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万見
- EMDB-7944: Fako virus full particles, icosahedral reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7944
タイトルFako virus full particles, icosahedral reconstruction
マップデータAn icosahedral reconstruction of Fako virus full particles
試料
  • ウイルス: Fako virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Clamp protein
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Turret protein
キーワードcapsid (カプシド) / virion (ウイルス) / Reoviridae / T=2 / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性Major capsid protein / Turret protein / Clamp protein
機能・相同性情報
生物種Fako virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Kaelber JT / Jiang W / Weaver SC / Auguste AJ / Chiu W
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
Welch FoundationQ1242 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Arrangement of the Polymerase Complexes inside a Nine-Segmented dsRNA Virus.
著者: Jason T Kaelber / Wen Jiang / Scott C Weaver / Albert J Auguste / Wah Chiu /
要旨: Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle ...Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle reconstruction encounters difficulties resolving structures such as the intraparticle polymerase complex because refinement can converge to an incorrect map and because the map could depict a nonrepresentative subset of particles or an average of heterogeneous particles. Using the nine-segmented Fako virus, we tested hypotheses for the arrangement and number of polymerase complexes within the virion by measuring how well each hypothesis describes the set of cryoelectron microscopy images of individual viral particles. We find that the polymerase complex in Fako virus binds at ten possible sites despite having only nine genome segments. A single asymmetric configuration describes the arrangement of these complexes in both virions and genome-free capsids. Similarities between the arrangements of Reoviridae with 9, 10, and 11 segments indicate the generalizability of this architecture.
履歴
登録2018年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年1月16日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 32
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 32
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6djy
  • 表面レベル: 32
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6djy
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7944.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7944.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈An icosahedral reconstruction of Fako virus full particles
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.506 Å
密度
表面レベル登録者による: 32.0 / ムービー #1: 32
最小 - 最大-82.149789999999996 - 144.327100000000002
平均 (標準偏差)0.6931533 (±8.784292000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-288-288-288
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 867.45605 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.5061.5061.506
M x/y/z576576576
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z867.456867.456867.456
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-288-288-288
NC/NR/NS576576576
D min/max/mean-82.150144.3270.693

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添付データ

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追加マップ: Another icosahedral reconstruction of Fako virus full particles

ファイルemd_7944_additional.map
注釈Another icosahedral reconstruction of Fako virus full particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fako virus

全体名称: Fako virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Fako virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Clamp protein
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Turret protein

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超分子 #1: Fako virus

超分子名称: Fako virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1567404 / 生物種: Fako virus / Sci species strain: CSW77 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Culicinae (カ)
分子量理論値: 43 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 2

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分子 #1: Clamp protein

分子名称: Clamp protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77
分子量理論値: 39.589691 KDa
配列文字列: MTLTYWDKEK RMTLKQMIQQ VAINEQENEL THYVFTTPLS MPTFGKPMLG YVPLNEVATS KFFSNVNDFD RDNQLAMAHF PDTTITQAY NLTNSIKPGD TSLPDAEVAA LKWFWKFFTS INLVRQPPMD NVMYWACQFL SSGTSFLPLE RDVEIVFSGF K GSHICMFS ...文字列:
MTLTYWDKEK RMTLKQMIQQ VAINEQENEL THYVFTTPLS MPTFGKPMLG YVPLNEVATS KFFSNVNDFD RDNQLAMAHF PDTTITQAY NLTNSIKPGD TSLPDAEVAA LKWFWKFFTS INLVRQPPMD NVMYWACQFL SSGTSFLPLE RDVEIVFSGF K GSHICMFS NLRQMNLSPI LCPYYDLITN FKTTTEIRAY VDAHEELKSL LTYLCLCTIV GLCDTFTETR NMDTGEYVWK VR DVVSRNH TPAQNVEKFC YTIQNAKYMI QLVHVLLFPL TDNKYADLPN YVAVITQGAI NQSRSHNVIN TTDESNSNTT SDT AASTSG IVSGDTGTVA SLYPDEFKYV QS

UniProtKB: Clamp protein

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分子 #2: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77
分子量理論値: 136.689766 KDa
配列文字列: MRPIRMYKNN QERTNLKHQE INEEQQNEQT TSNQGFTRSD NSGKINIERI SSSRNQITDG KTVSSYSKIE TNRSSQDSVQ HGGSSITYT SDTTGNPRIT NARTNNDETH ATGPIEDLNS TSHGREPEIE SFADRAELAM MIQGMTVGAL TVQPMRSIRS T FANLANVL ...文字列:
MRPIRMYKNN QERTNLKHQE INEEQQNEQT TSNQGFTRSD NSGKINIERI SSSRNQITDG KTVSSYSKIE TNRSSQDSVQ HGGSSITYT SDTTGNPRIT NARTNNDETH ATGPIEDLNS TSHGREPEIE SFADRAELAM MIQGMTVGAL TVQPMRSIRS T FANLANVL IFHDVFTTED KPSAFIEYHS DEMIVNMPKQ TYNPIDNLAK ILYLPSLEKF KYGTGIVQLN YSPHISKLYQ NT NNIINTI TDGITYANRT EFFIRVMVLM MMDRKILTME FYDVDTSAIS NTAILPTIPT TTGVSPLLRI DTRTEPIWYN DAI KTLITN LTIQYGKIKT VLDANAVKRY SVVGYPIDQY RAYLYNHNLL EYLGKKVKRE DIMSLIKALS YEFDLITISD LEYQ NIPKW FSDNDLSRFI FSICMFPDIV RQFHALNIDY FSQANVFTVK SENAIVKMLN SNQNMEPTII NWFLFRICAI DKTVI DDYF SLEMTPIIMR PKLYDFDMKR GEPVSLLYIL ELILFSIMFP NVTQHMLGQI QARILYISMY AFRQEYLKFI TKFGFY YKI VNGRKEYIQV TNQNERMTEN NDVLTGNLYP SLFTDDPTLS AIAPTLAKIA RLMKPTTSLT PDDRAIAAKF PRFKDSA HL NPYSSLNIGG RTQHSVTYTR MYDAIEEMFN LILRAFASSF AQRPRAGVTQ LKSLLTQLAD PLCLALDGHV YHLYNVMA N MMQNFIPNTD GQFHSFRACS YAVKDGGNIY RVVQNGDELN ESLLIDTAIV WGLLGNTDSS YGNAIGATGT ANVPTKVQP VIPTPDNFIT PTIHLKTSID AICSVEGILL LILSRQTTIP GYEDELNKLR TGISQPKVTE RQYRRARESI KNMLGSGDYN VAPLHFLLH TEHRSTKLSK PLIRRVLDNV VQPYVANLDP AEFENTPQLI ENSNMTRLQI ALKMLTGDMD DIVKGLILHK R ACAKFDVY ETLTIPTDVK TIVLTMQHIS TQTQNNMVYY VFLIDGVKIL AEDIKNVNFQ IDITGIWPEY VITLLLRAIN NG FNTYVSM PNILYKPTIT ADVRQFMNTT KAETLLISNK SIVHEIMFFD NALQPKMSSD TLALSEAVYR TIWNSSIITQ RIS ARGLMN LEDARPPEAK ISHQSELDMG KIDETSGEPI YTSGLQKMQS SKVSMANVVL SAGSDVIRQA AIKYNVVRTQ EIIL FE

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #3: Turret protein

分子名称: Turret protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77
分子量理論値: 121.23257 KDa
配列文字列: MIDLRLEEDI LTATLPEFLS TRPKYRYAYT NTKQQDIRFQ GPMRHVRLTH LYKQTKLWNL QYIERELAIS EIDDALDEFI QTFSLPYVI EQGTYKYNML LGMHAHNVNY QDDVSELIAN NPQLLNYLDD NPFSAIFELV NVDLQIYQYG QNIFNNEAEH T ILFLKDNT ...文字列:
MIDLRLEEDI LTATLPEFLS TRPKYRYAYT NTKQQDIRFQ GPMRHVRLTH LYKQTKLWNL QYIERELAIS EIDDALDEFI QTFSLPYVI EQGTYKYNML LGMHAHNVNY QDDVSELIAN NPQLLNYLDD NPFSAIFELV NVDLQIYQYG QNIFNNEAEH T ILFLKDNT NYGVIQALQK HPFSATHINW HLHKHIFVFH SREQLLNKLL SAGLEDSQLY QRQKTYSTKR GDRPTERMVT YI EDDHIRR IQAVFPLLLD NIFDVKLHKD SSMTWLKSYA DMIYDSVKNS NSTITPEIRK LYLRMYNQYM RIFLPIEQYM LYD NTCWPF SEKITLKINV RLISSRENQP VLWKTPIDTE NLISIVQPDE PINKLNFTAI PSTMIRLNDN ITMYRAVKDM FSAI EYLPD AIENIPTLTM KEQALSRYIS PDSEAQNFFN NQPPYLNSIM NVNRQVFEAV KRGNIQVSTG SMEHLCLCMH VKSGL IVGR TVLIDDKVVL RRNFNASTAK MITCYVKAFA QLYGEGSLIN PGLRMVFFGV ETEPAIDILK LFYGDKSLYI QGFGDR GIG RDKFRTKIED ALTLRIGCDI LISDIDQADY EDPNEEKFDD ITDFVCYVTE LVISNATVGL VKISMPTYYI MNKISST LN NKFSNVAINI VKLSTQKPYT YEAYIMLSHG STLTNKGYLR NPVCDVYLEK ISLQPMDLKI ISTISNEINY DKPTLYRF V VDKNDVTDVS IAMHILSIHC STITTRSVMV RSDNTGAFVT MSGIKDMKRV AIMNRMTDGT SANSYMHEQN GKLYLQKVP YLEDLISAFP NGFGSTYQND YDSSMSVINV NALIRQVVYR VISKSIPVAL LESLSRIRII GGRDLGEMNA VYKLYKTPIE VYDAVGITR EYPHVQISYR AQRYSFTESI PNHTLLLANY VIMNDVDGAP ISSLEQINTI KKIISKISLG SIAYIQVYTD I VARNINVM TKNDSFLISA NADKTVFKVQ VSGYKAVEMC NYEQLLQLVS DNTGVNIIKL TYQDVLESCV LSSGILGDTG SW LLDLVLA STYIIEIRG

UniProtKB: Turret protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H12NO3CLTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
1.0 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.7 mm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 2400 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10588
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6001

初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 5294
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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