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- EMDB-7954: Fako virus full particles, projection-matching reconstruction wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7954
タイトルFako virus full particles, projection-matching reconstruction without imposed symmetry
マップデータUnsymmetrized reconstruction of Fako virus full particles
試料
  • ウイルス: Fako virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: clamp protein
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: turret protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: polymerase accessory protein
生物種Fako virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.7 Å
データ登録者Kaelber JT / Jiang W / Weaver SC / Auguste AJ / Chiu W
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesP41GM103832 米国
Welch FoundationQ1242 米国
引用ジャーナル: Structure / : 2020
タイトル: Arrangement of the Polymerase Complexes inside a Nine-Segmented dsRNA Virus.
著者: Jason T Kaelber / Wen Jiang / Scott C Weaver / Albert J Auguste / Wah Chiu /
要旨: Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle ...Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle reconstruction encounters difficulties resolving structures such as the intraparticle polymerase complex because refinement can converge to an incorrect map and because the map could depict a nonrepresentative subset of particles or an average of heterogeneous particles. Using the nine-segmented Fako virus, we tested hypotheses for the arrangement and number of polymerase complexes within the virion by measuring how well each hypothesis describes the set of cryoelectron microscopy images of individual viral particles. We find that the polymerase complex in Fako virus binds at ten possible sites despite having only nine genome segments. A single asymmetric configuration describes the arrangement of these complexes in both virions and genome-free capsids. Similarities between the arrangements of Reoviridae with 9, 10, and 11 segments indicate the generalizability of this architecture.
履歴
登録2018年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年1月16日-
更新2020年8月5日-
現状2020年8月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 2.62
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 2.62
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7954.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsymmetrized reconstruction of Fako virus full particles
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.506 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.62 / ムービー #1: 2.62
最小 - 最大-6.0184875 - 7.844518
平均 (標準偏差)0.047352515 (±0.757196)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-288-288-288
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 867.45605 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.5061.5061.506
M x/y/z576576576
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z867.456867.456867.456
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-288-288-288
NC/NR/NS576576576
D min/max/mean-6.0187.8450.047

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添付データ

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ハーフマップ: Unsymmetrized reconstruction of Fako virus full particles. Unmasked,...

ファイルemd_7954_half_map_1.map
注釈Unsymmetrized reconstruction of Fako virus full particles. Unmasked, unfiltered half-set map.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Unsymmetrized reconstruction of Fako virus full particles. Unmasked,...

ファイルemd_7954_half_map_2.map
注釈Unsymmetrized reconstruction of Fako virus full particles. Unmasked, unfiltered half-set map.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Fako virus

全体名称: Fako virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Fako virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: clamp protein
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: turret protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: polymerase accessory protein

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超分子 #1: Fako virus

超分子名称: Fako virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1567404 / 生物種: Fako virus / Sci species strain: CSW77 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Culicinae (カ)
分子量理論値: 43 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 2

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分子 #1: clamp protein

分子名称: clamp protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / : CSW77
配列文字列: MTLTYWDKEK RMTLKQMIQQ VAINEQENEL THYVFTTPLS MPTFGKPMLG YVPLNEVATS KFFSNVNDFD RDNQLAMAH FPDTTITQAY NLTNSIKPGD TSLPDAEVAA LKWFWKFFTS INLVRQPPMD NVMYWACQFL S SGTSFLPL ERDVEIVFSG FKGSHICMFS ...文字列:
MTLTYWDKEK RMTLKQMIQQ VAINEQENEL THYVFTTPLS MPTFGKPMLG YVPLNEVATS KFFSNVNDFD RDNQLAMAH FPDTTITQAY NLTNSIKPGD TSLPDAEVAA LKWFWKFFTS INLVRQPPMD NVMYWACQFL S SGTSFLPL ERDVEIVFSG FKGSHICMFS NLRQMNLSPI LCPYYDLITN FKTTTEIRAY VDAHEELKSL LT YLCLCTI VGLCDTFTET RNMDTGEYVW KVRDVVSRNH TPAQNVEKFC YTIQNAKYMI QLVHVLLFPL TDN KYADLP NYVAVITQGA INQSRSHNVI NTTDESNSNT TSDTAASTSG IVSGDTGTVA SLYPDEFKYV QS

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分子 #2: major capsid protein

分子名称: major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / : CSW77
配列文字列: MRPIRMYKNN QERTNLKHQE INEEQQNEQT TSNQGFTRSD NSGKINIERI SSSRNQITDG KTVSSYSKIE TNRSSQDSV QHGGSSITYT SDTTGNPRIT NARTNNDETH ATGPIEDLNS TSHGREPEIE SFADRAELAM M IQGMTVGA LTVQPMRSIR STFANLANVL ...文字列:
MRPIRMYKNN QERTNLKHQE INEEQQNEQT TSNQGFTRSD NSGKINIERI SSSRNQITDG KTVSSYSKIE TNRSSQDSV QHGGSSITYT SDTTGNPRIT NARTNNDETH ATGPIEDLNS TSHGREPEIE SFADRAELAM M IQGMTVGA LTVQPMRSIR STFANLANVL IFHDVFTTED KPSAFIEYHS DEMIVNMPKQ TYNPIDNLAK IL YLPSLEK FKYGTGIVQL NYSPHISKLY QNTNNIINTI TDGITYANRT EFFIRVMVLM MMDRKILTME FYD VDTSAI SNTAILPTIP TTTGVSPLLR IDTRTEPIWY NDAIKTLITN LTIQYGKIKT VLDANAVKRY SVVG YPIDQ YRAYLYNHNL LEYLGKKVKR EDIMSLIKAL SYEFDLITIS DLEYQNIPKW FSDNDLSRFI FSICM FPDI VRQFHALNID YFSQANVFTV KSENAIVKML NSNQNMEPTI INWFLFRICA IDKTVIDDYF SLEMTP IIM RPKLYDFDMK RGEPVSLLYI LELILFSIMF PNVTQHMLGQ IQARILYISM YAFRQEYLKF ITKFGFY YK IVNGRKEYIQ VTNQNERMTE NNDVLTGNLY PSLFTDDPTL SAIAPTLAKI ARLMKPTTSL TPDDRAIA A KFPRFKDSAH LNPYSSLNIG GRTQHSVTYT RMYDAIEEMF NLILRAFASS FAQRPRAGVT QLKSLLTQL ADPLCLALDG HVYHLYNVMA NMMQNFIPNT DGQFHSFRAC SYAVKDGGNI YRVVQNGDEL NESLLIDTAI VWGLLGNTD SSYGNAIGAT GTANVPTKVQ PVIPTPDNFI TPTIHLKTSI DAICSVEGIL LLILSRQTTI P GYEDELNK LRTGISQPKV TERQYRRARE SIKNMLGSGD YNVAPLHFLL HTEHRSTKLS KPLIRRVLDN VV QPYVANL DPAEFENTPQ LIENSNMTRL QIALKMLTGD MDDIVKGLIL HKRACAKFDV YETLTIPTDV KTI VLTMQH ISTQTQNNMV YYVFLIDGVK ILAEDIKNVN FQIDITGIWP EYVITLLLRA INNGFNTYVS MPNI LYKPT ITADVRQFMN TTKAETLLIS NKSIVHEIMF FDNALQPKMS SDTLALSEAV YRTIWNSSII TQRIS ARGL MNLEDARPPE AKISHQSELD MGKIDETSGE PIYTSGLQKM QSSKVSMANV VLSAGSDVIR QAAIKY NVV RTQEIILFE

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分子 #3: turret protein

分子名称: turret protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / : CSW77
配列文字列: MIDLRLEEDI LTATLPEFLS TRPKYRYAYT NTKQQDIRFQ GPMRHVRLTH LYKQTKLWNL QYIERELAIS EIDDALDEF IQTFSLPYVI EQGTYKYNML LGMHAHNVNY QDDVSELIAN NPQLLNYLDD NPFSAIFELV N VDLQIYQY GQNIFNNEAE HTILFLKDNT ...文字列:
MIDLRLEEDI LTATLPEFLS TRPKYRYAYT NTKQQDIRFQ GPMRHVRLTH LYKQTKLWNL QYIERELAIS EIDDALDEF IQTFSLPYVI EQGTYKYNML LGMHAHNVNY QDDVSELIAN NPQLLNYLDD NPFSAIFELV N VDLQIYQY GQNIFNNEAE HTILFLKDNT NYGVIQALQK HPFSATHINW HLHKHIFVFH SREQLLNKLL SA GLEDSQL YQRQKTYSTK RGDRPTERMV TYIEDDHIRR IQAVFPLLLD NIFDVKLHKD SSMTWLKSYA DMI YDSVKN SNSTITPEIR KLYLRMYNQY MRIFLPIEQY MLYDNTCWPF SEKITLKINV RLISSRENQP VLWK TPIDT ENLISIVQPD EPINKLNFTA IPSTMIRLND NITMYRAVKD MFSAIEYLPD AIENIPTLTM KEQAL SRYI SPDSEAQNFF NNQPPYLNSI MNVNRQVFEA VKRGNIQVST GSMEHLCLCM HVKSGLIVGR TVLIDD KVV LRRNFNASTA KMITCYVKAF AQLYGEGSLI NPGLRMVFFG VETEPAIDIL KLFYGDKSLY IQGFGDR GI GRDKFRTKIE DALTLRIGCD ILISDIDQAD YEDPNEEKFD DITDFVCYVT ELVISNATVG LVKISMPT Y YIMNKISSTL NNKFSNVAIN IVKLSTQKPY TYEAYIMLSH GSTLTNKGYL RNPVCDVYLE KISLQPMDL KIISTISNEI NYDKPTLYRF VVDKNDVTDV SIAMHILSIH CSTITTRSVM VRSDNTGAFV TMSGIKDMKR VAIMNRMTD GTSANSYMHE QNGKLYLQKV PYLEDLISAF PNGFGSTYQN DYDSSMSVIN VNALIRQVVY R VISKSIPV ALLESLSRIR IIGGRDLGEM NAVYKLYKTP IEVYDAVGIT REYPHVQISY RAQRYSFTES IP NHTLLLA NYVIMNDVDG APISSLEQIN TIKKIISKIS LGSIAYIQVY TDIVARNINV MTKNDSFLIS ANA DKTVFK VQVSGYKAVE MCNYEQLLQL VSDNTGVNII KLTYQDVLES CVLSSGILGD TGSWLLDLVL ASTY IIEIR G

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分子 #4: RNA-dependent RNA polymerase

分子名称: RNA-dependent RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / : CSW77
配列文字列: MATEPNEINL RMTQTLMKQI EDTTFKIRRK HDDMYTYLID DTAAIEMYPD TETPFRMKSS LHELYIQVKC QIPKSIIRP PLYNNDMYPL NNNNTNFLED RPFNYLCNFD WYEFLSRTKD ELGMHYNMIR DLIAMSSQTR Y SNIWSNIS GIIMYLRQYQ RGFALRAILA ...文字列:
MATEPNEINL RMTQTLMKQI EDTTFKIRRK HDDMYTYLID DTAAIEMYPD TETPFRMKSS LHELYIQVKC QIPKSIIRP PLYNNDMYPL NNNNTNFLED RPFNYLCNFD WYEFLSRTKD ELGMHYNMIR DLIAMSSQTR Y SNIWSNIS GIIMYLRQYQ RGFALRAILA RLLKQWNNFP FFDTWDGFRD VLPNTSTAWP LLFYAFMSVT FD YICENIS EGEAIVCFQN HLENAQVSYQ DTKLEKKNNY TLWLKYECHN LRVALTPRYD YTGTVSGNFL KDT TEYIIE NEFENNEIAM RNNLLPSFYA ILQQMRQKLK TVEDIIRLLT ICYSARDDRT YYGTLMELAI SKAI KPQVA GSIVPAPIPT SWLQKDPKMV LSARYPSTSF LSQMQEFYRR YYPALQKEID VHALSASFIN FLSTA SAGV GIELPEEIVN MVQDKRLLYL IKKGSGKRVL QEALLVEKYN DLDPIINDFV RLIKIVVRKQ IERRQR GIA GIPNNVLKIN QVTYEANKPF SKIARAPSHG KQSGNASDIH DLLFYTTQED VSHIETNGKR QMRGIVI SS ADVKGMDTHI QINAAMNQHL GAIEILDGIQ YDVGPFRQTN AIIQDIQGNV YEKSLNGGQQ AIAFGLAN F SQTTGINSKY FGQIPNQEGT FPSGLITTSN HHTQMLTLLI ETALTTFTKE FGKSMAISHL MILGDDVSL MLHGNDKDIN FFMKYLVEKF SQLGLILERD ESRNFGVFLQ QHVINGRFNG FSNRIAIFTS EDYKTRKSVR ESCTEYNAL IDDVIFRTYN VRKLLQFQRI HQFVVLSKYV FRIQNYKYES LRAKLAKRMN VFEYELKIKD N DKTDVHNR NALRFIGIQI PYTYFQYSGG GEIPPESFQK KDGSFTYEYS IYSPRGKWLR KFLYDISHDA RD VKFQIDH EMMKLYNLDI CDFLLQYNVL DIQEEIRSTI IDRELVSKLA MNLESLEHSN ARMISRRASE SLR SMGIRL PANGVYGYQI NERLVKVLQN IQQSDYEVKM VGDTLFTAIM EKFEHHKVRM EKGDKLHNFT LDFS NKDDK ITINRKMLAL HNISISKNMM PYSDAWMLYT CLDNTYNTSS DLATALAHSQ GHFKSFQYDR DMFAE SVKI ASKHGIGSLP MELFFEASNI RDTAQLKWIE AIKYYVQFKD YLYPYSLNPR RLFFIPEQVS SVSNIL NQE NIPADINQKA LLFRRAYAYV LSHPFCISGA KAIFVEDRI

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分子 #5: polymerase accessory protein

分子名称: polymerase accessory protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / : CSW77
配列文字列: MFAIPFTASQ VYSHLGLYQQ PIEKLDPLTK VQYESAEKLR DIITQLSRRS GGISLRKNLI RDIAFGNKPK LNIPSLTHQ VRHNREFKHG RGQFILVDSN GSDYYDGIFD DMVLILRSNF VLPNVPGIIS EQLRLIVIDN D FYLKHIPS EIAILRDVLS EHMVKVSIDG ...文字列:
MFAIPFTASQ VYSHLGLYQQ PIEKLDPLTK VQYESAEKLR DIITQLSRRS GGISLRKNLI RDIAFGNKPK LNIPSLTHQ VRHNREFKHG RGQFILVDSN GSDYYDGIFD DMVLILRSNF VLPNVPGIIS EQLRLIVIDN D FYLKHIPS EIAILRDVLS EHMVKVSIDG VSLDDPYISK FFRKPFILYD HTKFRKVDLT KVVLINKTGK SK AQLIDKY KLTDDAVFIS YEVFDIMLQP VKSRDGDIEQ FVRMRGDIET WKMKIGTTFE SNLMELFIHG VPV MNSTSQ LQLDFQISDI RSANVFDEQI VCAAKLNGLR EQCLKESSLI RVNIIGQKGS GKSMLMRLIN ERGI PGISR KIICIDSDAY GKWKTQTQYL DDKFSALKLI NVDNLHEISQ DDNIISYYEQ FIIDQLLAHN ITISE HTNS IRFIKQFKVD TLKDIGRKFK ELYLADFKEQ IHFYEYLCGN IPEPSSTLLI TFLHATVETS AAPGTN MNF SLNTILYPLQ SILNRKRGAL VNFILNRIYD EMGTEAFTRL RPCDVWK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度名称
10.0 mMC4H12NO3ClTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
1.0 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.7 mm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 2400 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10588
CTF補正ソフトウェア - 名称: jspr
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 5294
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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