSTPGSV SLSAYNLTDE GYQWGEENK D IMNVLSEG FE PTFSTHA QLL LSDRIT GNFI IPSGN VWNYT FMGT AFNQEG DYN FKYGIPL EF YNEMHRPV H FLQFSELAG DEELEAEQID VFS

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分子 #4: Prp4

分子名称: Prp4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.953031 KDa
配列文字列: MSKYIALENL PVDLQHKGA T QNESTADI LK QLPHERL QAV LEKIPE EDLE VRRLL SILKK PEVV ENEDVQ QRR IRLAEIL MV DEIDLENI N NMENINGEE VDEEDDEDFF TPATSELIF A RRFLINYS LE RSRKRLQ KEM ERHQKF NTRQ ELLSR ...文字列:
MSKYIALENL PVDLQHKGA T QNESTADI LK QLPHERL QAV LEKIPE EDLE VRRLL SILKK PEVV ENEDVQ QRR IRLAEIL MV DEIDLENI N NMENINGEE VDEEDDEDFF TPATSELIF A RRFLINYS LE RSRKRLQ KEM ERHQKF NTRQ ELLSR RTELQ RMAN LELAGS QLV STKPISA VS LSTDDMVV A TGSWAGDLQ VLNSQTLQPL TQKLDSHVG K IGAIDWHP DS NNQMISC AED GLIKNF QYSN EEGGL RLLGD LVGH ERRISD VKY HPSGKFI GS ASHDMTWR L WDASTHQEL LLQEGHDKGV FSLSFQCDG S LVCSGGMD SL SMLWDIR SGS KVMTLA GHSK PIYTV AWSPN GYQV ATGGGD GII NVWDIRK RD EGQLNQIL A HRNIVTQVR FSKEDGGKKL VSCGYDNLI N VYSSDTWL KM GSLAGHT DKI ISLDIS NNSH FLVSG GWDRS IKLW N

+
分子 #5: Prp6

分子名称: Prp6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 84.644094 KDa
配列文字列: MERPSFLDQE PPAGYVPGI G RGATGFST KE KQVVSND DKG RRIPKR YREN LNNHL QSQPK DDED DEAANV FKT LELKLAQ KK KKRANEKD D DNSVDSSNV KRQFADLKES LAAVTESEW M DIPDATDF TR RNKRNRI QEQ LNRKTY AAPD SLIPG ...文字列:
MERPSFLDQE PPAGYVPGI G RGATGFST KE KQVVSND DKG RRIPKR YREN LNNHL QSQPK DDED DEAANV FKT LELKLAQ KK KKRANEKD D DNSVDSSNV KRQFADLKES LAAVTESEW M DIPDATDF TR RNKRNRI QEQ LNRKTY AAPD SLIPG NVDLN KLTE EREKLL QSQ IDENLAQ LT KNASNPIQ V NKPNAATDA LSYLKDLEND RVNSLSDAT L EDLQKMRT IL KSYRKAD PTN PQGWIA SARL EEKAR KFSVA KKII ENGCQE CPR SSDIWLE NI RLHESDVH Y CKTLVATAI NFNPTSPLLW FKAIDLEST T VNKYRVVR KA LQEIPRD EGL WKLAVS FEAD KAQVI KMLEK ATQF IPQSMD LLT AYTNLQS YH NAKMTLNS F RKILPQEPE IWIISTLLEE RNNPDIPVD K LVSLLKEG LL ELSKNGY KAT LSAWLK RAEA LNDAP NSNLT CQAI VYAILE WLR ESGEYES EL NNVDQILE K MPHSKVQIA VLKKLIQWDP CDTVLWSRL K MATESYHK IE ELLAFFQ ELL FQTKNS DDIR ANMRE KSPGL LMMY VSEYWK AQK GDTRQTL VL IDQIIDFA P HNLDLRFFK IKLLGRSLQL DELRDFFQQ T FSSLEDFK IS GTERLYY KYV NFLRYQ DLNE EAIKF LNERC LKSF PICHKF FLQ LGQIYHS MG NIEMSRET Y LSGTRLVPN CPLLWVSLSK IDEIDLKNP V RARSILDR GL LKNPDDV LFY IAKIQM EIRL GNLDQ AELLV TQAL QKFPSN ALL WVEQIKL FK HGNKSSLK K TIFQDALRR TQNDHRVLLE IGVSFYAEA Q YETSLKWL ER ALKKCSR YGD TWVWLF RTYA RLGKD TVDLY NMFD QCEPTY GPE WIAASKN VK MQYCTPRE I LLRLMNDK

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分子 #6: Dib1

分子名称: Dib1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 16.480982 KDa
配列文字列:
MASVLLPQLR TGWHVDQAI V TETKRLVV IR FGRKNDR QCM IMDELL SSIA ERVRN FAVIY LCDI DEVSDF DEM YELTDPM TV MFFYHNKH M MCDFGTGNN NKLNFIVDDK QEMIDILET I FRGARKNK GL VVSPYDY NHK RVS

+
分子 #7: Prp31

分子名称: Prp31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 47.128652 KDa
配列文字列: MSSEEDYFDE LEYDLADEV N EEKEDIQT KK LTTVNCQ TEK FNPFEI LPES IELFR TLALI SPDR LSLSET AQI LPKIVDL KR ILQQQEID F IKLLPFFNE IIPLIKSNIK LMHNFLISL Y SRRFPELS SL IPSPLQY SKV ISILEN ENYS KNESD ...文字列:
MSSEEDYFDE LEYDLADEV N EEKEDIQT KK LTTVNCQ TEK FNPFEI LPES IELFR TLALI SPDR LSLSET AQI LPKIVDL KR ILQQQEID F IKLLPFFNE IIPLIKSNIK LMHNFLISL Y SRRFPELS SL IPSPLQY SKV ISILEN ENYS KNESD ELFFH LENK AKLTRE QIL VLTMSMK TS FKNKEPLD I KTRTQILEA NSILENLWKL QEDIGQYIA S KISIIAPN VC FLVGPEI AAQ LIAHAG GVLE FSRIP SCNIA SIGK NKHLSH ELH TLESGVR QE GYLFASDM I QKFPVSVHK QMLRMLCAKV SLAARVDAG Q KNGDRNTV LA HKWKAEL SKK ARKLSE APSI SETKA LPIPE DQPK KKRAGR KFR KYKEKFR LS HVRQLQNR M EFGKQEQTV LDSYGEEVGL GMSNTSLQQ A VGATSGSR RS AGNQAKL TKV MKHRIS EANQ QADEF LISLG HNTE QPNLSP EMV QMHKKQH TN PEEETNWF S GHG

+
分子 #8: Prp3

分子名称: Prp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 37.87025 KDa
配列文字列: MPPRNTYEK G NPKRQNSP YY KPSFLRR EET TNDEEK FQGH GLKTE LHSAL KSSN LNLIRR TYQ TGENPYL SD PHDRGSSS R FNRRYERGL KFYQKGEISK RIAQERTLQ K QQEEEELK RK LKQEEDE KDK RKLIES GDLP NLELH EDKFL LDLS ...文字列:
MPPRNTYEK G NPKRQNSP YY KPSFLRR EET TNDEEK FQGH GLKTE LHSAL KSSN LNLIRR TYQ TGENPYL SD PHDRGSSS R FNRRYERGL KFYQKGEISK RIAQERTLQ K QQEEEELK RK LKQEEDE KDK RKLIES GDLP NLELH EDKFL LDLS KFKIYY DNN HGYEWWD TA YLDEKGEL M EKYDMNGTS PAEEKLAEDI DEVDDDDDD E HPSIRYVA HP LPEKINE AKV SIKAYL TQHE RKRLR RNRRK MARE AREIKI KLG LLPKPEP KV KLSNMMSV F ENDQNITDP TAWEKVVKDQ VDLRKRKHL E ENERRHED AI KRRKEAV NMN VEKPTV YHCK VFQFK NLQNP KIRF KLKMNS KEL SLKGLCL RI RDDGPGII I VVGNEKSCK FYENLVMKRI KWNEDFELH T NTGDIKMD MH NNSISKT WEG YLQDCK FKGW FMKVC NDQDS LLRT LGQFDS EHF YSPVQT

+
分子 #9: Brr2

分子名称: Brr2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 202.6655 KDa
配列文字列: MTEHETKDKA KKIREIYRY D EMSNKVLK VD KRFMNTS QNP QRDAEI SQPK SMSGR ISAKD MGQG LCNNIN KGL KENDVAV EK TGKSASLK K IQQHNTILN SSSDFRLHYY PKDPSNVET Y EQILQWVT EV LGNDIPH DLI IGTADI FIRQ LKENE ...文字列:
MTEHETKDKA KKIREIYRY D EMSNKVLK VD KRFMNTS QNP QRDAEI SQPK SMSGR ISAKD MGQG LCNNIN KGL KENDVAV EK TGKSASLK K IQQHNTILN SSSDFRLHYY PKDPSNVET Y EQILQWVT EV LGNDIPH DLI IGTADI FIRQ LKENE ENEDG NIEE RKEKIQ HEL GINIDSL KF NELVKLMK N ITDYETHPD NSNKQAVAIL ADDEKSDEE E VTEMSNNA NV LGGEIND NED DDEEYD YNDV EVNSK KKNKR ALPN IENDII KLS DSKTSNI ES VPIYSIDE F FLQRKLRSE LGYKDTSVIQ DLSEKILND I ETLEHNPV AL EQKLVDL LKF ENISLA EFIL KNRST IFWGI RLAK STENEI PNL IEKMVAK GL NDLVEQYK F RETTHSKRE LDSGDDQPQS SEAKRTKFS N PAIPPVID LE KIKFDES SKL MTVTKV SLPE GSFKR VKPQY DEIH IPAPSK PVI DYELKEI TS LPDWCQEA F PSSETTSLN PIQSKVFHAA FEGDSNMLI C APTGSGKT NI ALLTVLK ALS HHYNPK TKKL NLSAF KIVYI APLK ALVQEQ VRE FQRRLAF LG IKVAELTG D SRLSRKQID ETQVLVSTPE KWDITTRNS N NLAIVELV RL LIIDEIH LLH DDRGPV LESI VARTF WASKY GQEY PRIIGL SAT LPNYEDV GR FLRVPKEG L FYFDSSFRP CPLSQQFCGI KERNSLKKL K AMNDACYE KV LESINEG NQI IVFVHS RKET SRTAT WLKNK FAEE NITHKL TKN DAGSKQI LK TEAANVLD P SLRKLIESG IGTHHAGLTR SDRSLSEDL F ADGLLQVL VC TATLAWG VNL PAHTVI IKGT DVYSP EKGSW EQLS PQDVLQ MLG RAGRPRY DT FGEGIIIT D QSNVQYYLS VLNQQLPIES QFVSKLVDN L NAEVVAGN IK CRNDAVN WLA YTYLYV RMLA SPMLY KVPDI SSDG QLKKFR ESL VHSALCI LK EQELVLYD A ENDVIEATD LGNIASSFYI NHASMDVYN R ELDEHTTQ ID LFRIFSM SEE FKYVSV RYEE KRELK QLLEK APIP IREDID DPL AKVNVLL QS YFSQLKFE G FALNSDIVF IHQNAGRLLR AMFEICLKR G WGHPTRML LN LCKSATT KMW PTNCPL RQFK TCPVE VIKRL EAST VPWGDY LQL ETPAEVG RA IRSEKYGK Q VYDLLKRFP KMSVTCNAQP ITRSVMRFN I EIIADWIW DM NVHGSLE PFL LMLEDT DGDS ILYYD VLFIT PDIV GHEFTL SFT YELKQHN QN NLPPNFFL T LISENWWHS EFEIPVSFNG FKLPKKFPP P TPLLENIS IS TSELGND DFS EVFEFK TFNK IQSQV FESLY NSND SVFVGS GKG TGKTAMA EL ALLNHWRQ N KGRAVYINP SGEKIDFLLS DWNKRFSHL A GGKIINKL GN DPSLNLK LLA KSHVLL ATPV QFELL SRRWR QRKN IQSLEL MIY DDAHEIS QG VYGAVYET L ISRMIFIAT QLEKKIRFVC LSNCLANAR D FGEWAGMT KS NIYNFSP SER IEPLEI NIQS FKDVE HISFN FSML QMAFEA SAA AAGNRNS SS VFLPSRKD C MEVASAFMK FSKAIEWDML NVEEEQIVP Y IEKLTDGH LR APLKHGV GIL YKGMAS NDER IVKRL YEYGA VSVL LISKDC SAF ACKTDEV II LGTNLYDG A EHKYMPYTI NELLEMVGLA SGNDSMAGK V LILTSHNM KA YYKKFLI EPL PTESYL QYII HDTLN NEIAN SIIQ SKQDCV DWF TYSYFYR RI HVNPSYYG V RDTSPHGIS VFLSNLVETC LNDLVESSF I EIDDTEAE VT AEVNGGD DEA TEIIST LSNG LIASH YGVSF FTIQ SFVSSL SNT STLKNML YV LSTAVEFE S VPLRKGDRA LLVKLSKRLP LRFPEHTSS G SVSFKVFL LL QAYFSRL ELP VDFQND LKDI LEKVV PLINV VVDI LSANGY LNA TTAMDLA QM LIQGVWDV D NPLRQIPHF NNKILEKCKE INVETVYDI M ALEDEERD EI LTLTDSQ LAQ VAAFVN NYPN VELTY SLNNS DSLI SGVKQK ITI QLTRDVE PE NLQVTSEK Y PFDKLESWW LVLGEVSKKE LYAIKKVTL N KETQQYEL EF DTPTSGK HNL TIWCVC DSYL DADKE LSFEI NVK

+
分子 #10: unknown proteins

分子名称: unknown proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.528504 KDa
配列文字列:
XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX

+
分子 #11: SmB

分子名称: SmB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.183853 KDa
配列文字列: MSKIQVAHSS RLANLIDYK L RVLTQDGR VY IGQLMAF DKH MNLVLN ECIE ERVPK TQLDK LRPR KDSKDG TTL NIKVEKR VL GLTILRGE Q ILSTVVEDK PLLSKKERLV RDKKEKKQA Q KQTKLRKE KE KKPGKIA KPN TANAKH TSSN SREIA ...文字列:
MSKIQVAHSS RLANLIDYK L RVLTQDGR VY IGQLMAF DKH MNLVLN ECIE ERVPK TQLDK LRPR KDSKDG TTL NIKVEKR VL GLTILRGE Q ILSTVVEDK PLLSKKERLV RDKKEKKQA Q KQTKLRKE KE KKPGKIA KPN TANAKH TSSN SREIA QPSSS RYNG GNDNIG ANR SRFNNEA PP QTRKFQPP P GFKRK

+
分子 #12: U4 SmD1

分子名称: U4 SmD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.327998 KDa
配列文字列:
MKLVNFLKKL RNEQVTIEL K NGTTVWGT LQ SVSPQMN AIL TDVKLT LPQP RLNKL NSNGI AMAS LYLTGG QQP TASDNIA SL QYINIRGN T IRQIILPDS LNLDSLLVDQ KQLNSLRRS G QIANDPSK KR RRDFGAP ANK RPRRGL

+
分子 #13: SmD2

分子名称: SmD2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 11.021953 KDa
配列文字列:
MSSQIIDRPK HELSRAELE E LEEFEFKH GP MSLINDA MVT RTPVII SLRN NHKII ARVKA FDRH CNMVLE NVK ELWTEKK GK NVINRERF I SKLFLRGDS VIVVLKTPVE

+
分子 #14: SmD3

分子名称: SmD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.011384 KDa
配列文字列:
MTMNGIPVKL LNEAQGHIV S LELTTGAT YR GKLVESE DSM NVQLRD VIAT EPQGA VTHMD QIFV RGSQIK FIV VPDLLKN AP LFKKNSSR P MPPIRGPKR R

+
分子 #15: SmE

分子名称: SmE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.320758 KDa
配列文字列:
MSNKVKTKAM VPPINCIFN F LQQQTPVT IW LFEQIGI RIK GKIVGF DEFM NVVID EAVEI PVNS ADGKED VEK GTPLGKI LL KGDNITLI T SAD

+
分子 #16: SmF

分子名称: SmF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.178299 KDa
配列文字列:
MSESSDISAM QPVNPKPFL K GLVNHRVG VK LKFNSTE YRG TLVSTD NYFN LQLNE AEEFV AGVS HGTLGE IFI RCNNVLY IR ELPN

+
分子 #17: SmG

分子名称: SmG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 7.662906 KDa
配列文字列:
MVSTPELKKY MDKKILLNI N GSRKVAGI LR GYDIFLN VVL DDAMEI NGED PANNH QLGLQ TVIR GNSIIS LEA LDAI

+
分子 #18: Snu66

分子名称: Snu66 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.367936 KDa
配列文字列: AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA ...文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAR AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAATTK EAYKKLSQKF HGTKSNKK

+
分子 #19: U5 SmE

分子名称: U5 SmE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.362859 KDa
配列文字列:
MSNKVKTKAM VPPINCIFN F LQQQTPVT IW LFEQIGI RIK GKIVGF DEFM NVVID EAVEI PVNS ADGKED VEK GTPLGKI LL KGDNITLI T SAD

+
分子 #20: U5 SmD1

分子名称: U5 SmD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.200678 KDa
配列文字列:
MKLVNFLKKL RNEQVTIEL K NGTTVWGT LQ SVSPQMN AIL TDVKLT LPQP RLNKL NSNGI AMAS LYLTGG QQP TASDNIA SL QYINIRGN T IRQIILPDS LNLDSLLVDQ KQLNSLRRS G QIANDPSK KR RRDFGAP ANK RPRRGL

+
分子 #22: Snu13

分子名称: Snu13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 13.364584 KDa
配列文字列:
MSAPNPKAFP LADAALTQQ I LDVVQQAA NL RQLKKGA NEA TKTLNR GISE FIIMA ADCEP IEIL LHLPLL CED KNVPYVF VP SRVALGRA C GVSRPVIAA SITTNDASAI KTQIYAVKD K IETLLI

+
分子 #23: LSm2

分子名称: LSm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.530101 KDa
配列文字列:
MLFFSFFKTL VDQEVVVEL K NDIEIKGT LQ SVDQFLN LKL DNISCT DEKK YPHLG SVRNI FIRG STVRYV YLN KNMVDTN LL QDATRREV M TERK

+
分子 #24: LSm3

分子名称: LSm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.747967 KDa
配列文字列:
METPLDLLKL NLDERVYIK L RGARTLVG TL QAFDSHC NIV LSDAVE TIYQ LNNEE LSESE RRCE MVFIRG DTV TLISTPS ED DDGAVEI

+
分子 #25: LSm4

分子名称: LSm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.594071 KDa
配列文字列: MLPLYLLTNA KGQQMQIEL K NGEIIQGI LT NVDNWMN LTL SNVTEY SEES AINSE DNAES SKAV KLNEIY IRG TFIKFIK LQ DNIIDKVK Q QINSNNNSN SNGPGHKRYY NNRDSNNNR G NYNRRNNN NG NSNRRPY SQN RQYNNS NSSN INNSI ...文字列:
MLPLYLLTNA KGQQMQIEL K NGEIIQGI LT NVDNWMN LTL SNVTEY SEES AINSE DNAES SKAV KLNEIY IRG TFIKFIK LQ DNIIDKVK Q QINSNNNSN SNGPGHKRYY NNRDSNNNR G NYNRRNNN NG NSNRRPY SQN RQYNNS NSSN INNSI NSINS NNQN MNNGLG GSV QHHFNSS SP QKVEF

+
分子 #26: LSm5

分子名称: LSm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.458736 KDa
配列文字列:
MSLPEILPLE VIDKTINQK V LIVLQSNR EF EGTLVGF DDF VNVILE DAVE WLIDP EDESR NEKV MQHHGR MLL SGNNIAI LV PGGKKTPT E AL

+
分子 #27: LSm6

分子名称: LSm6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.227233 KDa
配列文字列:
MSGKASTEGS VTTEFLSDI I GKTVNVKL AS GLLYSGR LES IDGFMN VALS SATEH YESNN NKLL NKFNSD VFL RGTQVMY IS EQKI

+
分子 #28: LSm7

分子名称: LSm7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 7.233692 KDa
配列文字列:
MHQQHSKSEN KPQQQRKKF E GPKREAIL DL AKYKDSK IRV KLMGGK LVIG VLKGY DQLMN LVLD DTVEYM SNP DDENNTE LI SKNARKLG L TVIRGTILV SLSSAEGSDV LYMQK

+
分子 #29: LSm8

分子名称: LSm8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 7.1935 KDa
配列文字列:
MSATLKDYLN KRVVIIKVD G ECLIASLN GF DKNTNLF ITN VFNRIS KEFI CKAQL LRGSE IALV GLIDAE NDD SLAPIDE KK VPMLKDTK N KIENEHVIW EKVYESKTK

+
分子 #30: Snu114

分子名称: Snu114 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 97.172828 KDa
配列文字列: MEGDDLFDEF GNLIGVDPF D SDEEESVL DE QEQYQTN TFE GSGNNN EIES RQLTS LGSKK ELGI SLEHPY GKE VEVLMET KN TQSPQTPL V EPVTERTKL QEHTIFTQLK KNIPKTRYN R DYMLSMAN IP ERIINVG VIG PLHSGK TSLM DLLVI ...文字列:
MEGDDLFDEF GNLIGVDPF D SDEEESVL DE QEQYQTN TFE GSGNNN EIES RQLTS LGSKK ELGI SLEHPY GKE VEVLMET KN TQSPQTPL V EPVTERTKL QEHTIFTQLK KNIPKTRYN R DYMLSMAN IP ERIINVG VIG PLHSGK TSLM DLLVI DSHKR IPDM SKNVEL GWK PLRYLDN LK QEIDRGLS I KLNGSTLLC TDLESKSRMI NFLDAPGHV N FMDETAVA LA ASDLVLI VID VVEGVT FVVE QLIKQ SIKNN VAMC FVINKL DRL ILDLKLP PM DAYLKLNH I IANINSFTK GNVFSPIDNN IIFASTKLG F TFTIKEFV SY YYAHSIP SSK IDDFTT RLWG SVYYH KGNFR TKPF ENVEKY PTF VEFILIP LY KIFSYALS M EKDKLKNLL RSNFRVNLSQ EALQYDPQP F LKHVLQLI FR QQTGLVD AIT RCYQPF ELFD NKTAH LSIPG KSTP EGTLWA HVL KTVDYGG AE WSLVRIYS G LLKRGDTVR ILDTSQSESR QKRQLHDIS K TETSNEDE DE DDETPSC EVE EIGLLG GRYV YPVHE AHKGQ IVLI KGISSA YIK SATLYSV KS KEDMKQLK F FKPLDYITE AVFKIVLQPL LPRELPKLL D ALNKISKY YP GVIIKVE ESG EHVILG NGEL YMDCL LYDLR ASYA KIEIKI SDP LTVFSES CS NESFASIP V SNSISRLGE ENLPGLSISV AAEPMDSKM I QDLSRNTL GK GQNCLDI DGI MDNPRK LSKI LRTEY GWDSL ASRN VWSFYN GNV LINDTLP DE ISPELLSK Y KEQIIQGFY WAVKEGPLAE EPIYGVQYK L LSISVPSD VN IDVMKSQ IIP LMKKAC YVGL LTAIP ILLEP IYEV DITVHA PLL PIVEELM KK RRGSRIYK T IKVAGTPLL EVRGQVPVIE SAGFETDLR L STNGLGMC QL YFWHKIW RKV PGDVLD KDAF IPKLK PAPIN SLSR DFVMKT RRR KGISTGG FM SNDGPTLE K YISAELYAQ LRENGLVP

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.9 / 構成要素 - 濃度: 1.0 mM / 構成要素 - 名称: DTT
グリッドモデル: Quantifoil R 1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 6.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 35714 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 473827
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2966

初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 26367
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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