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万見
- EMDB-7999: Structure of TRPM2 ion channel receptor by single particle electr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7999
タイトルStructure of TRPM2 ion channel receptor by single particle electron cryo-microscopy, ADPR/Ca2+ bound state
マップデータIon channel receptor
試料
  • 複合体: Ion channel 1イオンチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 2
  • リガンド: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
機能・相同性
機能・相同性情報


TRPチャネル / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Neutrophil degranulation / ADP-D-ribose binding / mono-ADP-D-ribose binding / ligand-gated calcium channel activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / monoatomic ion channel activity / protein homotetramerization ...TRPチャネル / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Neutrophil degranulation / ADP-D-ribose binding / mono-ADP-D-ribose binding / ligand-gated calcium channel activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / monoatomic ion channel activity / protein homotetramerization / calcium ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Du J / Lu W / Huang Y / Winkler P / Sun W
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Architecture of the TRPM2 channel and its activation mechanism by ADP-ribose and calcium.
著者: Yihe Huang / Paige A Winkler / Weinan Sun / Wei Lü / Juan Du /
要旨: Transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2) is a calcium-permeable, non-selective cation channel that has an essential role in diverse physiological processes such as core body temperature ...Transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2) is a calcium-permeable, non-selective cation channel that has an essential role in diverse physiological processes such as core body temperature regulation, immune response and apoptosis. TRPM2 is polymodal and can be activated by a wide range of stimuli, including temperature, oxidative stress and NAD-related metabolites such as ADP-ribose (ADPR). Its activation results in both Ca entry across the plasma membrane and Ca release from lysosomes, and has been linked to diseases such as ischaemia-reperfusion injury, bipolar disorder and Alzheimer's disease. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the zebrafish TRPM2 in the apo resting (closed) state and in the ADPR/Ca-bound active (open) state, in which the characteristic NUDT9-H domains hang underneath the MHR1/2 domain. We identify an ADPR-binding site located in the bi-lobed structure of the MHR1/2 domain. Our results provide an insight into the mechanism of activation of the TRPM channel family and define a framework for the development of therapeutic agents to treat neurodegenerative diseases and temperature-related pathological conditions.
履歴
登録2018年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月18日-
マップ公開2018年9月19日-
更新2018年10月17日-
現状2018年10月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6drj
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7999.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7999.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ion channel receptor
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度
表面レベル登録者による: 3. / ムービー #1: 3
最小 - 最大-10.673214 - 21.085353999999999
平均 (標準偏差)0.031051211 (±0.7776872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 322.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0741.0741.074
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z322.200322.200322.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-10.67321.0850.031

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ion channel 1

全体名称: Ion channel 1イオンチャネル
要素
  • 複合体: Ion channel 1イオンチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 2
  • リガンド: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

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超分子 #1: Ion channel 1

超分子名称: Ion channel 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
組換発現生物種: Mammalia (哺乳類)
分子量実験値: 500 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 2

分子名称: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 168.601672 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLGTSGVKIH PNGNSNQLGV QLENVKLTSL FKKLDKRCSL ASWIKENIKK KECCFYVEDG REGICKCGYP KVQHCDEAIK PEDYMGEQW DKHRHVRETP TDAFGDISFG GLGQKTGKYV RVSSDTSCEN LYQLMTEQWK LRSPNLLISV TGGAKNFYIK T HLKDKFRR ...文字列:
MLGTSGVKIH PNGNSNQLGV QLENVKLTSL FKKLDKRCSL ASWIKENIKK KECCFYVEDG REGICKCGYP KVQHCDEAIK PEDYMGEQW DKHRHVRETP TDAFGDISFG GLGQKTGKYV RVSSDTSCEN LYQLMTEQWK LRSPNLLISV TGGAKNFYIK T HLKDKFRR GLIKVAQTTG AWILTGGTHA GVMKHVGMAV RDYTLSSGSM EGQIVVIGVA PWGVIHNRST LIHPEGRFPA YY SLDEQGQ GRLSCLDINH THFLLVDDGT QGHYGVEIEL RARLEKLISK LSLGNRESGV TIPVVCVVLD GGPGTLNTIY NSM LNHTPC VVLEGSGRLA DVIAHVASVP VSKVTMALIN RLLKRFFMQE YKNFTELQII EWTKKIQDIL RMPHLLTVFR IDED KNYDV DVAILQALLK ASRSDEHAGR HCWERQLELA VAWNRVDIAE SEIFTEESQW TSSDLHPAMF SALVGDKPEF VRLLL ENGV CVREFLEREE TLCELYSHLP SCFFLRKLAK RVQGGKMRRG QEPLPGSRKV CLSHVSEEVR HLLGSFTQPL YIASRY KPT KDDVRLKVPS KGALDLPCSG EEWSADTVWD PGRDLFLWAV VQNNRELAEI GWEQCRDCIA AALAASKILR KLAQESG ED DSEEATEMLE LANHYEKQAI GVFSECHSWD AQRAQKLLIR ISPSWGRSTC LWLALEAHDK SFIAHSGVQA LLTQIWCG E LSVDNPHWKV LLCMIFFPLI YTGFLTFRRD EDIQRQAERT QQKLAMESVF AGQSDGKIKR HLRGFSQKSE LKPLNCSSR LMSFLKSPQV KFYWNIASYF GFLWLFAVVL MIDFQTSPSW RELLLYVWLT SLVCEEIRQL YHDFDGSGFR RKAKMYIKDL WNILDVLSI VLFIAGLICR LQASDTVFYI GKVILCIDFI IFCLRLMAIF SISRTLGPKI IIVRRMMLDL FFFMFLLSIW V VAYGVAKQ GILIENEERL NWIIRGAVYE PYITIFGNFP TNIDNTLFDI SSCSVNASDP LKPKCPMLNA DNTPVFPEWL TI MMLCVYL LFANILLLNL LIAIFNYTFQ EVQDNTDTIW KFQRYELIKE YHSRPALPPP FILLSHLILF IRGVFLRDLP QRH KNFRQE LEQTEEEELL SWEAYMKDNY LASTRQDESQ SVEHRIHDTA EKVGAMSELL EREQEMVSAT MAKRLARLEE QVSE SAKAL RWIIDALKSQ GCKSKVQPPL MRSKSSDRDD GDSSGQETDD EEAPHMFARQ LQYPDSTVRR FPVPEEKVSW EVNFS PYQP PVYNQQDSSE SDTSALDKHR NPGGRTGIRG KGALNTLGPN HILHPIFTRW RDAEHKVLEF LAVWEDAEKR WALLGG PAQ PDEPLAQVLE RILGKKLNEK TKTLLKAGEE VYKGYVDDSR NTDNAWVETS IITLHCDKNT PLMADLNHMV ESSLSSH QP LQWREVSSDA CRCSYQREAL RQIAHHHNTY F

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分子 #2: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

分子名称: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: APR
分子量理論値: 559.316 Da
Chemical component information

ChemComp-APR:
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 227007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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